一九三二年，教育部请父亲出任高教司司长，他辞了。一九三四年，他从东欧回来，发表演讲《在苏联所得之印象》，被国民党当局怀疑是共党分子，逮捕，差点儿遭牢狱之灾。一九四三年，西南联大国民党党员还推举父亲致函蒋介石，要求他开放政权，实行民主，建立宪政。他不想做官，他只希望国家富强，老百姓生活得好。至于他自己，有这样高的学术上的地位，他并不要求什么。
如果说父亲有什么错的话，他的缺点就是过于信任了，一个哲学家不应该像老百姓那样，应该有自己独立的思考。人们可以这样要求他，但请注意，那个时代惨状的出现，是长期“思想改造”的结果。
一九四九年以后父亲一直就在被改造中，是最大的改造对象，因为他有思想。张岱年就说过，冯先生地位特殊，不仅没有“言而当”的自由，甚至没有“默而当”的自由。
一九五二年，他访问印度回来，刚到清华，还没进家门就被学生围攻批斗。他屡次检查过不了关，已经都剥光了，还过不了关，金岳霖、周礼全来看望他，金岳霖说：“芝生，你有什么事就交待了吧。”两人抱头痛哭。
“文革”中，父亲已经七十一岁了，天天有人冲来抄家，搬把凳子搁院子里，要父亲站在上面。家里贴满了打倒他的标语大字报，铺天盖地，到处贴封条。衣服都封起来了，天冷了，封条不敢拆，父亲就披条麻袋御寒。他的输尿管不通，腰上挂着尿瓶，被拉去批斗，打倒在地。游街时连连跌跟头，还是要继续走。为了斗他，甚至成立了批冯联络站。我不明白，对手无寸铁的读书人，何至于如此。
一九六六年春夏之交，我在中国科学院哲学社会科学部，那是仅次于北大和清华的“文革”先进单位。我跟何其芳、俞平伯等一起挨批斗，纸糊的高帽子上写了我的罪名，就是“冯友兰的女儿”。那天回到家，如果手头有安眠药，我肯定就不在了。后来一想，是冯友兰的女儿有什么罪，我偏要活着，我就不死。
一九七三年批林批孔时，父亲在哲学系例行的政治学习会上发言(要知道，学习会是人人都必须参加的)，《对于孔子的批判和对于我过去尊孔思想的自我批判》，又在北大老教师批林批孔会上作《复古与反复古是两条路线的斗争》的学习发言，这都是例行的小组发言，被全国各大报转载，父亲并不知情。
父亲参加“批孔”，有其内在原因，二十年代，父亲在《中国为什么没有科学》一文中，就对孔子提出过批评，这是学术问题，这里不能详细地说。当时批孔来势凶猛，黑云压城城欲摧。父亲被放在铁板上烤，他想脱身——不是追求什么，而是逃脱被烤。他已经快八十了，要留着时间写《中国哲学史新编》。再关进牛棚，就没有出来的日子了。另外，父亲的思想中是有封建意识的，他对毛泽东有一种知己之感，对毛主席的号召要说服自己努力跟上。努力跟上也是当时许多老知识分子的心态。
