不论东大寺火灾的凶手是否松永久秀，这一次夜袭至少看来收效甚佳。东大寺的熊熊大火显然吓住了三好三人众和筒井顺庆，使松永久秀暂时得到了一次胜利。不过由于三好三人众与筒井联军的人数优势，战局随即逆转，三好长逸诱降了饭盛山城，从而使三好筒井联军控制了大和国的局势。到第二年六月，信贵山城被攻克，九月，三好与筒井联军向多闻山城东侧发起了攻击。
在松永久秀岌岌可危的时候，一名霸主式的人物出兵上洛，正是他的出现，挽救了松永久秀，而狡猾的松永久秀此时也及时抓住了这一时机，反败为胜。
四、反复无常
永禄十一年（1568）九月，织田信长拥足利义昭上洛，这一次上洛不但是信长天下布武的开始，也给危难中的松永久秀送来了一根救命稻草。松永久秀是一只老狐狸，他凭借敏锐嗅觉认定无论是三好三人众还是筒井顺庆都不是信长的对手，如果在此时投靠信长，肯定能够获得最大的利益。于是，九月二十七日，松永久秀带着儿子久通和三好义继到芥川山城迎接信长。松永久秀献出了他所收藏的名茶器“九十九发茄子”和名刀“天下一振の吉光”，作为降伏信长的见面礼，同时允诺献出人质。信长接受了松永久秀的降服，并许诺赦免松永久秀杀害将军的罪名，帮助他取得大和的支配权。
在信长的帮助下，松永久秀展开了反攻，在得到细川藤孝、和田惟政和佐久间信盛的援军后，松永久秀于十月夺回筒井城。接着，松永久秀势如破竹，平定大和，三好三人众和筒井顺庆反而成为丧家之犬。
信长上洛的成功可以说松永久秀出力甚多，松永久秀因此得列为织田家的重臣之一。元龟元年（1570），信长出兵讨伐越前朝仓义景，但却在途中得悉了妹夫浅井长政背叛的消息，信长面临遭受两面夹击的危险，被迫分散撤退。在撤退过程中，松永久秀主动请缨，说服了近江国的朽木元纲，让他为信长让出一条通道，松永久秀又立一功。
事实上，信长对松永久秀的性格并不是没有了解，不过他是一个极端自信的人，他深信自己可以压服这个诡计多端的老狐狸。不过遗憾的是，松永久秀却不是一个安分守己的人，当幕府将军足利义昭与信长关系破裂后，松永久秀血液中一直存在的叛乱癖病毒就开始蔓延开来。
元龟元年（1570），在足利义昭的策划下，武田信玄、浅井长政、朝仓义景等方面组成了严密的信长包围网。足利义昭是一个颟顸的家伙，他全然忘记了三好三人众之流是如何对付他的兄长足利义辉的，他被利益冲昏了头脑，把三好三人众也招纳进了他所罗织的包围网中。于是京都再度面临战火威胁，而唯恐天下不乱的松永久秀也在这个时候蠢蠢欲动。第二年，松永久秀和三好三人众达成了和睦协议，暗通武田，在信贵山城树起了反帜，信长的周围危机四伏。而信长为稳定畿内局势，立刻上洛，松永久秀未料到信长如此快地出现在京都，于是立刻降伏。
不过这样的降伏在双方看来都只是一种表面功夫，信长经过这一次以后，对松永久秀的性格也大有认识。而松永久秀的谋反行为也给他的一个死敌--筒井顺庆带来了一个向信长邀功领赏的机会。元龟四年（1573），武田信玄上洛的消息传来。三月，足利义昭依仗着武田上洛，有恃无恐，与信长公开决裂。松永久秀和三好义继也看准了这个时机，举旗响应。不过他们都没料到武田信玄的上洛却因为天不假年而半途而废，同年，没有了武田威胁的织田信长发起了反攻，朝仓和浅井先后被灭。天正元年（元龟四年改元天正，1573）七月，信长流放足利义昭，终结了室町幕府的历史。十一月，联合松永久秀谋反的三好义继被织田军围剿而身亡。而松永久秀也在这个时候遭到了筒井顺庆的疯狂反扑，损失惨重。眼看大势已去的松永久秀又一次做了“识时务者”，他把多闻山城献给信长，又一次宣布投降。
被松永久秀三番两次背叛的信长对这个人物啼笑皆非，他曾经不无讽刺地评价这个唯恐天下不乱的叛乱癖患者：“这个家伙一生中做了三件别人都不敢做的事情，第一就是杀死了幕府将军，第二就是把主君三好家弃如敝屣，第三就是烧了东大寺。”信长的话中似乎还带有一种欣赏的意味。松永久秀的那种“敢为他人所不为”的精神似乎和信长的性格很为投缘。
不过信长并不会因为他们的性格投缘而轻易地饶过背叛者，他的理想是建立“平安乐土”，而松永久秀的行为是和信长的理想背道而驰的，这就导致了松永久秀最后的悲剧结局。
