詹姆斯告诫自己的儿子“要极其憎恨妄自尊大的清教徒”。他没有迫害他们，但是鼓励教堂对清教徒进行隔离并解雇他们的牧师。国王发布诏令调整星期日的礼拜形式，经常和清教徒严格的道德标准相冲突。此外，宫廷生活的骄奢淫逸也引起清教徒的不满。关于君主的各种流言蜚语伴随着库克成长——宣扬“君权神授”的詹姆斯依靠卖官鬻爵和垄断权力来维持自己奢侈糜烂的宫廷生活。他还自夸最大的消遣是捕获女巫、先知、清教徒、死猫和野兔。说起来，詹姆斯的出生也是荒唐可笑的，他母亲是苏格兰王后玛丽（Mary，QueenofScots），父亲亨利?斯图亚特（HenryStuart）率众追杀玛丽的情人大卫?瑞歇（DavidRiccio），最后，怀着詹姆斯的玛丽眼睁睁地看着大卫死在荷里路德宫（HolyroodHouse）。后来玛丽设计将亨利扼死，最后因密谋杀害表姐伊丽莎白一世而被斩首。真要质疑起詹姆斯继承王位的世袭特权的话，对斯图亚特王朝来说可不是什么好兆头。
库克生活在一个小小的村社。伯比奇镇（后改名为伯巴奇[Burbach]）只有70户人家，斯克曲利（Sketchley）村庄更是人丁稀少。在英语中，伯巴奇由代表苏格兰的植物蓟（burr）和小溪（bach）两个字组成，表示小溪在这片郊区尽情流淌的景象。库克的童年正是在这样的乡野环境里玩耍嬉戏度过的，虽然那个时候，清教徒并不鼓励娱乐消遣。詹姆斯签发了一本“活动手册”，允许人们在星期日做完礼拜后举办一些娱乐消遣活动，这引起了清教徒们的不满。库克年轻的时候，就感觉到他成长的宗教环境为政府所不容，他在学校表现优秀，但总是和其他清教徒的孩子们一起被排斥，就像他们的父母在教堂里做礼拜时被隔离一样。不过，还有一种宗教信仰比清教受到的歧视更加严重。当地最庄严的建筑——博斯沃斯礼堂（BosworthHall）里举行的私人庆祝会遭到当地治安法官们授权的搜捕。这个礼堂的主人是天主教徒，和托马斯?莫尔（ThomasMore）是亲戚。在1605年的“黑色火药阴谋”（GunpowderPlot）之后，天主教徒被视为潜在的恐怖分子。但天主教的信念深深吸引着小约翰，使他情不自禁地陷入其间探索奥秘。他认真学习圣经（詹姆斯国王钦定的圣经译本于1611年出版并广为流传），并坚信没被上帝选中的人哪怕再强大，也会成为弃民受到永罚。众多关于宫廷的腐败堕落的报道更加坚定了他的信念。
