1928年3月底，中央研究院筹备委员会一致通过，“因历史语言研究之重要，决设历史语言研究所于广州，委任傅斯年与顾颉刚、杨振声为常务筹备委员”，以傅斯年为掌门人。这一“无中生有”（傅斯年语）的学术机构的正式设立，令学界人士为之侧目，即是神通广大的胡适都感到有些意外，因而戏称傅氏“狡兔二窟”。[36]
1928年4月，国民政府决定改中华民国大学院中央研究院为国立中央研究院，成一独立研究机关，任命蔡元培为中央研究院院长，杨杏佛任总干事。下设各研究所及首任所长如下：
地质所李四光；天文所高鲁；气象所竺可桢；物理所丁燮（西）林；化学所王进；工程所周仁；社会科学所杨端六。
1928年10月14日，中央研究院历史语言研究所正式宣告成立，所址设在广州东山柏园。傅斯年辞去中山大学教职，应聘出任中央研究院历史语言研究所所长。这一抉择，是傅斯年人生旅程中一个重要的转捩点，也是中国史学异军突起的坐标系，接踵而来的，将是一个“开辟史学新天地”的伟大时代。
就在史语所成立之时，傅斯年与顾颉刚缘分已尽，开始出现裂痕与冲突。
傅、顾二人的矛盾表面上没有特殊的标志性事件供后人评断，据顾颉刚的女儿顾潮说，主要原因是两人的性格、志向不同。顾与傅在北大同窗时，谈及各人的理想与志向，顾谓最强者乃知识欲，傅斯年谓最强者乃政治欲。两人都有刚强的性格，傅斯年博学多才，极具办事才干，甚欲在学术界成为领袖人物，做出一番轰轰烈烈的大事业。但脾气暴躁，霸气十足，在各个方面想把顾氏压服，听命自己的调遣。而顾颉刚则倾心自己的学问，生性倔犟，不吃傅斯年那一套，曾声言只能做自己愿意做的事情，而不能听从任何人的指挥。于是二人关系越来越僵，终于酿成了不能合作之局。
1929年2月，顾颉刚趁中山大学领导人戴季陶、朱家骅不在校之际，携眷悄然离开了广州返回北平。同年9月受燕京大学之聘，出任历史系教授。随后，顾颉刚分别致信戴季陶、朱家骅，正式辞却中山大学教职。自此，顾颉刚彻底脱离了中大，中大失去了顾颉刚。而傅、顾二人天南地北，时聚时散，却是咫尺天涯，互不提携，终生再也没有一起共事。后来，傅斯年接替胡适在北大办文科研究所，曾想与顾颉刚重续旧缘，聘顾氏为北大研究所教授，但顾表示坚决不重做冯妇，为傅氏驱使，以免遭到压迫与征服的耻辱。傅斯年因失了面子，甚觉恼火，竟暴跳起来，并写信挖苦顾颉刚：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚阅信后则漠然置之，在日记上反讽曰：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。中国学校聘外国教员亦多，岂此外国教员亦为作亡国之准备乎？”[37]从此永未回头。
顾颉刚出走后，作为中央研究院史语所所长的傅斯年，开始以他的霸气与超人的办事才能，四处网落人才，并率先把目光投向了清华国学研究院陈寅恪、赵元任两位导师身上。
注释：
[1]李济《创办史语所与支持安阳考古工作的贡献》，载台湾《传记文学》，第二十八卷，第一期，1976年。
[2]伍淑《忆孟真》，原载《傅故校长哀录》，第2卷。转引《谔谔之士--名人笔下的傅斯年》，王富仁 石兴泽编，东方出版中心1999年出版。
[3]胡适《<傅孟真遗著>序》，载《胡适作品集》，第二十五卷，台北，远流出版公司1986年出版。
[4]在“新文化运动”中立过汗马功劳的《新青年》，原名《青年》，1915年9月在上海创刊，1916年1月改名《新青年》，陈独秀主编，年底迁到北京。蔡元培长北大后，于1917年聘陈独秀为北大文科学长，《新青年》继续发行，并得到了李大钊、钱玄同、鲁迅、周作人、刘半农等人的大力支持，1922年休刊，前后只短短的七年，可谓英年早逝。但这份刊物以它独特的风格名动中国，得到许多青年的热烈追捧，当然也遭到“八面非难”，主编陈独秀不得不在1919年1月发表《本志罪案之答辩书》为之辩护。
1931年8月下旬，“五四运动”中北大学生领袖之一罗家伦于北太平洋舟中，向他的助手马星野(原单名伟)就《新青年》时代的北大相关人员情形进行了回忆，马星野于26日晚上将罗氏口述整理完毕，因涉及当时人物甚多，一直未公开发表。直到1978年，罗的女公子罗久芳整理先人遗稿，特检出自美国航寄台湾《传记文学》发表，这段弥足珍贵的回忆录始与公众见面。
