由于派阀领袖在政治资金和决定入阁人选等利益方面具有举足轻重的作用，因此，自民党内长期存在着多个派阀。有的派阀领袖的号召力和影响力甚至高于自民党总裁，这也成为自民党内密室政治和长老支配的主要原因。而能否成为派阀领袖，其关键取决于其资金实力和集资圈钱能力，这往往都与腐败有着千丝万缕的联系。在过去很长一段时期里，派阀领袖往往又是成为自民党总裁、问鼎首相宝座不可缺少的前提和环节。
截止此次大选公示时，自民党内共有大大小小8个派阀，分别是町村派（又称清和政策研究会，下同）、津岛派（平成研究会）、古贺派（宏池会）、山崎派（近未来政治研究会）、伊吹派（志帅会）、麻生派（为公会）、二阶派（新的波浪）、高村派（番町政策研究会）。另外，还存在一个所谓“无派”之派。
这些派阀往往从自己的团体利益出发，相互之间既斗争又合作。斗争和合作的目的都是为了谋求本派阀利益。因此，有人曾戏称自民党是一个由多个政党和团体聚合而成的长期执政联盟。
自民党在此次大选中遭遇惨败也使各派阀势力受到重创。尤其是在沦为在野党以后，派阀存在的意义进一步下降，其衰退将不可避免。此次落选的原自民党副总裁、山崎派会长山崎拓8月31日通过电邮杂志谈了自己大选后的心境。他说：“小泉首相强行进行了结构改革，我们在继任者的选择上也有发生错误的时候，自民党真的毁了。”
在此次参选的7名派阀领袖（不包括选举前已经宣布引退的津岛派会长、原厚生大臣津岛雄二）中，除了山崎拓之外，前官房长官（选举当时）、最大派阀町村派会长町村信孝，原自民党干事长、伊吹派会长伊吹文明都在小选举区的选举中败北。后来两人通过比例代表选举实现了“复活当选”，总算是捡回了议席。而在自民党的以往历史上，派阀领袖竟然在自己的地盘落败，简直是不可想象的。然而，这一切都已经一去不复返了。
经过此次大选，自民党各派都损兵折将。最大派阀町村派的众议员数量减少到只有选举公示前的三分之一，虽然加上参议员人数，仍然维持了自民党内第一大派阀的位置，但在众议院已经退为第二大派阀。古贺派取而代之，成为自民党在众院的第一大派阀，但人数由选举前的51人减少到了25人。
二阶派的众议员只剩下会长、经济产业大臣二阶俊博，连同参议员，只有３人。
9月3日，町村派、津岛派、山崎派和麻生派四派分别召开会议，对此次大选进行总结。其他四派则或由于议员人数剧减或由于落选议员忙着给新当选议员“腾房”而未能开成总结大会。麻生太郎首相在该派会议上再次对大选惨败表示道歉。他说：“作为总裁，作为派阀会长，失去了这么多同志，我表示道歉。”在此次大选中落选的山崎派会长山崎拓留任该派会长，他说“这是建党以来的危机。一定要实现卷土重来”，表示有意参加下一次大选。
津岛派9月7日再次召开临时会议，决定由该派代理会长、原财务大臣额贺福志郎接替津岛雄二就任该派新会长。津岛在此次大选前已经宣布从政界引退。由此，津岛派已经演变为额贺派。
自民党从成立之日起就存在并为长期执政立下汗马功劳的派系结构，在此次选举中遭遇到了毁灭性的打击，可以断言，今后自民党的内部运作，也将改变其以派系为基本单位的特征。在此大选中落选的原防卫大臣小池百合子向町村派提出了退会申请并被受理。小池在其电邮杂志上解释说：“不应以派阀为单位，而应该全党团结一致。”
