1946年12月，札什伦布寺的寻访队伍来到塔尔寺，与班禅行辕会商，双方毫无异议地确定贡布才旦就是九世班禅的转世灵童，并呈报国民党政府批准。与此同时，西藏噶厦政府在西康省理塘县和昌都八宿县，寻访到两名转世灵童。
问题迅速变得复杂起来，青海、西康、西藏三地分别有了三位转世灵童，到底哪一位是真正转世的班禅呢？长达五年的争论由此开始了。噶厦方面认为，应该把三位灵童全都迎请到拉萨，采用金瓶抽签的办法，最后确定。班禅行辕反对，认为贡布才旦灵异超人，相貌堂堂，转世灵童必他无疑，不用再搞金瓶抽签。双方争持不下，希望国民党政府表态。
1947年春，班禅行辕派人前往南京，向当时的行政院院长孙科、考试院院长王云五、监察院院长于右任、立法院院长戴传贤、蒙藏委员会委员长许世英等党政要员说项，并赠送了大量从西藏带去的黄金、文物、药材。但这些大员只受礼不办事，一次次地推委。最后由行政院代表蒋介石表态：确定灵童一事，应取得西藏宗教主的承认才行，目前不宜立即作出决定。
1949年初，蒋介石下野，李宗仁代理总统，国民党政府迁都广州。班禅行辕追撵到广州请求李宗仁批准转世灵童。李宗仁当即同意了班禅行辕的请求。于是国民党政府于1949年6月3日颁布命令：青海灵童官保慈丹（即贡布才旦），慧性澄圆，灵异夙着，查系第九世班禅额尔德尼转世，应即免于掣签，特继任为第十世班禅额尔德尼。8月10日，由专使关吉玉和青海省主席马步芳主持，在塔尔寺普观文殊殿前，大讲经院内，给十世班禅举行了隆重的坐床大典。但是教界人士都知道，没有西藏僧俗人众的认可，仅靠国民党政府的颁令，班禅的名分是不牢靠的。
1949年10月1日，中华人民共和国成立，这对班禅来说，是个绝好的机会。班禅行辕马上致电中央人民政府：速发义师，解放西藏，本佛誓率西藏爱国人民，唤起西藏人民配合解放军，为效忠人民祖国奋斗到底。这就是说，班禅及其庞大的行辕又要进藏了。中央人民政府立即作出反应：你和你的教民拥护我们，我们就支持你们返回西藏。
返回西藏的一切准备，就在新政权的领导下，紧锣密鼓地开始了，包括护送的军队，包括班禅送给西藏饥民的粮食，包括驮运物资的骆驼。
远在布达拉宫的十六岁的达赖喇嘛不久就知道了班禅要回来。他在咨询噶厦要员的意见之后，对此采取了明智的态度。1951年6月，达赖电告班禅：我卜卦所得良好征兆，您确是前辈班禅化身。决定后已公布札什伦布讫。现在希望您即速起程回寺，所经道路决定后先来电为荷。这是十三世达赖和九世班禅之间展开神与神的对抗、人与人的争斗以来的二十九年中，达赖和班禅的第一次默契。它表明，班禅在宗教方面的合法性，通过卜卦，得到了另一位宗教领袖的承认。
