许多企业都会根据单个创新项目的净现值来作出创新组合决策。也就是说，他们会对未来的现金流进行预测，运用一些贴现率将这些未来的现金流换算成当前的价值，然后根据净现值的高低来优先发展净现值最高的创新项目。从本质上说，这种方法有助于企业管理者找到“最值得发展哪些项目” 这一问题的答案。
当然，净现值计算所依据的数学原理是有一定现实根据的，而且净现值似乎是比较不同类型理念的一种非常有吸引力的方法。但在实际操作中，许多公司的计算方法仍存在一些问题。
在我人同事在莱顿·克里斯坦森2008年发表于《哈佛商业评论》上的一篇文章中，他曾经指出：企业一般会认为，“基本假设”就是企业照常运行。但实际情况是，不进行创新的企业，特别是没有对市场的破坏性威胁作出反应的企业，其基本业务的发展前景也将不容乐观。
例如，一家报业公司正在决定是否要投资开展网上分类广告发行业务。这家公司进行了市场分析，并认为净现值太低，不足以保证投资收益。但是如果公司不进入这一市场话，等待它的将会是什么命运呢？它核心的分类广告业务在巨大的竞争压力下将会继续被蚕食。
另一个问题是，企业经常希望依据“数字”或者是对项目潜力的精确预测来作出决策。当企业只考虑一种情景时，他们就几乎总是觉得他们必须采取保守战略，这最终导致他们优先在已知的市场发展“确定的项目”，而不是在新市场进行风险投资。
尽管当企业计划在已知市场温和地扩张生产线时这一方法似乎是合理的，但全新的解决方案可能会以无数种方式开展。如果能够明确某项温和的投资能否产生超额收益（在这种情况下，将创新投资看成一种“期权”可能是一种比较有效的技巧），那么即便项目的平均净现值为负值，这个项目还是值得进行投资的。而且如果你不进行长期投资，你将很可能会在下一个经济周期落后于当前和未来的竞争对手。如果按照净现值确定其创新组合内所有项目的优先发展顺序，企业就可能会不自觉地停止投资某些最具长期发展潜力的项目。
许多企业还会遇到很多其他问题。一些企业精心设计了可用于简化净现值计算的模板，这些模板几乎总是模糊地假设某个理念符合企业当前的商业模式。
一家消费品公司曾经仅仅根据这样一个模糊的假设便开始大举实施某个项目，这个项目主要涉及制造一种价格大大高于该公司大多数产品的装置。消费者如果购买了这种装置，还需要购买与这种设备配套使用的消费品。问题是，这种高价装置的退货率大大高于这家公司生产的传统产品。随着退货率的持续走高，这个财务假设也随之崩溃。
如果企业使用一种新的商业模式，那么某些基于资本投资、利润率结构、库存周期等方面的基本假设的结果可能会有很大的不同。所以说，过度简化的模板可能会对力图引入新型商业模式的团队带来种种束缚。
