拓跋鲜卑的再次发展壮大，是在著名的淝水之战之后的事情。公元383年，北方前秦政权与南方东晋政权爆发了淝水之战，结果东晋政权以少胜多，以8万军队击败前秦83万大军，上演了中国历史上著名的以少胜多的神话。原本统一的北方大地再次分崩离析，苻坚征服的各个国家纷纷复国成功，其中也包括拓跋鲜卑以及他们当年建立的代国。
领导拓跋鲜卑完成复国大业的，就是著名的拓跋珪。他是拓跋鲜卑走向辉煌的又一个重要人物。作为拓跋家族的直系后裔，拓跋珪在公元386年，由部下们拥立复国成功，重新恢复了“代王”的称号，这个称号是东晋王朝册封的，为了表明自己的政权与东晋没有关系，他又改成了“魏”。其实这次改名，本身就是一个“政治平衡”，当时拥戴拓跋珪的鲜卑贵族，相当多是守旧派，改个新名，是为了照顾他们的要求。拓跋珪是什翼犍的孙子，最后也继承了什翼犍没有完成的汉化理想，在北魏的历史上，他被称为魏道武帝。
拓跋珪建国之后，很快打败了当年夹击什翼犍的铁佛部落，为他的祖父报了仇。这个铁佛部落是匈奴人的政权，后来在中原建立了赫赫有名的夏国，涌现出了一位著名的君主赫连勃勃。这时候被拓跋珪打败，也注定了他们最后要被拓跋家族灭亡的命运。
打败铁佛政权，拓跋珪重新控制了河套草原地区，这样一来，当时北方最大的产马基地，就牢牢地抓在了他的手中。在南北朝的战争，尤其是中原的战争中，骑兵的优势，会成为决定胜负的关键。这时候同样属于鲜卑民族政权的后燕，向拓跋珪索取马匹，这个后燕是慕容家族所建，地盘包括今天的河北、山东、山西、河南，虽然他们没有战马，但是经济富庶，也是拓跋珪的一个强敌。公元395年，后燕皇帝慕容垂派太子慕容宝统帅重兵，进攻拓跋珪，双方在五原地区开战，这一场战斗中，实力明显不如后燕的拓跋珪，采取了正确的战术，他故意节节败退，用诱敌深入的战术，把慕容宝引诱到了黄河的北岸。是年十一月，劳师袭远的慕容宝人困马乏，决定先撤军，拓跋珪抓住战机，用两万轻骑兵快速包抄，在敌人回去的路上将其包围，一场激战全歼了慕容宝8万大军。慕容宝仅以身免，这一战后燕5万多人被俘，大多数被拓跋珪活埋。第二年，拓跋珪乘胜追击，一举攻占后燕的河北领土，后燕的残余力量不得不逃到了辽东地区。公元398年，拓跋珪定都山西平城，这也是北魏王朝之后很长一段时间的都城。
与后燕的战争，确立了拓跋珪北魏在北方各政权中的强者地位，尤其是军事上的强势。这时候的拓跋珪，面临的另一个重要问题就是经济贫困，他所占有的河北、山西以及河套地区，都是北方经济相对落后的地区，尤其是经过多年战争的破坏，更是经济凋敝，在这种局面下，拓跋珪采取了“屯田”的政策。从公元394年开始，他就不断派遣军队在河套地区屯田，灭亡后燕之后，又把俘虏来的几十万汉人，统一安置在山西平城周围。这时他独创了一个政策，叫做“计口分田”，也就是按照人丁来分配土地和耕牛，这个决定看似简单，但对于整个南北朝来说都有深远的意义，著名的均田制，从此开始形成。在中原地区陷入战乱，南朝政权由于士族垄断，经济日益僵化的时候，拓跋珪却采取了一个超越所有政权的先进农业政策，这个政策不但影响了北魏的发展，更对后来的隋朝和大唐，都有着深远的影响。在当时的直接意义是，原本是一片牧场的内蒙以及河北北部地区，从此阡陌纵横，荒废的土地重新耕种，北方农业开始恢复发展起来。
拓跋珪在灭亡政权后，和他的祖父一样，开始拉拢汉族士大夫，当时后燕的汉族人纷纷结寨自保，抵抗拓跋珪。对此拓跋珪采取了拉拢政策，他主动拉拢河北最大的两个家族张家和崔家，在这两个家族的支持下，他很快稳定了在北方汉地的统治。但和他的祖父一样，这时候拓跋鲜卑内部反对汉化的暴动再次发生了，公元397年，拓跋珪的堂兄拓跋顺以拓跋珪破坏祖制为名，在云中发动了叛乱，虽然被镇压，但鲜卑贵族的暴动，依然此起彼伏。就连拓跋珪本人，也没有避免祖父的悲剧，晚年的拓跋珪，因为他的几个兄弟连续反对他，精神陷入苦闷，甚至一度不得不以“寒食散”来排解精神上的痛苦，以至于精神失常。而反对却不因他的苦闷而停止，公元409年，拓跋珪的儿子拓跋绍发动谋反，将拓跋珪杀死，北魏一下子走到了一个历史的拐点上。关键时刻，拓跋珪的太子拓跋嗣，在汉化派的支持下打败了拓跋绍，最终重新夺回了政权。北魏，也就避开了这个历史的暗礁。
