中美两国科学家关于中国转基因棉花的长期跟踪调研也揭示了类似的问题。这是中国科学院农业政策研究中心和美国康奈尔大学合作的项目，也是世界第一个对转基因棉花种植状况进行长期跟踪和评估的课题。这项历时7年的研究表明，尽管Bt转基因棉花能有效控制棉铃虫，但长期种植会导致其他害虫肆虐，这使得中国种植的Bt转基因棉花长期经济性不如预想。中美两国科学家对中国481户棉农历时7年的长期跟踪调研后发现：这些农户在种植转基因棉花的第三年经济效益最大，他们的平均杀虫剂用量比种植普通棉花者低70%，而收入要高出36%。
但情况从第四年开始发生逆转。转基因棉花尽管抑制了棉铃虫，但它无法杀死盲蝽等其他害虫，导致盲蝽侵害棉田。当年转基因棉花种植户杀虫剂用量上升，投入成本比普通棉花种植户高了3倍，而他们的收入却低了8%。到第七年，转基因棉花种植户所使用的杀虫剂，已明显高于普通棉花种植户，加上转基因棉花种子成本也较高，使棉花种植户的收入大幅下降。（贺涛、贾鹤鹏：《盲蝽蟓：小昆虫挑战高科技》，载《科学新闻》，20081031。）
绿色和平组织在2010年1月最新发布的报告中指出，在6～10年的时间跨度上来看，转基因作物导致农药使用的增加而不是减少。
我国转基因棉花种植过程中次生害虫频发，日渐成为主要害虫，致使农药使用量大增。
研究显示，阿根廷转基因大豆施加的草甘膦的总量从1998 年到2004 年增加了56 倍。转基因作物的种植使得1996 年到2008 年美国农药使用量增加了14.44 万吨。
我国转基因棉花种植过程中对于黄萎病和枯萎病更加敏感，造成大规模的减产。其中，2009 年江苏盐城大丰市转基因棉花55万亩，近40 万亩有黄萎病，其中3万亩棉花死亡，病情严重的田块减产七成。（绿色和平组织：《转基因作物的经济代价》，201002。）
转基因作物与生物多样性
(1）害虫剿灭，益虫增多？
什么是生物多样性？生物多样性指的是地球上生物圈中所有的生物，即动物、植物、微生物，以及它们所拥有的基因和生存环境。
简单地说，生物多样性表现为千千万万的生物种类。
