另一位名史学家顾颉刚对顾孟余也有很好的评价：
顾孟余先生人甚淡泊，不惯争竞。战前铁道部长卸任，即隐居北平西山者多年，及中大校长为二陈（按：指陈果夫、陈立夫兄弟）排摈，又赴美国者五载。此次翁文灏招为行政院副院长，至今不赴。乃今日在同济中见“学生报”，诋其向主亲日，自太平洋事变后，态度始转。按太平洋事变时，渠早在重庆作中大校长矣。其反对汪精卫组织亲日政府，则在汪氏发艳电时也。悠悠之口，造谣侮蔑如此，天下事何能为！不让一好人存在，不论换何政府，当局者必皆坏坯子矣。（《顾颉刚日记》，1948年6月8日）
虽然，顾孟余沉浮宦海多年，故被汪敬熙称为“politician”，良有以也；但是，总体而观，顾孟余的名声威望在学术界里或许难与胡适等人相提并论，唯若傅斯年所说，他确实“清风亮节，有可佩之处”。只是，一旦他成了蒋介石以手令“下条子”的指定人选，他就被迫扛起十字架，不幸被“污名化”了，竟尔蒙遭研究院全体评议员的反弹。
傅斯年向胡适分析，为什么大家都愿意将票投给胡适的原因，并将顾孟余的“落选”，视为一群读书人“自由意志”的展现与学术民主的结果：
此番经过，无组织，无运动，在翁、任请客外，亦未聚商，三五人闲谈则有之耳。举先生者之心理，盖大多数以为只是投一废票，作一个demonstration，从未料到政府要圈您也。我辈友人，以为蔡先生之继承者，当然是我公，又以为从学院之身份上说，举先生最适宜，无非表示表示学界之正气、理想、不屈等义，从未想到政府会舍翁、朱而选您。我初到渝时，曾经与雪艇（按：王世杰）、书诒（按：段锡朋）谈过举你一票事，他们都说，“要把孟余选出，适之也必须选出，给他们看看”，当时可以说是没有人料到照顾到你。此会全凭各人之自由意志，而选出之结果如此，可见自有公道，学界尚可行democracy！
傅斯年也指出，这一群读书人的考虑纯粹是学术的而与政治无涉，因此即便“忤旨”，和蒋介石的指示“南辕北辙”，亦在所不顾：“所以我们的意思，只是‘正经事，正经办’，且不惜忤旨（不举顾），以为此事至少决不至于忤及中国之大academician兼自由民主主义之代表者也！”
傅斯年并讨论了朱家骅得票多而王世杰毫无所得的原因，这里就不详说了。
选举次日，王世杰向蒋介石报告了结果，蒋的反应也很有趣：“……雪艇遇到介公，以顾未选及三人结果陈明，介公笑了一下。次日语孔（按：孔祥熙）云，‘他们既然要适之，就打电话给他回来罢’。此真出人意外。大约朱、翁二人，亦皆以此忤旨，派他们设法举顾出来，而未办到，偏举上自己……”
孔祥熙当时深受蒋介石信任，“权倾一时”，早思染指对美外交事务，一听到蒋介石说同意胡适卸任驻美大使回国担任中研院院长，立即有所动作；诸方则深知胡适担职关系重大，不能轻易放弃，否则必任凭孔祥熙为所欲为，于是也就极力折中，希望可以“两全其美”：
介公此说一出，于是孔乃立即推荐四人，其人皆不堪。此后我即加入运动先生留在美任之友人中，曾为此事数访岳军（按：张群），并请万不得已时，先设法发表一代理人，最好是翁，以便大使改任一事停顿着（此节雪艇知之详）。然我们如此想着，亦是为国家，在先生则似不应当生到选举人的气。其后一想，“学院的自由”，“民主的主义”，在中国只是梦话！但是把先生拉入先生的主义中，却生如许枝节，亦是一大irony！
