明智光秀真正的崭露头角却是在天正年间，织田信长逐渐将明智光秀、羽柴秀吉等“新秀”提拔为独当一面的将领，但是，也正是在明智光秀逐渐崛起的时候，他与信长之间的隔阂也在日益加深。在荒木村重反叛中，明智光秀就扮演了一个很尴尬的角色。因为荒木村重和明智光秀是儿女亲家，荒木的反叛直接导致两家婚姻关系的破裂。而明智光秀在荒木反叛后曾经出于亲谊向信长求情，如果荒木投降，希望信长能放过他全家性命。然而，荒木村重和信长的矛盾已经不可调和，一方拒绝投降，另一方则对叛乱者深恶痛绝。最终，明智光秀的劝说没有起到任何作用。
丹波八上城之战则更是埋下了明智光秀与信长之间决裂的引线。丹波八上城城主波多野氏曾经为三好家臣，因为信长的军事压力而臣服。在这样的情况下，很难保证波多野家对信长有多大的忠心。果然，波多野家于天正四年（1576）举起了反旗。这次的反叛直接导致明智光秀的丹波国攻略遭到重大失败，而且直接影响到了石山战争的进程。
波多野家的反叛早于别所长治和荒木村重，可以说他开了一个很不好的先例。在处理了荒木村重和别所长治叛乱以后，信长对波多野家的耐心也到了极限。天正七年（1579），明智光秀作为主将讨伐波多野氏，他于当年六月攻克八上城，从而成为丹波国主。据说明智光秀为了促使波多野氏投降，将他的母亲送进城中作为人质。虽然很多人认为这个“母亲”其实是个赝品，但这个女人当时确实是以母亲的身份被送进了八上城。然而，对波多野家的叛乱早已暴怒的信长竟然不顾明智光秀的面子，下令将波多野秀治和波多野秀尚兄弟处以磔刑，失去主人的八上城立刻认为明智光秀背弃诺言，将他的“母亲”处死。这件事情对明智光秀来说是一大耻辱，因为信长的行为，使他成为一个没有诚信的人。同时，明智光秀也认为信长在处理事务的时候根本没有顾及他的感受，他觉得自己在信长的心目中完全没有地位，不被尊重。
明智光秀在丹波城的战争中的卓越表现使他获得了丹波国守护，也成为龟山城的主人，获得了和羽柴秀吉、柴田胜家等人同等的地位，成为织田家一个方面军的领导。他也被人称为“近畿管领”。在飞黄腾达的同时，明智光秀也一步步走上了和信长决裂的道路。
六、敌在本能寺
天正十年（1582），在消灭夙敌武田氏以后，信长巡视了甲府，然后经过日本的象征--富士山。在游历山色之后，信长一行向安土城进发。与此同时，在西方，山阳道军团的羽柴秀吉也从居城姬路城出发，开始了备中高松攻略战。本能寺之变的序幕就从这里开始了。
五月，信长的亲密战友德川家康从三河赶来，同来的还有武田家的穴山梅雪等人，也包括一批三河的武将。信长对这次友好访问非常重视，他派出接待德川家康的正是本能寺之变的另一个主角--明智光秀。
明智光秀在接到“接待役”的工作以后，做得非常用心，至少德川家康对明智光秀的招待看来是满意的。另一方面，羽柴秀吉也开始了水淹高松城的计划，一切似乎都非常顺利。然而，很快，意想不到的事情发生了。
所谓“意想不到的事情”指的是本能寺之变的导火线，一般有两种说法：一说，明智光秀在担任招待任务时，厨房里的菜因为天气炎热（日本的五月到六月是闷热的梅雨季节）而发臭，巧的是，信长正好跑来巡视厨房，臭气就跑进了信长的鼻子里。脾气暴躁的信长闻到气味以后勃然大怒，当场把明智光秀骂了个狗血淋头，撤掉了他“接待役”的职务。许多人可能不理解，本来明智光秀担当的只是一个“外交部礼宾司司长”的头衔，也许有人认为没必要太在意。但这一刻明智光秀肯定想到了佐久间信盛、林秀贞那群老臣的悲惨遭遇。他心里在琢磨自己会不会成为佐久间第二，再加上前段时间刚刚发生的波多野事件，也让明智光秀觉得信长不会把他放在眼里，随时都可以丢弃他。另一说，羽柴秀吉完成了水淹高松城的计划，但毛利家立刻派出大军，由毛利辉元、小早川隆景和吉川元春亲自率领，大有和猴子拼命之势。羽柴秀吉立刻向信长求助，请信长前来主持和毛利家的决战。但后来，毛利家和猴子根本没打起来，有人认为，猴子请信长来，纯粹是要在主子面前炫耀他水淹高松的壮举，所以，有些阴谋论者认为，此后发生的事情一切都出自羽柴秀吉的策划。然而，信长是当真认为要和毛利决战的，于是他立刻下令明智光秀停止接待工作，出兵援助。而此时的明智光秀已经是信长山阴道军团的军团长。这个命令下达以后，被他理解为要去接受同为军团长的羽柴秀吉的指挥，他立刻发挥了丰富的想象力，从降级联想到失宠再联想到流放。同时羽柴秀吉也在越权向明智光秀的山阴道伸手。信长也有意想将光秀转封出云国和石见国，这样，光秀就可能成为秀吉的手下。这一切都让明智光秀觉得自己地位堪虞。
