孔有德等众人，何曾见过长官如此礼遇！因为毛文龙一向飞扬跋扈、颐指气使，对部下将领如同对待儿子一般斥骂。久而久之，他们也习惯逆来顺受，听任训责。今忽见如此封疆大吏竟声言辛劳，并施礼拜谢，他们均心头一热、受宠若惊，于是连忙跪地回拜：“谢袁督师！”
袁崇焕的这一拜，不仅博得众将的好感，同时也在无形之中卸去了这些悍将的警戒。他趁势起身，转脸对毛文龙勃然大怒：“大明天下姓朱，怎么在这儿都姓毛！”说着面西而跪，“请出皇命旗牌！”
茅元仪应声引旗牌官，高举黄龙旗走进帐内。
一时惊愕，刚欲反抗的众将，见此皇命牌，赶紧重又全部跪伏在地！
袁崇焕走近毛文龙，缓声说道：“本部院想再问毛帅一次，昨日所谈之事，可有回转之余地？”
“绝不可能。”
“当真？”
“当真。”
“可不要后悔？”
“我毛文龙做人行事，从不后悔！”
“那好，来人！”袁崇焕声色俱厉地突然高喝一声，“给我将罪臣毛文龙拿下！”
早已准备好的谢尚政等一拥而上，按住毛文龙。
孔有德等欲起身救助，茅元仪大吼一声：“尚方宝剑在此，谁敢妄动！”
何谓尚方宝剑？所谓尚方，原是秦汉时的一个官署，专门制办宫廷所用器物，由尚方打造出来的剑，即所说的尚方宝剑，是专供皇帝使用的。皇帝将其赐予谁，谁就等于代替皇帝在行使权威，故孔有德等见茅元仪举起尚方宝剑，便未敢轻举妄动。
袁崇焕以此迅雷不及掩耳的霹雳手段，震慑住毛文龙及其将领后，神色肃穆地走到黄龙旗下，手擎尚方宝剑，面朝西面的京城方向，跪了下去：“启禀皇上：罪臣毛文龙目无纲纪，臣今日诛杀文龙，以肃军纪！臣五年复辽，如不能成功，皇上亦以诛灭文龙这样诛杀袁某！”
众人以为袁崇焕执行皇命，均敢怒不敢言。谢尚政便趁机领着士卒，将毛文龙脱去衣冠，捆绑起来。
毛文龙这时方缓醒过来，大声连呼：“冤枉啊冤枉！我毛文龙忠心报国，屡建战功，无罪可责！”
“罪臣毛文龙！”袁崇焕先声夺人，他手指毛文龙，愤怒斥责，“本部院一再宽忍，望你改过自新，弃恶从善，可你执迷不悟，负隅顽抗！你知道吗？你有十二斩罪！”
毛文龙被袁崇焕这泰山压顶的气势吓得脸色煞白，口不能言！
“大明祖制，必命文臣监军，你专制一方，拒受钱粮检核，一当斩；人臣之罪，莫大欺君，你谎报十八大捷而无一战，冒功领赏，二当斩；你宣称如引兵南下，取登州和南京易如反掌，图谋叛乱，三当斩；你每年侵吞饷银数十万两，盗扣军粮，饱喝兵血，四当斩；你擅开马市于皮岛，私通外蕃，助敌为虐，五当斩；你自封海外天子，赐人姓氏皆姓毛，擅自封官，欺君罔上，六当斩；你败退宁远，抢劫商船，自为盗贼，七当斩；你强娶民女，部下效尤，人不安室，形同鬼蜮，八当斩；你驱赶难民，远偷人参，不从者则饿死，草菅人命，九当斩；你贿赂公行，拜魏忠贤为义父，十当斩；你三败铁山，丧军无数，掩败为功，十一当斩；开镇六年，没有收复寸土，宁锦大战，拒战观望，平素走私易货，养敌为患，十二当斩！”
“十二条斩罪”宣读之后，毛文龙直吓得浑身颤抖，冷汗淋漓，双腿不由自主地跪了下去，连连叩头求饶：“文龙自知死罪，但求恩赦。请督师饶命！”
袁崇焕走到毛文龙的诸将面前，高声喝问：“你们说，文龙当斩不当斩？”
众人惊恐万状，又见桀骜不驯的毛文龙已跪地求饶，便连连点头：“当斩！当斩！”
“本部院只斩文龙一人，余下一概无罪，安心守职！”袁崇焕请出尚方宝剑，一声吩咐，“旗牌官：将罪臣毛文龙推出去斩首示众！”
旗牌官跪接尚方宝剑，将毛文龙拖出营帐外，旗牌官干净利索地手起剑落。
