蒋介石认为大陆“清算”胡适，是“摧毁”中国“伦常道德之一例”；胡适的认识，却完全两样：
他们的清算我，是我在大陆上，在中国青年的思想上，脑袋里，留下了许多“毒素”……
因为我这几十年来对学生讲：我考证《红楼梦》、《水浒传》是要借这种人人知道的小说材料提倡一种方法，教年青人有一种方法，等于孙行者身上有三根救命毫毛，可以保护你们不受任何人欺骗，什么东西都要拿证据来，大胆的假设，小心的求证。这种方法可以打倒一切教条主义、盲从主义，可以不受人欺骗，不受人牵着鼻子走。我说：被孔夫子牵着鼻子走固然不是好汉，被朱夫子牵着鼻子走也不是好汉，被马克思、列宁、斯大林牵着鼻子走，更不算是好汉……现在清算胡适，常常提到这几句话，认为胡适一生做的学问，都是为了反对马克思主义的……
来到台湾之后的蒋介石，念兹在兹的是“反攻大陆”。他要证成打倒的对象是如何“倒行逆施”，所谓摧毁中国传统的“伦常道德”，毁灭中国的“传统历史与文化”，这就是他惯用的论证措辞。相形之下，胡适却是20世纪中国“反传统”的急先锋之一。在他看来，如果中国传统里蕴含着值得珍视的成分，那也是全世界人类文化所可共享同润的，非中国所独有。
因此，当蒋介石强调“伦理道德实为吾人重建国家、复兴民族、治标治本之基础”的时候，照胡适“大胆的假设，小心的求证”的思路，就得追问：所谓的“伦理道德”，究竟指的是什么？套用胡适的话，如果不能拿出证据来，反而被蒋介石强调的“伦理道德”牵着鼻子走，还要用以作为“重建国家、复兴民族、治标治本之基础”，实在不是“好汉”。“中央研究院”当然没有肩起“复兴”那不可证成的“民族文化”之任务的必要。可以说，对于什么是中国传统这个问题，蒋介石与胡适当天的交锋，正具体显现了两种极端不同思路的争战。
当然，对于学术和政治之间的关系，蒋介石与胡适的认知，表面上即使不能说是南辕北辙，实质上还是道分两途。蒋介石希望“中研院”的“学术研究”能够配合“反共抗俄使命”，胡适响应强调的却是真正的学术，“在反共救国复国上，的的确确可以有帮助”。
胡适举了法国的巴士德为例子，说“研究微生物”有成的巴士德，得以促成了蚕种、酿酒的改良，牲畜瘟疫的防治；而在研究蔗种上有很大贡献的“中央研究院”院士李先闻，则是他举的第二个例子。所以，胡适认为：“我们的任务，还是应该走学术的路……”言下之意，要怎么样走“学术的路”，其实是学术界自己的事，与政治领域最高领导者无关；在学术的世界里，蒋介石不会也是“一言九鼎”的领袖。
从大脉络来说，胡适对蒋介石，实在不尽满意；只是，在时代的变局里，跟随蒋却是“无可奈何”的抉择。中共军队渡过长江时，胡适公开表示对政府予以“道义力量来支持”；到了台湾之后，胡适也尽可能对蒋介石提出各式各样的意见。遗憾的是，蒋介石对胡适，往往“表里不一”。比如，胡适于1952年9月15日致函蒋介石，主张“国民党应废止总裁制”和“国民党可以自由分化，成为独立的几个党”等意见，并举土耳其为例，请蒋参考。蒋介石接得此函，在9月23日的日记里说，这是胡适的“书生之见，不知彼此环境与现状完全不同也。中国学者往往如此，所以建国无成也”。同年底，胡适来台，12月13日早上10点，与蒋介石在日月潭涵碧楼见面，两人又有一番“抬杠”，见诸蒋介石日记：
……胡适之来谈，先谈台湾政治与议会感想，彼对民主自由高调，又言我国必须与民主国家制度一致，方能并肩作战，感情融洽，以国家生命全在于自由阵线之中。余特斥之，彼不想第二次大战民主阵线胜利，而我在民主阵线中，牺牲最大，但最后仍要被卖亡国也。
所以，蒋介石批评说：
此等书生之思想言行……彼之今日犹得在台高唱无意识之自由，不自知其最难得之运，而竟忘其所以然也。（均见：《先总统蒋公大事长编初稿》，第11卷）
蒋介石“欢迎”胡适提出意见和建议，却将之视为“书生之见”，批评胡适“书生之思想言行”，极尽轻侮蔑视。然而，在胡适七十岁生日的时候，他却又受到蒋介石、陈诚，乃至于已位居权力核心的北大门生的崇隆欢庆。蒋介石玩弄胡适的“两面手法”，可见一斑。
胡适与蒋介石私下会面“抬杠”的时候，必然繁多难数。不过，胡适与蒋介石私下的“抬杠”，没有多少人得以亲睹其实况。在公开场合，胡适和蒋介石彼此之间，应该是客客气气，“揖让也君子”，因此，在研究院的这场“抬杠”，必然让人“大开眼界”。得以亲逢其盛的李亦园和吕实强教授，对此长存记忆，理有应然。所以，即使他们的述说，稍有小疵，也未必可以都得到文字佐证（例如，胡适是否一开始就说“‘总统’你错了”这句话，文献无征；至于身为“副总统”的陈诚是否有“胆量”拉了蒋介石一把要他坐下，恐怕更是无能验证），但是，胡适不向政治强人低头，不对最高领导唯唯诺诺的风骨，绝对是铁铮铮的历史事实。
再从蒋介石对胡适的“两面手法”脉络而言，蒋介石对胡适这回的公开“抬杠”，明里不置一词，心里应该不会好受。所以，李亦园教授说，蒋介石在胡适担任“院长任内就未再来过南港了”，是否显示他对胡适当场反驳自己“耿耿于怀”，固然没有史据可以证明，却也不是无迹可察。
大江东流，时过境迁，应该不会再出现指定“中央研究院”任务究竟何在的政治领袖了。然而，研究院作为一方自由与独立的学术殿堂，绝非理所当然一路平坦；胡适对蒋介石谈话的这番公开“抬杠”，就是具体例证。因此，回顾这桩陈年往事，正如李亦园教授的评价，胡适为研究院在追求学术自由与独立上树立了一个里程碑，后世必将追怀永远，法式无懈。
