“壬寅宫变”就此完全结束。因为事涉宫闱隐秘，明朝政府对此极力掩盖。史籍资料很少记载。官府三缄其口，结果造成民间各种说法不胫而走。这次宫变成为了明代宫廷的一桩疑案。
“壬寅宫变”的凶手和过程都相当简单，能引人遐想和民间热议的就是原因了。如果说杨金英是因恨生变，那么其他宫女为什么参与弑君呢？为什么整件事情预谋准备多日，没别人告发呢？
第一种说法也是流传最广的说法是，“壬寅宫变”是由于嘉靖帝为修炼悟道虐待宫女导致的。这一切还得从朱厚熜迷信道教说起。朱厚熜原本是兴王，以藩王身份入主大统。兴王家有宠信道教的传统。嘉靖二年西北大旱，秋天南边又发生水灾，朱厚熜对天灾一筹莫展。太监崔文趁机上奏称道教方士的打醮可以禳祸。朱厚熜于是召见了方士邵元节在宫中设坛，又挑选了二十个年轻太监穿上道士服装，学习诵经等事。紫禁城的乾清宫、坤宁宫、西天厂、西番厂、汉经厂、五花宫、西暖阁、东次阁等地方陆续建起了道坛，宫中俨然成了一座大道院。道教仪式对消除天灾是否有27 效不得而知，但朱厚熜却从虚幻复杂的道教仪式中找到了精神慰藉。之后他几乎把全部心思都放在了修仙悟道上了。
皇帝宠信道教，如果仅限私人行为，有所节制，也无可厚非。可朱厚熜的宠信道教扩展为了国家行为。首先，他让明朝的天下染上了浓厚的道教宗教色彩。为了宠道废佛，朱厚熜毁去金银佛像169座，佛教金银器物1300多斤，当街焚烧。道士在嘉靖年间地位崇高，道教开始涉足政治。道士邵元节、陶仲文、段朝用、龚可佩、胡大顺等先后被封为朝廷大员。朱厚熜滥行斋醮，不斋则醮，月无虚日。朝廷政事无论大小朱厚熜都向神仙请示，不灵验就请示再三；若灵验就大肆酬谢神仙的恩典。朱厚熜逐渐发展到不再上朝，终日斋醮而已。其次，明朝的人才选拔制度也被道教色彩所笼罩。朱厚熜看一个人，不是考察他的政绩，而是看他写“青词”（祷告神灵用的，写在一种青藤纸上的词）的能力。夏言首先因为青词写得好而当上了内阁首辅。于是，钻研青词的写作就成为一些看风使舵官员的必修课。后来，严嵩因为写了两篇精彩的文赋而受到嘉靖的赞赏，由礼部尚书拜为武英殿大学士，参与军机，最后掌握了大权。
朱厚熜还大肆炼制丹药。他年过五十后，体力和精神都大不如前。后宫的嫔妃越来越多，朱厚熜却没有能力逐一应付。许多嫔妃也有怨言。方士梁高辅八十多岁了，须发皆白，自称有养生之术，就教给朱厚熜一种炼春药的方法。朱厚熜按照他的方法，挑选了八岁至十四岁的少女三百多人，在宫里养起来，用七七四十九个童女的初潮之血精心合成药丸，称为“先天纯红丹”。朱厚熜服食后果然感觉强健了一些，于是封梁高辅为通妙散人，还选了一百六十多个十岁左右的少女给他充当醮坛役使。从嘉靖二十六年（公元1547年）到嘉靖四十三年（公元1564年）间，明朝宫廷选进了1080名八岁至十四岁的幼女。这些宫女饱受虐待。朱厚熜因为听方士们说用每天早上的露水炼丹效果好，可以长生，又驱使许多宫女凌晨就出去采集露水。为保持宫女的洁净，他不允许宫女们吃饭，而只能吃桑叶、饮露水。为了采得足够的炼丹原料，朱厚熜还强迫宫女们服食催经下血的药物。宫女们轻则损伤身心，重则造成失血过多甚至血崩。许多人因此丧命。在恶劣的生活条件和危险的精神状态下，宫女们无不忧心忡忡。许多人萌发了反抗意识，宁愿与朱厚熜同归于尽也不堪再受折磨。杨金英等人的谋刺行为得到了许多人的暗中帮助。
这一种说法将“壬寅宫变”放在嘉靖朝大的政治和宫廷环境下考察，合情合理，为人信服。
第二种说法是宁嫔王氏主谋发动了这次宫变。嘉靖十五年，宁嫔王氏为朱厚熜生了一个皇子。按惯例，王氏应该由嫔晋封为妃。可是不知为什么，她并没有得到晋封。在后宫争斗中，名分地位几乎是所有嫔妃终身追求的目标。王氏很自然心存不满。于是她就在朱厚熜醉卧宫中时，指使杨金英等不满皇帝的宫女将皇帝勒死作为报复，同时也可把责任推到正在得宠的端妃曹氏身上。提出这种说法的人是从宫闱斗争的逻辑进行的推测，但于情于理都说不大通。为了争宠，为了名分，王氏没有必要取朱厚熜的性命；而且朱厚熜死了以后，王氏也得不到什么好处。另外一个逻辑漏洞是，王氏怎么能买通十六个其他宫中的宫女，态度一致、不顾性命地去谋害朱厚熜？因此，第二种说法相信的人不多。
第三种说法认为这次宫变，牵涉到一妃一嫔和众多的宫女，可能是一场政治斗争。他们认为是外部的政治斗争失败者、朱厚熜的政治反对者利用妃嫔除掉嘉靖帝的政治阴谋。但是这种说法没有直接的或间接的证据支撑，相信的人也最少。
“壬寅宫变”的幕后不明不白，但引发的政治后果是清清楚楚的。
最大的政治后果就是朱厚熜在消极的政治道路上越走越远。朱厚熜以藩王身份接替堂兄的帝位时，就坚持要把死去的父亲抬升为“帝王”，遭到了群臣的反对，结果引发了“大礼仪之争”。朱厚熜一个人和天下大臣作对的结果是造成了皇帝和群臣的隔阂。朱厚熜干脆对外面不理不睬，自忙自的，自说自话。不明不白的“壬寅宫变”进一步加深了朱厚熜的偏执行径。朱厚熜侥幸存活，自认为有鬼神佑身，更加相信道教了。他把国家政事全部交给严嵩处理，自己扮作道士模样，移居西内一心修道求长生去了，更加自闭，更加固执。朱厚熜拒绝上朝，以至于嘉靖朝的君臣数十年难得相见一次。通常只有一个道士陶仲文陪在朱厚熜身边。朝政完全被严嵩把持。严嵩蒙蔽皇帝，贿赂陶仲文，与儿子严世蕃专权二十年。明朝在朱厚熜手中北有俺答威胁，沿海有倭寇骚扰，朝廷中还有严嵩父子陷害忠良。明朝的江山结束了之前百余年的平静岁月，风雨飘摇起来。这也许可29 算作是明朝历史为朱厚熜的偏执个性付出的沉重代价。
“深闺燕闲，不过衔昭阳日影之怨”，“壬寅宫变”真相究竟如何，无人知晓，只是徒然添加了一桩沉重的宫闱之谜。
