化学农药残余量过高，一向是食品安全的一大隐患。种植Bt转基因作物可以不用或少用农药，不仅可以节省费用，还可以避免农药污染，对保护环境和身体健康，都是大有好处的。从这个意义上说，Bt转基因作物更环保、更安全、更绿色。（方舟子：《转基因水稻杀虫不害人，农药更有害》，载《中国青年报》，20050420。）
——方舟子
对中国的亿万农民而言，发展转基因水稻的最大好处就是转基因水稻品质上升带来的价值提升和抗病害或抗虫害能力增加，从而减少农药使用带来的支出，让农民们能够获得实实在在的经济利益。
——孔祥智,中国人民大学农发学院教授
经过农业转基因生物安全委员会评审，农业部1997年首次批准了转基因抗虫棉花的商业化种植。……（长时间研究发现，种植了抗虫棉以后）在全国范围内有效控制了棉铃虫和红铃虫的危害。棉铃虫和红铃虫是我国棉花生产的主要害虫，以往棉农防治棉铃虫一年需要打药10次到20次，大量用药导致农民成本提高、收益减少、人畜中毒、环境污染、天敌减少、害虫对农药产生抗药性等一系列问题。种植转基因抗虫棉之后，品种本身就具有良好的抗虫效果，一般只需要打药2次到5次，就能有效控制这两种主要害虫，不仅棉花上农药用量减少达70%以上，而且大豆/玉米/花生上棉铃虫的数量也显著减少。（彭于发：《种植抗虫转基因棉花和水稻对生态环境有利》，见农业部网站，20100304。）
——彭于发，中国农业科学院植物保护研究所研究员、农业转基因生物安全委员
反对者则直接指出，抗虫转基因作物开始几年时确实会减少农药使用，但随着次生虫的增加和昆虫抗药性的增加，农药的使用不仅不会减少，反而会大量增加。
例如，美国有机中心研究所的报告指出，种植转基因作物后，1996—2008年美国农药使用量大大增加。这一研究指出，转基因作物推出前3年，农药使用量确实有所减少。但最近几年由于耐除草剂作物的大面积种植，农药需求量急剧增多。过去13年耐除草剂作物上的除草剂使用量总共增加了3.826亿磅（即1.735亿公斤），其中2008年比2007年增加了46%。（参见《转基因作物对农药需要量存争议》，载《农资与市场》，20100118。）
