但是，文件下发之后，仍然没有引起房地产企业的足够重视。2006年12月28日，国家税务总局再次下发了《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发［2006］187号文件，以下简称《通知》）。该《通知》下发之后，在房地产界引起强烈的反响。该《通知》决定，自2007年2月1日起在全国范围内对房地产开发企业的土地增值税开展全面清算工作，并将对房地产企业的纳税情况适时开展税收专项检查。这意味着没有贯彻执行到位的《土地增值税暂行条例》将予以严格执行。
1995年5月17日，国家税务总局制定并下发了《土地增值税纳税申报表》，这套报表包括适用于从事房地产开发企业的《土地增值税项目登记表》。
为加强和规范对不动产、建筑业的税收征管，贯彻“以票控税、网络比对、税源监控、综合管理”的治税方针，实现对不动产、建筑业税收的精细化管理，国家税务总局制定了《不动产、建筑业营业税项目管理及发票使用管理暂行办法》（国税发［2006］128号文件）。针对房地产开发企业严格制定一系列诸如项目登记和预征、年度结算、竣工决算和全面清算等具体管理办法。这也意味着国家将扭转对房地产开发企业土地增值税实行多年的以“预征制”为主转向房地产开发土地增值税以“清算”为主的阶段。
长期以来，由于土地增值税只预征不清算，使得房地产开发企业误认为土地增值税是一个税负较轻的“小税种”。实际上，在房地产开发企业的税负构成中，土地增值税占有较大比重，是一个不可轻视的税种。土地增值税课税对象是指有偿转让房地产所取得的增值额，它的计算、申报和清算涉及收入及扣除项目金额的确认、扣除法和评估法在计算增值额时的运用、超率累进税率计算等，所以，它又是一个计算复杂、申报较难的直接税种。目前，房地产开发企业面对国家对土地增值税清算的征管模式，如何理解和应对全面清算政策、如何灵活运用政策法规、如何全面掌握申报业务、如何熟练掌握纳税筹划、如何防范涉税法风险等，已成为房地产企业管理层急需解决的问题。
（一）土地增值税的清算单位
（1）以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算。
（2）对分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
（3）开发项目中同时包含普通标准住宅和非普通标准住宅的，应分别计算增值额。
《实施细则》第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。在这里需要研究什么是土地增值税的成本核算对象。［1993］财会字第02号文件印发的《房地产开发企业会计制度》规定，企业应根据本企业的经营特点，选择本企业的成本核算对象。房地产开发企业一般以每一独立编制设计概算和施工图预算的单位工程作为成本核算对象，即以每栋独立的房屋作为成本核算对象。对同一开发地点、结构类型相同、开竣工时间相近，并由同一施工队伍施工的群体开发项目，也可合并作为一个成本对象。如果房地产企业以每栋独立的房屋作为成本核算对象，则适用国税发［2006］187号文件的规定，即开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。如果房地产企业以开发小区作为成本核算对象，同样也适用该文件的规定。这一点非常重要，因为只要能将普通标准住宅和非普通标准住宅分别计算增值额，就可以执行《土地增值税条例》对普通标准住宅的优惠政策，增值率不大于20%的，免征土地增值税。
