玄学面对无，科学面对有。性的基本特质之一就是无，是人的五官看不见，听不着，闻不到的东西。玄学的对象是本性法道，而它们是无。人性是能面对无的，能见无的，能用无的。人是有意念，有情感，有心理，有精神的，这些都是虚的，无的东西。这些都是科学所无奈的。研究有是科学，如果是无，没有数、量、形则科学无法研究。也就是说，无是科学大多到达不了的。正是科学无法到达无，所以常有把无作为虚无的东西加以抛弃的事发生。但是，无可能比有更为重要。这个世界往往是无决定有，而不是有决定无。就像性及性别对人是决定性的一样，而性与性别是无。是性、能、质决定数、量、形，而不是数、量、形决定能、性、质。哲学、形而上学对超出整体的无作为自己探索的对象，从根本上来说是发达不起来的（全体的研究都已经很困难了，更不用说从能、本、性、质之虚无的出发了）。因为以科学的方式作哲学的形而上学的研究是非常困难的，它够不着。玄学觉悟的是能、本、性、质、法、道及其观念和方式，根本在于性。玄学面对的是无形的世界，是主观的世界，它和科学有根本的不同。
玄是见出虚空的，科学是见出实在的。玄的主体是无形的，玄的客体也是无形的。玄研究无形的东西，科学研究有形的东西。陶渊明所说“此中有真意，欲辨已忘言”，这就是对虚空境界的直觉。在美学领域里和艺术领域里，玄的作用可能会大些。绘画、书法、园林其中的空间性、时间性、个性分别的变化与互动的美只能是觉着，无法用言语来表达。自然山水的胜景无法用科学来分析，当下觉着便是。此中的阴阳、干湿、动静等意韵都是呈现为虚空、虚无、气性和风格，直接面对心性。玄是对虚无的念、识、境、观、象的觉着，是科学所不能的。
由于本是一，是本根，呈现的是规律，它的能、形在一个历史时期是不动的，有些则在千万亿年里是不动的，所以玄之觉着直截简单，但极重要，科学研究较为复杂，极为日常。
玄不在乎其对象数、量、形的变化。它们可以是各各不同的，如男性与女性，天性与人性，其所呈现的相貌虽然可以不同，可以彼、此、前、后的变化，但是，玄仍可以见性。即如“温性”可以从水、动物、人、天气中见出，虽则对象、形态、形量不同，但性依然可见。科学研究的对象（数、量、形）是一定要定的，在测（衡）量之那一刻是一定不能变动的。一有变动，科学就束手无策了。而玄学不在意数、量、形及对象的变化，形象的变化，形态的变化，只在关注能、本、性、质及其变化。
玄学应用主要是道，而不是技、术，至少是慧、法、道。玄见的是法、道，不是技、术。玄能见的是规律而不是程序。玄见出的是命运，是根本的方向，是终极的结果，而不是当下的、微观的、实在的东西。玄是用来知法道、知往来、知生灭、知死活、知长短、知强弱的，用来掌握规律和命运的。
由于玄是见性的，所以以演绎为主。玄是用一种推理的方法，用一般的公理推出关于特殊情况下的结论。它与归纳恰恰相反。科学多以归纳为主。科学基本上是由一系列具体的事实概括出一般的原理。玄学是见性的，所以它从本性和法道出发，推断出种种可能。
由于玄是从能、本、性、质从法、道出发（从本性及规律出发），所以玄学是可以预测命运的。由于科学基本上从数、量、形出发，从具体的事实出发，所以它很难作预测。科学界有一种说法，就是命运是不可预知的，未来是不可预知的。根本原因在其思维方式以科学为主，以归纳为主。由形量推出性质可能性是有的但是极为有限，推出命运则更是难上加难。因为形量没有规定性，没有规律性。由性质法道推算出数量形是完全可能的，推出算出命运，也是轻而易举的事。能、本、性、质、法道有规定性，如太阳自转一次（一天）为二十四小时且分秒不差。性质规定了演化，如此一定知道。
玄学是解读内在的，科学是解读外在的。玄学的主体是内在的，玄学的客体也是内在的。对外在的、实在的、物质的研究，玄学并不擅长，而科学是擅长的。对于内在的、意念的、思想的、情感的、精神的、虚无的、心性、地性、天性的研究对于科学来说过于虚无，无法进行研究。玄学擅长向内的、根性的研究，而科学擅长向外的研究、物质的研究、客观的研究。
玄学是直觉的，是一会即觉。即如审美，漂亮的就是漂亮的，丑的即是丑的，一看就有了判断。其中少有分析过程。事实上当下也进行分析。觉着美即是美，觉着丑即是丑，很少讲逻辑。玄学主要是对虚无的主观的东西下直接的判断。科学是客观的、规律性的、理性的认知，它依循事物发展的逻辑，以逻辑学的方式认知。玄学少有过程，是直接的、直觉的感受。觉着是当下的。性质的、内在的、主观的东西也无法清晰的展开分析过程。玄学和科学在这一点上有根本的区别。
