人民政府任命为西北军政委员会委员、甘肃省政府主席。
在国民党起义的军政人员中，邓宝珊和程潜均被任命为省政府主席。
大家认为，邓宝珊出生在甘肃，又曾在甘肃供过职，与甘肃各族各界都有交往，让他担任甘肃省的主席实在是太合适了。
同邓宝珊在甘肃共过事的邵力子很有感慨地说：“从前我三次向蒋介石举荐你这个甘肃人担任甘肃省主席，都没有任命。
共产党一建国就起用了你，可谓知人善任。”
1949年12月，邓宝珊正在绥远参加绥远军政委员会成立典礼，突然接到兰州电报说，甘肃省人民政府将于1950年1月8日成立，请邓先生前往主持。
当时，时间紧迫，在战争期间被破坏的陇海铁路灵宝大桥段尚未修复，火车不通，乘汽车时间又来不及，于是在周恩来总理的批示下，邓宝珊将军乘飞机前往。
这架飞机是原中航的客机，虽然机器还是好的，但是玻璃有几块已经坏掉，飞行中风呼呼地灌进来，为确保安全，乘机的人每人带上一顶降落伞。
久经沙场、久历生死考验的邓宝珊从容地背着降落伞，披着大衣，一上飞机就开始睡觉，一直飞了五个小时。
到达兰州后，他精神焕发地主持了甘肃省人民政府的成立仪式，开始了省政府主席的生涯。
解放初期的兰州，战争遗留的痕迹到处可见，电灯不亮，电话不灵，马路不平，晚上点着蜡烛照明，喝的水都能沉淀出一层泥沙，人民生活极为困难。
兰州是省会尚且如此，甘肃其他地区就更糟了。
邓宝珊深感自己责任重大。
为了不负共产党和人民的重托，他不辞劳苦、不顾自己身患高血压病，经常到下面体察民情。
他的足迹遍布甘肃全省。
在不能通车的地方，他就步行崎岖山路好几个小时也要到达下面的县村。
在甘肃中部干旱地区视察时，那里人民生活的艰苦让他痛心，他说：“不到这里，就不了解甘肃！”
邓宝珊不但善于调查研究，而且勤于思考，他认为培养少数民族干部和统一公职人员薪资这两个问题是当务之急。
因此，在1950年的2民革中央开基立业从民族、民生最基本的需求入手政协大会上，邓宝珊提交了两份提案。
这两份提案分别是关于创建民族学院（第16号提案）和统一薪资问题（第25号提案）。
第16号提案寥寥数语，不过百余字：
案由：创办民族学院案。
理由：培养少数民族的干部，以适应工作需要。
西北是少数民族较多的地区，兰州是西北的中心。
因此，建议在兰州设立民族学院。
办法：请中央人民政府拨款在甘肃兰州创办可容一千学生的民族学院，招收各少数民族青年。
但是，这百余字却体现出这位儒将出身的省长的深谋远虑。
甘肃地区由于错综复杂的历史原因，民族问题比较多，民族关系紧张，民族矛盾突出，部分地区不时发生流血冲突，甚至发生震惊全省的重大事件。
对于这一点，生于斯、长于斯又长期在甘肃军政界任职的邓宝珊有着充分的认识。
担任甘肃省人民政府主席后，邓宝珊对民族问题十分重视，做了大量工作。
他特别重视发挥当地民族宗教代表人士的作用，经常与他们进行沟通，做他们的思想工作，宣传国家的民族政策，引导他们把本民族的命运与祖国的前途紧密地联系在一起。
同时，他在处理民族问题时善于把握原则和尺度，努力做到公平公正，深受当地少数民族的拥护和爱戴。
