1916年12月26日，是一个值得纪念的日子。这天蔡元培才正式被任命为北大校长，这天早上九点他就到陈独秀下榻的旅馆与之相晤相谈；同一天蔡元培应信教自由会之邀在中央公园演讲，陈独秀到会聆听，并以“记者”名义记录为《蔡孑民先生在信教自由会演说》，然后刊之于第2卷第5号《新青年》上（1917年1月1日出版）。可以想象，这一天蔡陈两位老友是何等欢欣。陈万雄说：“这是一非常有象征意义的面晤，蔡之邀陈入北大，陈之首先发表蔡之文章在《新青年》，表示一校一刊革新力量的结合的开始。”陈万雄：《五四新文化的源流》第48页，北京：三联书店1997年1月版。
同行的汪孟邹在日记里记下这富有历史意义的一幕：“十二月二十六日，早九时，蔡孑民先生来访仲甫，道貌温言，令人起敬，吾国唯一之人物也。”首次见面，蔡元培就“相与商定整顿北大的办法，次第执行。”初晤之后，“蔡先生差不多天天要来看仲甫，有时来得很早，我们还没有起来，他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等侯”--这是汪孟邹回上海后对亚东图书馆同人叙说的京华佳话。汪原放他们听了，感叹道：这很像“三顾茅庐”哩。汪原放：《回忆亚东图书馆》第35、36页，上海：学林出版社1983年11月版。
有趣的是，蔡元培如此倚重陈独秀，陈仍不想北上，要回上海办他的《新青年》。他指望以《新青年》来影响全国的思想面貌。蔡元培立即劝他：“就把《新青年》搬到北京来办罢。”沈尹默：《我与北大》，《中华文史选辑》第61辑，北京：中华书局1979年4月版。即使如此，陈独秀仍只勉为其难地答应先试试：“蔡先生约我到北京大学，帮助他整顿学校。我对蔡先生约定，我从来没有在大学教过书，又没有什么学位头衔，能否胜任，不得而知。试干三个月。如胜任即继续干下去，如不胜任即回沪。”石原皋：《陈独秀生平点滴》，《安徽文史资料选辑》1980年第1辑。按此乃陈北上前与邻居岳相如所言。
1917年1月11日，蔡元培上任后第5天即呈教育部，要求聘请陈为文科学长，呈文称陈“品学兼优堪胜此任”。两天后的1月13日即获教育部批准，并于15日在校内公布。试问今日域中有此效率么？
这“消息传出后，全校震动。青年学生无不热烈欢迎，奔走相告。而教师中的遗老遗少则窃窃私议，啧有烦言”，说“陈先生只会写几篇策论式的时文，并无真才实学；到北大任教尚嫌不够，更不要说出任文科学长了。蔡先生对于这些攻击，态度鲜明，驳斥是有力的。他说仲甫先生精通训诂音韵学，学有专长，过去连太炎先生也把他视为畏友。熟悉陈先生的人也出来说话，说他在文字学考据方面有素养，有研究有著作。高一涵先生甚至说仲甫先生讲文字学，不在太炎先生之下。这样众口一词才慢慢堵住了攻击者的嘴”。罗章龙：《陈独秀先生在红楼的日子》，《新华文摘》1983年8月。
陈独秀与蔡元培相互倚重的意义，梁漱溟看得很清楚，以至晚年犹说：“自1916年冬蔡元培先生接任北京大学校长的职务后，北大由死水一潭变成开水一锅。蔡先生一上任就着手萃集四面八方的人才……陈独秀先生是佼佼者，当时他确是一员闯将，是影响最大，也是最能打开局面的人。但是，陈这个人平时细行不检，说话不讲方式，直来直去，很不客气，经常得罪于人，因而不少人怕他，乃至讨厌他，在校内外都有许多反对他的人，只有真正了解他的人才喜欢他，爱护他，蔡先生是最重要的一个。……陈独秀本领再大，在那时的北大，如果得不到蔡元培先生的大力器重、维护和支持，以陈之短，他很可能在北大站不住脚，而处于无用武之地。”汪东林：《全国政协委员梁漱溟谈蔡元培先生》，《光明日报》1980年3月9日。
近年有些学人好做出奇制胜的文章，如世人皆说蔡元培聘陈独秀为文科学长乃其得意之笔,他们却说为“最大的败笔”；世人皆知蔡元培时代从教育部到北大都不奉“唯学历论”，从鲁迅到梁漱溟都没有大学学历仍不失为名师，他们偏抠住蔡给教育部呈文说是“伪造假学历、假履历，欺骗教育总长”……南呼北应，好不热闹。其中过节，我在《天下第一刊：新青年研究》中已作分解，不再说了。参阅拙著《天下第一刊：新青年研究》第55-56页。按蔡元培给教育部呈文所附履历为：“陈独秀、安徽怀宁县人，日本东京日本大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长，安徽高等学校校长。”这倒让我想起鲁迅《狂人日记》中大哥教“狂人”作文的诀窍：“我还记得大哥教我做论，无论怎样好人，翻他几句，便打上几个圈；原谅坏人几句，他便说‘翻天妙手，与众不同’”。
四、陈独秀眼中的北京与北大学子眼中的陈独秀
陈独秀应该是1917年春节（1月22日旧历除夕）后，携《新青年》及妻室搬家到北京箭杆胡同9号，编辑部即设在他的住宅。
其实陈独秀对北京的印象并不佳。他曾以新从欧洲回来的朋友视角写了篇《北京十大特色》，大致可代表他的“北京观”：
有一位朋友新从欧洲回来，他说在北京见了各国所没有的十大特色：（1）不是戒严时代，满街巡警背着枪威吓市民。（2）一条很好新华街的马路，修到城根便止住了。（3）汽车在很狭的街上人丛里横冲直撞,巡警不加拦阻。（4）高级军官不骑马，却坐着汽车飞跑，好像是开往前敌。（5）十二三岁的孩子，六十几岁的老头儿，都上街拉车，警察不曾干涉。（6）刮起风来灰尘满天，却只用人力洒水，不用水车。（7）城里城外总算都是马路，独有往来的要道前门桥，还留着一段高低不平的石头路。（8）分明说是公园，却要买门票才能进去。（9）总统府门前不许通行，奉军司令部门前也不许通行。（10）安定门外粪堆之臭，天下第一！陈独秀：《北京十大特色》，《独秀文存》第533页。
或许说这就是陈独秀居住的北京城。陈独秀后来还写过四篇论上海社会的短文，构成他的“双城记”。相对而言，他认为上海社会环境龌龊，北京生态环境糟糕。不管北京多糟，陈独秀还是在北京呆下来了，到北大担任文科学长了，而且并非只是试干三个月就离任。
陈独秀在北大文科学长任上到底干得怎么样？后世评价不一。但“评价”多是些干燥的文字。陈独秀没有蔡元培、胡适那么幸运，有众多铁杆粉丝提供了众多传神的故事。陈独秀在北大上任除那点绯闻生前死后被炒得沸沸扬扬，能见其业绩与性情的文字不多。冯友兰说的一则轶事，我在《文人陈独秀》中用过。但版本不一样，今引的更生动：
