陈寅恪二次赴日，正值日俄因争夺中国东北利益而大打出手之时。日本侵占中国的旅顺、大连、营口等地，而苟延残喘的清政府只能作为“局外中立者”，划辽河以东地区为两国交战地，辽河以西为中立区，眼睁睁地看着成群的狼熊在中国土地上疯狂撕咬嗷叫而束手无策。这一狼一熊撕咬的结果是：俄国熊伤势严重，渐感体力不支，不得不放弃在中国东北部分特权，拱手送给日本狼，并割库页岛南半以和，日本狼借此获得满洲南部特权。至此，世界各国的狼虫虎豹在中国的势力范围基本划定：德国占据山东半岛；法国拥有两广、云南、四川；俄国占据北满；日本获得南满、福建，并获得在东三省扩大通商、营建铁路、经营租界等项特权；英国以长江流域、云南、西藏为势力范围；美国的胃口更大，推行所谓的“门户开放”政策，要求全中国的门户全部无条件地向强大无敌的美利坚合众国开放。
光绪三十一年（1905）寒假，陈寅恪因患脚气病回国调养。至此，为期近四年的日本留学生活彻底画上了句号。病好后的陈寅恪没有再赴日继续深造，其缘由固然复杂，但在后世研究者看来不外乎有如下几个方面。
日本于日俄战争得手后，开始以世界列强的身份雄视东方，对中国人更是骄横跋扈，极尽丑化蔑视之能事，留日学生被蔑为“支那人”、“猪尾奴”、“清国奴”。鲁迅在《藤野先生》中已描述过仙台学医时那种泣血锥心的人生感受。【47】向来不善言辞的陈寅恪也曾多次表示过“对日本人印象不佳”。【48】面对日本举国上下毕现的种种骄狂之态与轻妄之举，不只有藤野先生那样“小而言之，是为中国”，“大而言之，是为学术”的教授为中国留学生鸣不平，当时日本有识之士也曾表示了他们的愤慨与忧虑。著名政治家、学者宫崎滔天在《关于中国留学生》一文中曾明确地警告日本当局与国民：“我深为日本的威信而悲，为中日两国的将来而忧，更为中国留学生的处境而不禁流泪。我要寄语我日本当局、政治家、教师、商人、房东、下女、扒手、小偷和妓女，你们旦夕欺侮、讥笑、榨取、剥削、诱惑的‘清国奴’中国留学生，将是新中国的建设者。他们今日含垢忍受着你们的侮辱，你们心中没有一点慊焉之情吗？侮辱他们，势将受他们侮辱。互相侮辱必将以战争终始。”【49】未来的事实被宫崎滔天不幸而言中，只是当时日本国民并没有把这位智者的衷告放在心上。
面对日人的骄横与轻视，鲁迅感到了切肤之痛，陈寅恪也自当不会例外。不过，当陈氏第二次去日本时，鲁迅已离开弘文学院在仙台医学专门学校就读，如鲁迅在自传中所说：“这时正值日俄战争，我偶然在电影上看见一个中国人因做侦探而将被斩，因此又觉得在中国医好几个人也无用，还应该有较为广大的运动先提倡新文艺。我便弃了学籍，再到东京，和几个朋友立了些小计划，但都陆续失败了。我又想往德国去，也失败了。”【50】鲁迅所说的小计划，其中之一是企图像当年的著名刺客荆轲一样，采取暗杀手段再加以群众暴动推翻满清王朝。除了暗杀与暴动的宏图大愿，当时的中国留学生有相当一部分理想主义者，试着从文化上探寻救国之道，也就是要深究学术的精奥，解决形而上的问题，即胡适后来所倡导的“我们要救国，想要从思想学问入手，无论如何迂缓，总是免不了的。”【51】云云。而当时世界学术的前沿和最高殿堂在西洋而不在东洋，日本学术只是欧美学术的二手货，要想真正明了彻悟先进文化的奥秘和前进方向，就必须像当年唐僧玄奘一样，非到这一文化的发轫之地取经不可，否则近似扯淡。正因如此，鲁迅便有了出走欧洲到德国求学的打算，可惜未能成行。倒是相对年轻的陈寅恪把这一理想化成了现实，了却了平生夙愿。
许多年后，陈寅恪在给清华学生授课时曾经说过：“日本旧谓其本国史为‘国史’，‘东洋史’以中国为中心。日本人常有小贡献，但不免累赘。东京帝大一派，西学略佳，中文太差；西京一派，看中国史料能力较佳。”【52】
日本东京帝大是明治十九年（1886）由东京大学改制而成，借助明治维新的契机，改制后的东京帝大仿德国现代化大学制度开科办学，并大量聘请外籍教师，犹以德国比例为重。当时德国柏林大学的史学大师兰克，门下有一叫利斯（Ludwig Riss）的弟子，被聘为东京帝大新创立的史学科教授。后来名噪一时，且与陈寅恪在学术上交过手的东洋史代表人物白鸟库吉，就是利斯指导的史学科第一届毕业生。由于白鸟库吉毕业后又游学德、匈等国，成名后参加过数届国际东方学者会议，故陈寅恪称东京帝大一派西学较佳。而以内滕虎次郎为开山鼻祖的京都大学东洋史研究学派，所承继的是日本汉学研究传统，中文根底较深，即陈寅恪所说的“看中国史料能力较佳”者。尽管陈氏说这话时是在离开日本30年后的1935年，但总体评价尚属公允，这除了陈氏本人后来与日本学者有所交流外，与他当年游学日本有密切关系。如同后来中国的考古学派一样，凡是倾向欧美学派与学术源流者，在新的文化进程中均得到发展壮大；凡承继所谓传统的学派如金石学者，逐渐没落。日本的东京帝大派最终战胜了西京学派而出尽风头，其原因也固如此。
