“四大导师”之一王国维在清华国学研究院执教的两年中，尽管生活趋于平静，学问越发精进，但仍“时时以津园为念”，每年春节都要去天津晋见“皇上”，还常为“有君无臣”而忧虑。1927年5月间，听说以蒋介石为总司令的国民党北伐军，一路势如破竹，攻城略地打到了河南，即将北渡黄河，扫荡华北，入主京师。又听说湖南的叶德辉、王葆心等一代名儒为北伐军抓起来砍了头，王氏甚为恐惧，常与吴宓、陈寅恪等人议论应变之事。6月1日，清华国学研究院第二届学生毕业，典礼过后，下午举行“师生叙别会”。梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任四位教授各入一席，李济、梅贻琦等在座，师生畅谈别情。据当时在场的研究生柏生回忆：“座中（王国维）先生为吾侪言蒙古杂事甚畅，其雍容淡雅之态，感人至深。”宴席将散，梁启超起立致辞，历述同学们之研究成绩，并谓：“吾院苟继续努力，必成国学重镇无疑。”众皆聆听，王国维亦点头表示同意此说。宴毕，王国维与众师生作别如平时，尔后随陈寅恪至南院陈宅，二人畅谈至傍晚。【73】是日晚，王氏在自家宅中会见谢国桢等同学，依旧是谈笑和怡。送走谢国桢等人后，又回到书房批阅完试卷（第三届研究生招考），乃写遗书一封藏于怀中，像平常一样安睡了。
6月2日晨，王国维餐毕，八时至研究院办公，料理事务如常，并与同仁谈及下学期招生事宜。随后王离奇地向事务员侯厚培借了五元钱，独自悄无声息地走出清华园，在校门雇一辆洋车径赴只有几里地的颐和园，花六角钱买了一张门票，让车夫在原地等候，约十时步入园内，徘徊于长廊之间，后踱步至园内鱼藻轩前的昆明湖畔独立沉思，尽纸烟一支，约十一时左右，怀揣剩余的四元四角和一纸写有“五十之年，只欠一死，经此世变，义无再辱。我死后当草草棺殓，即行藁葬于清华茔地”等字样的简短遗书，纵身一跃，沉入湖底。虽有园丁“忽闻有落水声，争往援起”，但王的头颅已插入淤泥，前后不过两分钟即气绝身亡。【74】一代国学大师由此告别了凡尘滚滚，充满血腥、苦痛与悲伤的世界，时年51岁。
王国维沉湖而死，引起了清华师生巨大悲痛，全国学界为之哗然。清华国学研究院“四大导师”之一陈寅恪怀着极度的悲伤与哀痛，以他深厚的学术造诣与犀利的洞世眼光，挥毫写下了哀婉凄绝的挽联：
十七年家国久魂消，犹余剩水残山，留于累臣供一死。
五千卷牙签新手触，待检玄文奇字，谬承遗命倍伤神。【75】
陈寅恪诗文尚以隐晦难解著称，此诗算是较为浅白的一个例外，但对个别字词的理解也曾引起学界不休的争论。王国维在遗书中曾有“书籍可托陈、吴二先生处理”【76】之语，陈诗中所谓“谬承遗命”当指王氏遗书所言。显然，王国维是把陈寅恪、吴宓视作他的知己的。面对知己，陈氏于“倍伤神”中又发出了“敢将私谊哭斯人，文化神州丧一身”【77】，“风义生平师友间，招魂哀愤满人寰”【78】的深切悲鸣。
王国维的死之所以引起陈寅恪如此悲伤，自是与二人过往岁月结下的深厚友谊，并对天命人事在心灵深处产生共鸣有极大的关联。
面对王氏离奇的跳湖自尽，学术界产生强烈震动的同时，坊间对其死因也产生了种种猜测议论，致使有多种说法流传于世，如“殉清”说，“殉文化”说，“悲观哀时”说，罗振玉“逼债致死”说，王国维“妻妾出轨受辱”说，等等，一时甚嚣尘上，莫衷一是。王氏之死遂成为一个人言言殊的谜团。【79】
