众多的事实可以表明现代医学还存在着很多的不足和局限，大致有以下几点：
理论不完善。现代医学的理论基础并不完善，所以它并不一定有效。该理论认为，我们的身体像复杂的机器，疾病的发生只与微生物和基因有关。医学在很大程度上是建立在“微生物理论”的基础上，这一理论认为，大部分疾病是因为细菌和病毒的入侵造成的，而与他的营养状况、生理状况、精神状况和环境条件无关。目前，逐渐增多的证据表明，机体对疾病的易感性决定着是否患病，即包括情感状况、生理状况和对所处环境的反应。现代医学理论的最大缺陷在于，它认为我们都是通过同样的途径生病的——也就是说，所有的疾病都出于同样的原因，所有疾病行为相似，并且也只有惟一的方式可以治愈它们。
许多疾病的病因不明。至今，仍有许多疾病病因不明或者尚未完全明了，其中包括原发性高血压、冠心病、糖尿病、慢性肾小球肾炎、再生障碍性贫血、白血病等。这是因为许多复杂疾病的病因十分隐匿，而现代医学“头疼医头、脚疼医脚“的方式很难对其进行全面的研究。
许多疾病的发病机制不清。即使已知病因的疾病，其具体发病机制和过程尚不十分清楚，如慢阻肺中80%—90%为吸烟者，但吸烟者中只有10%—15%会发展为慢阻肺。又比如，虽然已知某些因素可以导致恶性肿瘤的发生，但具体环节还没完全弄清。
缺乏早期敏感、特异的诊断手段。尽管采用了各种现代化检查，如CT、磁共振、PET等，而且经过多级医生诊断，甚至医院会诊，有些病人最后仍得不到确切的诊断，只能冠以发热待查、咯血待查、腹痛待查等，有的病人直到死亡甚至尸体解剖仍不能确诊。这意味着目前人们所掌握的各种检查手段尚不能揭示人类所患各种疾病的本质和规律，在某些疾病诊断问题上，仍处于束手无策的境地。
许多检查手段有创伤、有风险。医生为了确诊进行的一些检查，如胃镜、结肠镜、支气管镜、腹腔镜、宫腔镜等，不仅在实施过程中会给病人带来一定的痛苦，而且可能引起出血、感染、脏器穿孔甚至生命危险。各种介入检查，如心导管检查、动脉造影等也有一定程度的风险。
治疗方向错误。现代医学认为自然机体是不完善的，所以在这种前提下，要经常进行各种治疗。现代医学在机体的各个环节进行干预，笨拙地破坏了人体的微妙平衡，并因此导致比原先要解决的问题还要糟糕的问题。例如注射维生素K是为了预防幼儿死于一种罕见的新生儿出血疾病，但是，最近在布里斯托尔的幼儿健康研究所发现，这种治疗措施能使幼儿癌症发病率增加25倍。另外一些地区的研究者们发现，怀孕期间铁储量降低并不会引起很大的问题，这并不是疾病的征兆，而是健康的表现，表明胎儿正在迅速成长。而那些用于缺铁妇女的补铁药剂和注射剂可能导致早产。
许多疾病缺乏有效的治疗方法。一些恶性肿瘤至今仍无治愈良策，大家最熟悉的高血压、冠心病、糖尿病、慢性支气管炎、慢性肝炎、溃疡病以及肾小球肾炎、各种脑血管病、癫痫等，均缺乏根治方法。绝大多数的内科治疗，只能不同程度地缓解症状，而不能从根本上解决问题。外科手术虽然对外伤、良性肿瘤可以收到良好的效果，但是更多情况下，如各种脏器肿瘤，外科手术切除也无法从根本上解决问题。
药物能治病也能致病。药物是一柄双刃剑，世界上没有一种毫无副作用的药物。药物的不良反应虽然在药物说明书上都有相当明确的描述，但医生很难预测这种不良反应会发生在哪些病人身上。
慢性病的病变过程不可逆转。许多慢性疾病病人的器官损害是不可逆的。换句话说，即使采用了各种先进的治疗手段也无法逆转这种局面，使其恢复到无病状态，这种情况相当普遍，如冠心病、风湿性心脏病、肝硬化、慢性肾小球肾炎、脑血栓、脑出血、癫痫等。
