说完了后燕的结局，再来说说最后一个慕容国家——南燕。
南燕开国君主慕容德是慕容垂那一代人里年龄最小的一个，也是个很有抱负的人，只不过他几个哥哥都相当厉害，才华一直少有机会发挥。慕容垂一死，几个烂人继承了后燕的基业，他就显出略高一筹的地方。在邺城守卫战中他指挥后燕官兵一度击退魏兵，又在撤退中借着天气之利摆脱了追兵。（《晋书·慕容德载记》载：“其夕（黄河）流澌冻合，是夜济师，旦，魏师至而冰泮，若有神焉。”）
虽然慕容德以有限的力量难以挽狂澜于既倒，但他因此对自己的信心大大增强。他在后燕永康三年（公元398年）从邺城退到河南的滑台后，完全失去了与慕容宝等人的联系，便沿用哥哥慕容垂的旧例，自称燕王。
慕容德称王后，先整顿了内部。那个谋反成习惯的慕容麟在他底下又一次要谋反，终于被他抓住除掉，也算是斩断一个燕国内部的毒瘤吧。接着，他又亲自出兵讨平了降了他又叛变的氐人苻广（这苻广便是前秦苻登的弟弟，在前秦灭亡后逃往东方）。
然而，慕容德领兵离开滑台，却给了城内一个叫李辩的人作乱的机会，他乘着城中兵力不足，杀了守城将领慕容和，以滑台城向北魏投降。
慕容德失了根据地，局面处于被动，他身边的将领都认为应确保一处据点。有人说攻彭城（今江苏徐州），有人说回攻滑台，争执不下。这时他的尚书潘聪说：“滑台是四通八达之地，北近魏国，南临晋国，西有秦国，在那里难保一日平安。彭城地广人稀，又是平原，无险可守，何况是晋国的旧镇，也不好取。等打起仗来碰上水战，更非我之所长。而青州这个地方，土地肥沃，方圆两千里，精兵十几万，地势险固。当年曹嶷对抗石勒的时候，造了广固城（今山东益都西北），足以做帝王之都。那里的守将辟闾浑本是燕臣，我们给他来个先礼后兵，得之必如探囊取物。”
慕容德听了大受启发，不过他的做法也和当初李寿称帝之前差不多，请了个和尚给算一卦。（当时各宗教之间的分别并不像唐、宋以后那么清晰，和尚的功能有时候和所谓的术士差不多。据说这个叫竺朗的和尚居然拿着《周易》在占卜，由此可见。）
那和尚说：“打青州倒是不错的主意，但燕国的寿命不超过十二年，只能再传一代了。”
前景并不乐观，当前的行动倒是得到了保证。慕容德便移师东进，攻打青州，连战连捷，引得兖州、徐州一带的百姓和辟闾浑的部下都来投奔。慕容德只用了几个月的时间，就拿下广固城，扫平整个山东半岛。他就于这一年（公元399年）在广固称帝，建立了自己的燕国。
慕容德在位期间，南燕在战略上基本以防御为主，没有怎么对外扩张（事实上也没有这个实力）。慕容德行事以谨慎著称（关于这一点，从他对后事的安排便可看出。他临死前唯恐身后不得安宁，让身边的人在他病死的当夜，将十余个棺柩分别从广固的四个城门抬出，悄悄埋葬在山谷中，使当时人几乎都不知道他的尸体究竟埋在了何处）。即使在南方发生孙恩、卢循起义和桓玄称帝这样乱事的局面下（参见下章），慕容德也犹豫再三，终未出兵去趟那道浑水。
慕容德有一件被后人津津乐道的事情。他在大宴群臣酒酣之时，忽然问道：“朕虽然才寡德薄，但自从称帝之后，在上不骄，时刻保持警醒的头脑，可以与古代怎样的君主相比呢？”
青州刺史鞠仲赶紧拍他马屁：“陛下是中兴圣主，与少康、光武差不多。”慕容德回头吩咐侍臣赏赐他丝帛千匹。鞠仲觉得赏赐得太多了，就推辞。
慕容德笑道：“卿知道调侃朕，朕难道就不会调侃卿吗？卿言不实，所以朕也以虚言赏赐，有什么可以推辞的？”
这时大臣韩范进言说：“我听说‘天子无戏言，忠臣无妄对’。今日的言谈，上下相欺，可谓君臣俱失。”慕容德点头接受批评，当即赏赐韩范丝帛五十匹。
慕容德本人没有儿子，他渐渐开始担心自己皇位的继承问题。正在这时，一个传奇式的人物出现在他的面前。
这人便是慕容德的同母兄慕容纳的儿子慕容超。慕容德在前秦南征东晋的时候，担任凉州的张掖太守，母亲公孙氏和哥哥都在张掖。慕容德随军出征，临别时留下了自己随身佩带的一把金刀，自此后，淝水之战、慕容垂称帝、燕国分裂，慕容德投身于大燕的复国运动中，与母兄天各一方，杳无音讯。
慕容垂起兵的那一年，前秦的张掖太守苻昌收捕了慕容纳和慕容德在张掖的所有亲人，继而下令斩首。天无绝人之路，这大劫难竟有两人躲过，一个是公孙氏，因为年老而没被处死，一个是慕容纳的妻子段氏，当时身怀有孕而未处决。一个叫做呼延平的狱官，年轻时曾是慕容德手下的官吏，对这两个女人的遭遇十分同情，便趁着前秦大乱之际带着她们逃到羌人的部落中。段氏在那里生下儿子慕容超，与公孙氏一起跟随呼延平浪迹天涯。
十年后，公孙氏临终时把金刀交到慕容超手中，对他说：“假若天下太平，你能回到关东，将此刀交给你的叔叔，他就明白了。”
不久，呼延平也死在凉州，段氏为报他昔日救命之恩，为慕容超娶了呼延平的女儿为妻。后秦灭后凉，慕容超一家跟着凉州的移民进入关中。慕容超一心要回关东，便在长安装聋卖傻（颇有其祖慕容翰之风），秦国人都把他看做一个废物，姚兴更是取笑他“妍皮不裹痴骨”。
