然而秦军仍然占有利地位，两军隔淝水对峙，秦军驻于寿阳，晋军无法渡水，而不断从项城赶来的秦军大部的集结，久而久之对晋军十分不利。
谢玄派使者到苻坚营中，发出战书，说：“你孤军深入，但临水布阵，这是持久之计，而非速战之举。不如你往后稍移阵地，让晋兵可以渡过河来与你一决胜负，不好么？”
前秦将领都不主张把阵地移后，认为我众敌寡，不如固守，可立于不败之地，但苻坚却不认为久战对己有利，终于犯下最后的也是致命的错误。他满以为乘晋军渡河之际，用铁骑冲击，一定可以尽灭其军，而苻融也赞同这一方案（两位主帅再次一同犯错，真是天灭前秦！），于是同意晋使的请求，指挥全军撤退。
前秦士兵哪里知道主帅们的精心安排，撤退令一下，前军变后军，全面向北撤退，一发而不可止。朱序等人则不失时机在阵后大呼：“秦军败矣！秦军败矣！”（苻坚若杀朱序，则无今日之劫，悔之晚矣！）秦军顿成溃退之势，什么阵势阵形，统统丢之脑后。
东晋的谢玄、谢琰、桓伊这时早就率军迅速渡过淝水，向一团糟的秦军发动总攻。主帅苻融回马还想整顿阵形，一不留神，连人带马给冲倒，于乱军之中被晋军斩杀。秦兵四散溃逃，自相践踏，尸体遍布山野。这一来“风声鹤唳，草木皆兵”，几十万大军就此灰飞烟灭。一场声势浩大的战争就以如此荒唐的如同小孩玩打仗游戏一般的方式落下了帷幕。
苻坚的数十万大军何以一退兵成千古恨呢？究其理由，我以为原因大致有三。前秦军战阵上的安排利于前进而不利于后退，二十多万步骑兵，前为步兵，装备和战斗力都较差，而数量较多，后为精锐骑兵，战斗力强大，但数量较少。在进攻时以步兵拖挎对手，再以骑兵冲击，可以一举获胜，然而这一撤退，前军后军掉了个个，步兵在后，导致混乱，装备精锐而数量少的骑兵反倒被自己的步兵搞乱，苻融死于乱军之中也不足为奇，此其一；苻坚的羽林郎，即近卫队，如前所说，均是富家子弟和所谓的武艺高强之人，根本应付不了战事中的意外情况，苻融早对这些人有过评价：“不闲军旅”，战阵一乱，这些人正好起到推波助澜的作用，此为二；而最要命的是，前秦军中士兵可以说是氐、羌、鲜卑、匈奴、汉，各色人种都有，各族之间就算忽略存在的矛盾，也难做到军令、将令的统一，主将苻融下令撤兵是战略上的考虑，而得到命令的士兵却不明真正的形势，结合朱序在中间穿插，一退即溃难以避免，这是第三个理由。
赤壁一场大战，导致三分鼎立以至于近400年的大分裂局面，而淝水一场大战，则直接引出了困惑中国200年之久的南北朝对峙，无论如何，其影响力也不可谓不深远。历史学家们附会的一堆秦人必败、晋人必胜的理由，我倒不以为然，若无以上所说的四大错误和三大理由，或者只要它们其中的几个没有发生，这场战役的结果就会逆转。苻坚采取的民族政策看似摧毁了他和他的帝国，但从某个角度来看不能不说是中华文明迈向新辉煌的历史进步。然而黄仁宇先生以数字化的论据指出当时中国分裂之必然，则依然可信。苻坚即或能成功，也只能是司马炎式的成功。中国的长期稳定与发展，尚待时日。然而当日战事的结果，却使得中华南北世界以最痛苦的状态度过这一世纪的最后二十年。这些恐怕是古战争对今人最大的启示。
