2000年底“夏商周断代工程”告一段落后，在国家科技计划的大力支持下，由中国社会科学院考古研究所和北京大学考古文博学院作为牵头单位，组织全国五十余家科研单位的400余名科研人员，以田野考古为核心，以自然科学与人文社会科学联合攻关为手段，分若干阶段实施了“中华文明起源与早期发展综合研究”（简称“中华文明探源工程”）重大项目。
2020年底启动了中华文明探源工程第五期研究，自开展以来，在如下几个方面取得了较大的进展：
三星堆祭祀区3号坑
其一，开展了系统的田野工作，20余处田野工作项目取得了重要突破，其中三星堆、鸡叫城遗址两项工作获评国家文物局2021年度“考古十大发现”。
其二，年代学课题对重点遗址的关键时间节点有了新的认识，也尝试采用不同测年技术探索古代遗存的绝对年代。对以石峁为中心的中国北方长城沿线石城和大型聚落的年代研究取得了突破性进展。
其三，古环境研究进一步揭示了不同遗址所在区域的基本环境特征及主要的环境变化过程存在显著差异。
其四，生业课题发现，在中华文明的起源与早期发展阶段，生业经济模式反映出明显的区域差异，并在文明化进程中有不同的区域演变模式。
其五，手工业经济专门化是各地区文明起源进程中的主要表现，不同区域文明对手工业生产体系的控制能力和控制程度存在明显差别，因资源、技术差异有不同体现，但集中的专门化和规模化生产是各区域社会复杂化的共同特征。
其六，项目组以体质人类学、病理学、分子生物学和同位素分析技术，对中华文明起源与早期发展阶段的人骨材料，以不同地区的人群流动与饮食结构为研究目标进行集中攻关，为早期人群迁徙、流动和社会文化发展提供了新的线索和实证。研究发现，中国新石器时代存在的五种生业经济类型与龋病存在直接的对应关系。同时，项目尝试利用人类骨骼开展行为重建工作，探讨古代社会劳动分工、社会等级差异、经济模式等。
湖南澧县鸡叫城遗址
项目组在两年的研究中，进一步确认，中华大地内部具有多个地理单元，不同的环境导致了不同的经济形态、孕育了不同的文化，各地的文明化进程各具特色，呈现出多元起源、丰富多彩的样态。另一方面，各区域的史前文化密切联系，交流融合，形成了共同的文化基因，由此奠定了统一多民族国家形成与发展的基础。在中华文明形成和发展过程中，始终保持开放包容的态度，积极吸收其他文明的先进文化因素，在此基础上不断创新，延绵不绝。
