与中央金融国资相比，地方金融国资体量普遍较小，但长期以来也是“多龙治水”的管理局面。在地方金融国资领域，国资委主要的对手不是财政部门，而是当地?府下设的金融工作办公室（以下称“金融办”）。
尽管财政部曾专门发文，要求地方财政部门作为金融国资的出资人，切实做好当地金融类企业国有资产的监管工作，但各地财政部门基本上没有当过“出资人”。自从200年各地纷纷设立国资委以来，不少地方政府都授权国资委或国资公司负责管理当地的国有金融企业，包括股份制银行、城市商业银行、证券公司和信托公司等，国资委名正言顺地成为地方金融国资的出资人。然而，地方国资委作为金融国资的出资人，在很多地方实际也是名义上的，真正在履行金融国资出资人职责的机构却是金融办。
2002年12月，北京市政府金融工作办公室正式挂牌。而此前，上海市金融服务办公室也已经开始运转了。自2002年以来，全国各地的省级与市级政府都纷纷成立类似的“金融办”，尽管各地政府金融办的具体名称不完全同，但模式与功能没有太多区别，而且基本上都是与党组织——金融工作委员会（以下称“金融工委”）合署办公，实行“一套人马、两块牌子”。
各地金融办的基本职能是：
配合国家金融监管部门加强对本地区的金融监管，在地方政府和中央金融机构之间进行沟通。实际上它是代替财政部门或国资委履行金融国资出资人的相关职责。
关于金融办的地位以及由此产生的问题，在上海比较典型。
截至2008年，上海市属金融企业总资产达到2.4万多亿元，其中，金融国资总量约700亿元。上海地方金融企业的国有股权较为分散，金融国资管理体制较为混乱，导致政府对金融国资的控制力较弱，为推动当地金融国资的重组与整合，近年来，上海市政府一直在探索金融国资管理体制改革。
2008年，根据上海市政府的安排，上海市财政局等5家单位将其持有的上海国际集团的股权全部划转给上海市国资委，上海国际集团成为国资委所属的国有独资公司。上海国际集团成立于2000年4月，注册资本63亿元，拥有上海国际信托公司和上海证券两家金融机构，此外，还参股了交通银行、浦东发展银行、上海银行、申银万国证券等10余家金融企业。
上海市国资委持有上海国际集团的全部股权，从法律上看，它是上海国际集团唯一的履行出资人职责的机构。但是实际上，这个“出资人”只具有象征意义，上海市金融工委、金融办公室在代替国资委行使很多出资人职责。金融工委作为党组织，负责上海金融国企干部的任命和考核，即“管人”；而金融办负责“管事”，也就是对上海金融中心建设和金融资产整合进行规划。在实际操作中，比如上海国际集团要转让一部分金融股权，交易方案的设计是由金融办来主导，而国资委只负责履行一些程序性的审批，比如是否履行了评估手续，是否实行了公开挂牌交易。因此，上海在金融国资的管理方面，实际上形成了多头管理的混乱局面。
由金融办履行金融国资的出资人职责，名不正，言不顺。金融办一般不在政府序列里，既不是政府的正式组成部分，也不是“实体”组织，金融办行政色彩浓厚，承担着配合金融监管工作等诸多行政管理职能，在市场化手段方面，远不如政府特设机构国资委。正因为如此，2004年底，北京市政府撤销了原北京市金融?委和北京市政府金融办公室，华夏银行、北京银行和北京国际信托投资公司等市属金融企业都被划归北京市国资委管理。
由于当地金融企业国有股权过于分散，金融国资管理体制没有理顺，以建立“国际金融中心”为己任的上海，其国有金融机构的发展水平却一直落后于北京、深圳等其他城市。上海一直没有培养出类似招商银行、平安保险这样在全国有影响力的骨干金融企业，当北京银行、南京银行等城市商业银行都已相继上市并在全国开设分支机构，而早在为此准备的上海银行却几经波折，至今未果。同时，国泰君安、申银万国、东方证券、上海证券等大部分券商也迟迟无缘资本市场。对此，上海某金融企业高管认为，“政府干预太多，而非太少。”
近期上海金融国资改革正在提速。上海金融国资改革领导小组成立，上海市副市长屠光绍将担任小组组长，该小组将推动上海金融国资的重组和整合，解决地方金融国资的管理归属不明晰问题。然而，据媒体透露，在改革方案中，赋予了上海市金融办更多实权，其主要职责从此前的9项增至13项，而且金融办与国资委、金融企业之间的关系暧昧、复杂，权利边界模糊，金融改革的“市场化取向”渐行渐远。
改革能否成功，很大程度上取决于上海市政?能否改变由金融办管理金融国资这种行政色彩浓厚的做法。正如著名经济学家许小年所说，国际金融中心要的不是GDP，不是你的港口、机场，不是你的电脑系统有多发达，不是你的办公大楼有多少。打造国际金融中心要提高软实力，首先要理顺金融国资管理体制。
