然而好景不长，在吴梅先生为充和题字后的几个月里，卢沟桥事变突然爆发，抗日战争接着就开始了。当时许多知识分子都向四川、云南的方向逃亡，开始了颠沛流离的生活。1937年秋，吴梅先生一家人从苏州逃往武汉、桂林等处，再到昆明，后来由于日军轰炸昆明日益猛烈，又在1939年元月逃往云南大姚县的乡下李旗屯（即他的门生李一平的家乡）避难。在这同时，充和已从苏州到了成都，又辗转到了昆明。(当时充和与沈从文、张兆和一家都在昆明；充和的工作是负责编选散曲，沈从文编选小说，朱自清则编选散文。)当初充和刚到昆明的时候（大约1938年间），她曾经去拜访过吴梅先生，向他报告自己父亲的死讯，“吴伯伯”为此十分伤心。不久吴梅先生就从昆明搬去乡下，从此充和就没再见到他了。
然而，充和至今仍忘不了1939年她到昆明查阜西先生家参加的一个曲会。那天，昆明附近的许多曲友照常闻风而来，大家同聚一堂，在查府轮流唱曲，好不愉快。座中正好也有吴梅先生的儿子吴南青，他很会吹笛，经常在充和上台演出时扮演伴奏的角色。那天他也照例为充和吹笛。到了晚间，曲友们正在一起用餐时，吴南青先生突然接到一个电报。只见他看完电报之后，脸色变得沉重，接着立即起身，向大家鞠个躬，说道：
“我父亲过去了。”
那个突来的消息令大家感到惊愕、悲戚。没想到年仅五十五岁的曲学大师吴梅突然在乡下病逝！曲友们个个热泪盈眶，不能自已。据说大师辞世前还在不断写诗、作曲、校对稿件，最后却因喉病复发去世，令人感到非常意外。
冥冥中吴梅先生的早逝似乎在提醒大家：尤其在战乱时期，昆曲的传承更加显得重要。原来，早在民国初年，昆曲已到了濒临失传的边缘，后来幸而在吴梅先生等人的努力之下，才使穆藕初、张锺来（张紫东）等先生创办了昆曲传习所，而直接促成了苏州昆曲的复兴。然而，在他年轻时，吴梅先生曾一度因找不到昆曲老师而感到烦恼。所以在《顾曲麈谈》中，他曾说道：“余十八九岁时，始喜读曲，苦无良师以为教导，心辄怏怏。”一直到后来，吴梅先生才终于有机会师从清唱大家俞粟庐（俞振飞之父）--当然，在那以前，他早已学诗于散原老人（陈寅恪之父），学词于朱祖谋。但自从学习昆曲艺术之后，吴梅先生则开始专心推动昆曲，不遗余力。他曾在苏州创建振声社，在南京办紫霞曲社，并参加其他各地的曲社活动，经常与王季烈、溥侗、俞振飞、夏焕新、项馨吾、张锺来等曲友相聚。在一些曲会彩串中，吴梅先生甚至还亲自登台客串。而且，无论在课堂或课外，他都不忘培养优秀的曲人后辈。在曲学方面，他的桃李满天下，是有目共睹的。
