当然，几经活动，胡适依旧留任驻美大使，未让孔祥熙遂其所愿；可是，对选举结果表面上“笑了一下”的蒋介石，其实耿耿于怀，于是中研院院长人选竟然在一时之间“难产”，横遭困难。
如果是军政大员无视蒋介石的手令，蒋未必可以奈其何；至于一群手无寸铁的读书人的忤逆其旨，竟将蒋介石心目中的人选顾孟余弃诸度外，“龙心大怒”的他，得以采取的“报复”手段，可就多了，先将三位院长候选人的名单放在一边，置而不决，始终不做圈选，不过只是小小伎俩。几经争取，一直到了1940年9月18日，朱家骅方始特派受命为研究院的代理院长，于9月20日就职。研究院院长的人选，虚悬半年之久，至此才告尘埃落定。可是呢，朱家骅这一代理，就代理了十七年，一直到他于1957年10月辞职为止，从来没有真除扶正过。蒋介石用这样的手段，“回报”一群读书人维护“学术独立”的选择。
作为最高政治威权，蒋介石总想在一切领域插手管事，遂其所欲，关于中央研究院院长继任者这件事，他依例“下条子”指定人选。在过往的时代气候里，蒋介石的手令，简直就像是“御旨”，没有多少人敢逆龙麟，捋虎须，“抗旨”以对。可是，中央研究院评议会的评议员既不是只晓得“等因奉此”的公务员，也不是蒋介石的直属部下，非得奉命唯谨不可。在学术的世界里，哪里有蒋介石的手令“颐指气使”的空间呢？显然，就像陈寅恪“大发挥其academic freedom说”一般，他咏唱的学术自由的高昂音调，也是其他的评议员共遵同守的信念。蒋介石的手令，在这群读书人看来，无足道焉，根本不是不能忤逆的“圣旨”，更带来了反效果，大家就是偏偏就不投票给顾孟余。他们的作为，确实像傅斯年所言，彻底“表示表示学界之正气、理想、不屈等义”。
随着时代的变迁，现在当然不可能再出现发手令、下条子指定谁来担任“中央研究院”院长的政治领袖了。不过，当年这些学林前辈实践学术自由的用心，他们展现学术独立的风骨，彰明昭著，作为我们承继的精神遗产，则必将是此后学术世界生生不息的永恒动力。
“进军西北”：创立一个研究所的故事1
1943年6月，李约瑟（Joseph Needham）来到了四川南溪县李庄。在战火连天的时代，这里是一群读书人——以中央研究院的历史语言研究所和社会科学研究所（以下简称“社科所”；1945年易名为“社会研究所”）为主——可以潜心于学术世界的“桃花源”。李约瑟很兴奋地和这群书生分享学术心得，他并赞誉道，万里迢迢来到中国之后，“那里的学者是我迄今会面的人中最杰出的”。李约瑟身为中研院动植物研究所（1944年分为动物与植物两研究所）的通信研究员，发表了公开演讲，济济多士，云集一处，如史语所所长傅斯年、社科所所长陶孟和、考古学家李济，等等，俨然学术盛会。
极富戏剧性的一幕，却在演讲将始前一刻上演：出席者之一梁思成，突然把正处于好似“冷战”状态下的陶孟和、傅斯年拉到一起，要他们友好地握握手。在场的学界精英，眼见两人终于伸出友谊之手，纷纷在心里喝彩，李济更特地走上前去和梁思成握了手，还私下说道应该要把诺贝尔和平奖颁给梁思成。本来，陶孟和与傅斯年，都是北京大学出身的。不过，当陶孟和已经是北大的教授时，傅斯年还只是活跃的学生领袖，严格来说，傅算是学生辈的后进。只是，两人之间，既有如梁思成、林徽因等共同的朋友，又同在中研院任职，公务私交均密，情谊实在师友之间。可惜，就在1943年上半年的时候，陶、傅之间的关系却是紧张之至；梁思成的举动，显然让这两位学术领导人，从此重修旧好。
