1799年，耶拿大学哲学教授费希特（1762-1814）决定辞职。从表面看，他主动请辞的原因是上一年刊发的宗教论文被魏玛当局定性为“宣传无神论”；但从实质看，乃是由于他在法国大革命后发表的一系列论文演讲“触犯时忌”，甚至惊动神罗帝国高层，因而被迫辞职。
费希特
费希特是康德门徒，曾在数月之内通读“三大批判”，并用短短月余时间写就阐述康德批判哲学和神学思想之间关系的雄文《试论一切天启》。1791年，费希特抵达柯尼斯堡拜谒康德。康德浏览文章后大喜过望，主动联系出版商，将长篇论文以单行本匿名发表，引起学界一片欢腾：以为万众期待的康德新著终于问世——因为其思想及文风皆酷似康德（鉴于话题“敏感”，匿名发表无疑是出于安全考虑）。哲学大师不肯掠人之美，公开发文将本书著作权归于一位不知名的“神学候补生费希特”。后者因此名动天下，成为哲学界冉冉升起的一位明星。
与此同时，身为魏玛公国宫廷枢密顾问兼任耶拿大学总监的歌德对流行的康德哲学体系也饶有兴味，但苦于不得其门而入。某次无意中读到费希特对康德的阐释，印象极为深刻。1793年，耶拿大学哲学教授席位出现空缺，在歌德力荐下，费希特成功“上位”，并于次年发表就职演讲，题为“论知识学”——在康德先验自我基础上更进一步，推出“绝对自我”，由此开启包括自然哲学、法权哲学、道德哲学、宗教哲学等在内的知识学新时代。正如史家所言，耶拿时期不仅是费希特个人的“高光时刻”，也是德国古典哲学的巅峰期——照耶拿浪漫派代表人物弗·施莱格尔的论断：“法国大革命、费希特的知识学、歌德的《威廉·迈斯特》是这个时代最伟大的三个历史事件。”
耶拿距魏玛约三十公里，根据时人的说法：魏玛有宫廷和文学，耶拿有大学和哲学——前者以维兰德（1733-1813）、赫尔德以及歌德、席勒为代表，后者则以费希特、施莱格尔兄弟以及诺瓦利斯和谢林为代表。费希特既是一流的教育家（1793年，他在新婚之旅途中结识瑞士教育家裴斯泰洛齐[1746-1827]，并深受其思想影响），又是出色的演讲家（日后以“对德意志民族的演讲”著称于世）。据说他的知识学首秀是以沉默开场：他次第吹灭讲台的两盏灯，默然环顾四周（或说令学生面壁），半晌才缓缓开言。他告诉台下听众：“从创世到目前，世界一直处于黑暗之中”——直到众人有幸聆听到他的演讲。作为耶拿的“学术明星”，费希特的讲座一开始大受欢迎。正如他在给妻子约翰娜的信中所言：“上周五，我举办了第一次公开讲座。耶拿最大的礼堂太小了。整个门厅和庭院都挤满了人。人们站在桌子上、长凳上，还有彼此的头上。”由于费希特在演讲中表现出独断、强势的风格，他被同事和学生形象地称为“哲学界的波拿巴”。
费希特在讲座中热情洋溢地鼓吹启蒙运动思想，吸引了一大批追求理想和进步的青年学生（以及市民）。进校不久，他便成为耶拿大学“最受欢迎的”但同时又是“最危险的”哲学教授：他在政治和宗教方面的激进思想为他赢得了若干追随者和拥趸，然而也为他树立了为数众多的对手和敌人——其中既有同事又有学生。处理人际关系一向是费希特的弱项，因此最终等到宗教人士与各方势力联手向他发起猛攻时，他只能落荒而逃。
在费希特对手当中，名气最大的是歌德的密友席勒。1795年，耶拿历史教授席勒与友人创办文学杂志《时序女神》（Die Horen，以希腊季节女神的名字命名），并聘请新来的费希特教授担任联合编辑。费希特欣然提交探讨哲学精神的论文和书信，结果被席勒拒绝，原因是它们与他本人在《审美教育书简》（1794）的观点相冲突。的确，费希特在文中对席勒提出了直截了当的批评，宣称人类受奴役的时代是社会发展史上的“低谷”（席勒鼓吹原始、素朴之美）——一方面，在人们获得真正的自由之前，根本不可能发展出席勒所谓的“审美意识”；另一方面，在“审美意识”尚未发展起来之前，人的解放也只能是空洞的口号。费希特认为，唯一的解决方案，如康德在《何为启蒙》一文中所说，必须唤醒民众敢于追求自由的勇气。唯其如此，才能将审美教育提升到人类自由和尊严的高度，并最终抵达人的全面解放和真正的自由：不为任何人做主，也不为任何人做奴。
事实上，与双方的政治立场相比，美学思想的争论几乎可以忽略不计。像费希特一样，席勒一开始也是法国大革命的拥护者（1792年，凭借反对王权专制的戏剧《强盗》，席勒被法国国民公会授予“荣誉公民”称号[与之并列的有富兰克林、华盛顿、汉密尔顿和托马斯·潘恩等]），但随着大革命日益转向恐怖暴政，席勒的立场也逐步转向怀疑乃至拒斥。如此一来，他和费希特之间的冲突便在所难免——后者自始至终是法国大革命的忠实信徒和捍卫者。1803年拿破仑战争开启后，费希特号召欧洲各国君主精诚团结，共同抗击法国侵略，因为他认定拿破仑耍弄手腕窃取了大革命的胜利果实，是法国大革命的“叛徒”。只有战胜并彻底消灭拿破仑，法国大革命的精神才能发扬光大。
费希特自幼聪颖过人，但性格倔强，不肯稍稍变通退让，这一特点在与耶拿（及魏玛）宗教保守势力的对抗中表现得极为明显。尽管费希特自称是虔诚的基督教信徒，但他却竭力反对繁琐的宗教礼仪，主张以罗伯斯庇尔倡导的“理性崇拜”取而代之。这一主张传布后，舆论一片哗然：耶拿周围流传的小册子将矛头统统对准这位“异端”哲学家，指责他意图“废除基督教”。面对攻讦，费希特毫不畏惧——似乎担心对方找不到证据，他立即决定将自己讲座的时间改在星期日上午九点，恰好与城里公共礼拜的时间相冲突。这无疑坐实了对手的指控：他力图以“理性”这一“偶像崇拜”来代替正统的基督教礼仪。这一举动别有用心，他是想使“王冠失去宗教祭坛的庇护，从而在意识形态领域开始一场革命”。作出这一推断，是因为有人告发费希特在讲座中曾预言：“十年或二十年内，世上将不会再有君主或王侯。”
作为勤勉的学者和教育家，费希特对学生一直严格要求，由此也得罪了耶拿大学人多势众的“兄弟会”——其成员多为出身名门、人脉深广的富家子弟。费希特严厉谴责他们“轻浮”“堕落”、不思进取，结果招致对方疯狂报复。1795年夏，在少数人挑唆策划下，兄弟会成员向费希特的住所发动袭击：他的岳父年老体弱，被扔进家中的石块击伤，不久后去世；他的妻子也遭受心理创伤，留下终生挥之不去的阴影。为了躲避袭击，费希特被迫举家搬迁，并暂停所有授课计划。直到骚乱完全平息后，费希特在家人安全得到保证的前提下才返回耶拿继续执教。
在费希特与耶拿宗教人士“对峙”期间，也有友人试图居中调停，如身在魏玛宫廷的歌德以及时任魏玛新教总监的赫尔德（被誉为“狂飙突进”运动首席文艺理论家）——后者与费希特同列康德门墙，但观念不合（费希特后来指责歌德和赫尔德在“无神论风波”中见死不救，显然是意气用事，与史实不尽相符）。对于友人提出让他调整讲座时间以免产生正面冲突时，费希特回复：“有没有一条法律禁止教授在星期日举办讲座？我的讲座不能进行任何变动。如果这些讲座不被允许，那么必须公开地禁止我举办讲座。……我每天都对我的听众说，我有可能是错的，但我只能向理性而非权威让步。人人都应该得到自由，也应该知道如何去争取自由。”
正如后来费希特在《论学者的使命》一书中所言：学者的真正使命就是“高度注视人类一般的现实进程，并且始终促进这种进程”。费希特在耶拿时期的全部知识学体系，用一句话来概括，即赋予“自由意识”以特别重大的历史意义。在他看来，哲学家的任务就是向民众灌输自由思想，从而激发民众的自由意识——这也是作为哲学家的费希特最“恐怖”之处：早于马克思大半个世纪，他已敏锐觉察到哲学的问题不是解释世界，而是改造世界。
1793年，在《索回迄今被欧洲君主们压制的思想自由》一书中，费希特明确指出：“现在正是使人民认识自由的时机。一旦人民认识了自由，他们就能获得自由”——他将本书出版地标注为“太阳城”，出版时间则为“人类至暗时刻”，一方面为逃避书报审查，另一方面亦宣示对普鲁士王国现状之大不满。在书中，费希特还提出“两种革命”论：他承认历史是由革命构成的，这些革命有时使人类在十年内可能取得超过半个世纪的进步与成就；有时却使人类倒退，把他们抛回到比以前更深重的不幸之中。而学者的工作正在于，以革命运动是否能够带来社会进步为标准，来分辨两种革命：一种革命引领社会走向进步，另一种革命重新导致贫困。而评判社会进步的唯一标准，在费希特看来，只能是该社会是否拥有思想自由（尤其是出版自由）。
1794年，费希特在《纠正公众对于法国革命的评论》一书中将目光从思想自由转向人的权利。在本书第一部分，费希特从道德法则推演出人的权利——道德法则颁发命令或者禁令，但并不干预人们在允许的范围内行动，费希特将这一范围称为人的权利。换言之，在一定范围内，该权利不受任何外力胁迫和侵犯，此即为天赋人权。在本书第二部分，费希特批驳了汉诺威枢密院秘书雷贝格（A. W. Rehberg）的诽谤和恶攻，并论证了法国大革命的合理/合法性：“在我看来，法国革命对于全人类都是重要的……法国革命正是一幅关于人的权利和人的价值这个伟大课题的瑰丽画卷。”根据卢梭的社会契约论原则，费希特严正指出：人民（且只有人民）有权改变国家政权组织形式（半个世纪后，马克思在《黑格尔法哲学批判》一书中对此有更为深入和全面的阐述）。
在1798年耶拿“无神论风波”中，以上种种言论皆被一一翻检出来作为“呈堂证供”，使得这位激进的哲学家罪加一等。风波的起因是费希特任主编的《哲学杂志》上刊发的一篇论文，题为“宗教概念的发展”，作者是耶拿编外讲师福尔贝格（Friedrich Karl Forberg）。在文中，作者反对神迹说，将上帝及宗教存在的意义归结为维护“世上活生生的道德秩序”。尽管费希特本人并不完全赞同福尔贝格的观点，但他坚决捍卫言论和出版自由。出于谨慎考虑，他在刊载该文的同时也配发了自己的评论文章《关于我们信仰上帝统治世界的根据》。当期杂志出版后，德累斯顿高等教会监理会立即向魏玛所在的萨克森选侯国最高领导人奥古斯特三世（Friedrich August Ⅲ）呈送举报信，指出该文公然宣扬无神论，建议没收杂志，并严惩相关人等。
与此同时，市面上开始流传一本匿名小册子，题为《一位父亲就费希特和福尔贝格的无神论写给大学生儿子的书信》（简称《书信》）。《书信》作者不仅指控费希特极其危险的无神论倾向，更用心险恶地给他安上“妨害道德、误导青年”的罪名（与苏格拉底同罪）。小册子流传甚广，其影响迅速由萨克森选侯国波及整个德意志。迫于帝国方面的压力，萨克森选侯颁布查抄令，并要求魏玛公爵对费希特“进行惩处”。随后，魏玛公爵下令耶拿大学评议会追究《哲学杂志》的责任，并对主要责任人费希特提出处理意见。
魏玛公爵向来奉行开明君主制，加上他深知身边两位臣子——歌德和赫尔德——与费希特交谊匪浅，因此他本来的计划是循惯例走过场：提出严厉批评、要求当事人公开道歉并保证下不为例——毕竟，启蒙时代如何处置这类“因言获罪”的思想犯，帝国内部并无统一规定。至此为止，该事件仍处于可控状态：宫廷朝臣从中说项，耶拿校方睁眼闭眼，事实上，只要费希特肯后退半步，或许风波很快便会平息。但费希特并不作如是想——他坚持这是一起用心险恶的构陷事件，其中不仅关涉个人权利，更关乎学术自由——因此，他下定决心发起反击，哪怕粉身碎骨也在所不惜。
1798年圣诞节期间，费希特撰写了一本小册子，题为《费希特就萨克森选帝侯的查抄令强加给自己的无神论观点向公众呼吁》（简称《呼吁》）。费希特在《呼吁》一文中除了阐明自己虔敬派的宗教立场，更反驳“宣传无神论”这一指控实为无稽之谈。他进而指出，宗教保守人士的上帝观“乃是基于一种独断论，其实质不过是为了世俗的感性幸福而悬设一个虚假的保障，这种近乎偶像崇拜的信仰才是真正的无神论”。不仅如此，费希特还将矛头对准萨克森当局，认为查抄令属于野蛮压制学术自由的卑劣行径，在现代社会，此举无异于中世纪意大利学者卢奇利奥·瓦尼尼（Lucilio Vanini，1584-1619）被当众割舌并蒙受火刑（浪漫派健将奥·威·施莱格尔亦大声疾呼：如果费希特此次遭遇失败，那么“火刑架就会重新来到我们面前”）。不出意外，这一譬喻令平素以开明自居的魏玛公爵颜面大损，盛怒之下，连歌德也遭到严词训饬。至此，费希特离开耶拿已是势所难免。
仿佛意犹未尽，次年3月，费希特又撰写长篇雄文《〈哲学杂志〉编者针对无神论指控的法律辩护书》（简称《辩护书》）。《辩护书》除了针对之前无神论罪名所做的辩护，在本文第三部分，费希特更明确表示，自己之所以招致众人陷害，其根本原因“并非由于他是所谓的无神论者，而是因为一直以来他在人们眼里就是个民主主义者，一个同情法国革命的雅各宾派”。这才是问题的要害——包括魏玛在内的普鲁士邦国君主，他们并不在乎你是不是无神论，他们在乎的是你拥护君主制还是民主制。从这个意义上说，正如费希特传记作家威廉·格·雅柯布斯所说，费希特堪称“亚里士多德式的悲剧英雄：他是一位伟人，成就卓著，但由于残酷的命运对他自己性格的决定性作用而堕落。他的悲剧性命运可以被认为包括他的思想仍然遭受不应有的忽视，以及世界未能走上他的思想所指明的道路。他的悲剧或许也是我们所有人的悲剧”。
1799年，欧洲诸多君主国——包括俄罗斯和奥地利在内——联手发出警告：“如果费希特继续在耶拿大学任教，他们将禁止其臣民入读耶拿大学”。诚如费希特后来所言：“他们迫害的不是我的无神论，而是我的民主主义。前者只是提供了借口。”上述政府持续不满的真正原因，是他早先出版的宣传法国大革命的系列著作。尽管各方压力如此，费希特仍未屈服。他在给魏玛公爵的最后一封书信中声称，如果当局对他采取任何行动，即使是“最温和的责备或谴责，他也只有以辞职来回报”——在公爵看来，这一最后通牒排除了任何政治上可行的妥协。作为名动欧洲的一块“烫手山芋”，公爵此刻巴不得他尽早离去，走得越远越好。
费希特前往柏林后，他在耶拿的继任者是“施瓦本三杰”之一、青年哲学家谢林——不久前，谢林在图宾根大学的同学荷尔德林（1770-1843）应邀来此，一边写诗，一边办报。一年后（1800年），谢林的另一位图宾根大学同学黑格尔也应邀来此。至此，三杰重聚耶拿，耶拿亦大放异彩。日后黑格尔宣称，他的全部哲学源于他与费希特和谢林在耶拿的“相遇”——他出版的第一部著作是《费希特与谢林哲学体系之间的差异》（1801）；而他的哲学巨著《精神现象学》，据说也是在耶拿战役开始的前一天在大学居所写就。
1812年，曾协助洪堡（Wilhelm von Humboldt,1767-1835）创办柏林大学（并当选首任校长）的费希特因不满学校有关犹太人的政策愤而辞职，他所兼任的哲学系主任一职长期空缺，直到1818年才最终由黑格尔接任。对这一段历史极为熟谙的恩格斯曾将1750-1770这二十年称为德国文学和思想史上最伟大的时代：从歌德、席勒到康德、费希特再到黑格尔，“这个时代的每一部杰作都渗透了反抗当时德国社会的叛逆的精神”。借用茨威格的一部书名，耶拿风波前后这一段历史真可谓“人类群星闪耀时”。
