室町时代中期1441年，室町幕府第六代将军足利义教遭暗杀，使得原已飘摇的幕府名存实亡。讨伐暗杀者的守护大名──山名宗全逐渐扩张势力，成为九国守护大名。守护原为统率各地武士团的大帅，日后演变为拥有一国或数国统治权的领主，室町幕府可以说是各国守护大名的联合政府。日后，这些守护大名有些成为新兴战国大名，有些则渐趋没落。
六代将军遭暗杀后，由年方九岁的长男足利义胜继位七代将军，但在位八个月即过世。接位的义政是义胜的同母弟弟，年仅八岁。当然兄弟俩都是傀儡将军，真正的掌权者是幕府三管领（地位相当于宰相）斯波氏、畠山氏、细川氏。
由于八代将军这宝座有名无实，义政打小就对政事灰心丧意，在位十五年便逼迫异母弟足利义视（义寻）还俗，收他为养子，打算让他继承将军之位。不料义政的正房日野富子竟于翌年产下一男义尚（日后的九代将军）……这下有戏可看了，四周的守护大名为了争权不打才怪。
日野富子的后台是上述的山名宗全派，而山名的女婿是名门管领细川家嫡子细川胜元，这两位翁婿起初关系很好，后来成为死对头，因此义视的后台自然而然便由细川胜元派坐镇。加上斯波家和畠山家也因为继嗣问题而鸡飞狗跳，于是各国守护大名干脆分裂为东军、西军，在京都燃起战火，名为“应仁之乱”，亦是战国时代开幕式（对“应仁之乱”有兴趣的读者，可以找1994年NHK大河剧《花之乱》看看，万屋锦之介饰演山名宗全，野村万斋饰演细川胜元）。
1467年5月，东军二十四国十六万兵员，西军二十国十一万兵员，在人口只有二十二万的京都喊杀连天，害得后土御门天皇和后花园上皇紧急逃难至足利将军宅邸。同年3月，四十七岁的日本水墨画画圣雪舟搭乘遣明船自博多港出发，一路往浙江省宁波航行。两年后回国时，京都和大阪均因战乱尽为焦土。
1473年3月，西军大将山名宗全过世，享寿七十；5月，东军大将细川胜元也暴卒，享年四十四。12月，九岁的义尚正式登上九代将军宝座。此时，各国守护大名因经不起长年开销，双方士兵也陷于厌战情绪中，开始陆陆续续撤离战线，返乡人潮不断。至于长野县、静冈县以东的东日本则因内战频繁，没空顾及西日本的战乱。日本史上第一位战国大名北条早云，正是在这时期登上历史舞台。
1477年11月，长达近十一年的大乱方始终结，然而，战火早已蔓延全国各地。当时具有影响力的守护大名通常兼任幕府要职，必须住在京都，领地只能托守护代管理，守护大名和家臣、乡民之间的主从信赖关系极为淡薄，导致守护代或家臣下克上地跃升为战国大名。
