一九五八年，他又写文章《树立一个对立面》，提出哲学系要培养理论工作者，而不是培养普通劳动者。当然又引起大批判。
以后形势愈来愈严峻，但他仍不断提出自己的看法。如一九五九年强调“境界说”仍有合理性；一九六一年提出“普遍性形式”说，认为孔子关于“仁”的学说有进步性。同时他有一个大计划，足以承载他的思想，那就是写《中国哲学史新编》。这部书和“贞元六书”一样，表现了他强烈的爱国心。他不是钻在故纸堆中，为史而史，而是要为我们建设新文化提供营养，也就是“阐旧邦以辅新命”。他在六十年代初写这部书，先写过两册，以后停顿约二十年，二十年中经历了多少折腾!他以惊人的毅力坚持下来，他一定要写完这部书，他终于写完了。
蔡仲德《论冯友兰的思想历程》一文中，将冯友兰的思想过程分为三个时期。我同意这个分法，第三个时期是确实存在的，只是还不为人所知。但我以为：第二时期所谓“失落自我”并没有完全失落。我看到有作家因胡风问题被投入狱，出狱多年后，还是低头哈腰，检讨不完；我听说一九?九年后，有画家自巴黎回国，“文革”中遭批判，他认为画画浪费了纸张，每天沿街捡马粪纸，以赎前愆。冯先生自一九四九年后，生活的主要内容就是检讨，但是他并没有完全失落自我。他在无比强大的政治压力下不自杀，不发疯，也不沉默，在这混乱的世界中，在他的头脑里，有一片——哪怕已被挤压得很小——清明的哲学王国，所以在他回归自我时很顺利。
他的失落最突出的表现当然是“批林批孔”那一段。老实说，我始终不明白何以“批林”要联系“批孔”。冯先生参加了“批孔”，我想有几方面原因。
一、对儒家的批判自“五四”始，“打倒孔家店”的口号和批判精神一直传沿下来。
二、开始“批孔”时的声势浩大，又是黑云压城城欲摧的气氛。很明显，冯先生又将成为众矢之的，烧在铁板下的火，眼看越来越大，他想脱身，想逃脱烧烤——请注意，并不是追求什么，而是逃脱!——哪怕是暂时的。他逃脱也不是为了怕受苦，他需要时间，他需要时间写《中国哲学史新编》。那时他已近八十岁。我母亲曾对我说，再关进牛棚，就没有出来的日子了。他逃的办法就是顺着说。
三、毛泽东的影响。先生思想中无疑是有封建意识的。他在“文革”中遭批斗，被囚禁，毛泽东的一句话(大意是，研究唯心主义还得请教冯友兰)，“解放”他于水深火热之中。他对毛有一种知己之感。幸亏他有一个回归自我的阶段，后来他的认识很清楚。在《中国哲学史新编》第七册中写道，毛泽东“立下了别人所不能立的功绩，也犯下了别人所不能犯的错误”。但当时他不可能这样想，也不敢想，而是努力改造。对毛泽东的号召总要说服自己跟上。
