1937年卢沟桥事变后，为保存中华民族教育精华免遭毁灭，华北及沿海许多大城市的高校纷纷内迁。1938年4月，国立北京大学、国立清华大学、私立南开大学迁至昆明，组建西南联大。
马芳若作为西迁队伍中的一员，当时的身份是北京大学中文系大三学生。他于事变后的9月21日离开北平，当晚抵达天津，寄宿在同学张其瑾姑母家。11月14日到南岳，四天后在长沙临时大学正式上课。1938年2月19日，随迁徙大军启程，向昆明进发。
这次迁徙分两种走法：一为海道，转香港、安南，入昆明；一为步行入滇，由学校组成“湘黔滇旅行团”。步行大队计学生两百八十余人，分二大队，一大队下分三中队，一中队下分三小队。马芳若被编在第二大队第二中队第四分队。
马芳若沿途留有日记，以蓝黑墨水钢笔写在一册横格练习簿上，封面题“马芳若：日记”。内容按地点的转换可分为四部分：
第一部分：1937年11月18日—1937年12月23日，长沙临时大学
第二部分：1938年2月19日—4月28日，从长沙到昆明
第三部分：1938年4月29日—5月2日，昆明
第四部分：1938年5月3日—5月21日，蒙自
马芳若日记原稿封面
马芳若日记原稿第一页
其中第二部分，作者以一个普通学生视角，如实记录长途迁徙中的所见所闻、所思所想，读来使人如临现场。同类日记多有刊行，但无论从时间跨度还是从资料的原始性来看，都较《马芳若日记》逊色。
如钱能欣的《西南三千五百里——从长沙到昆明》（1938年2月19日至4月28日），是将旅途日记稍加整理，编成小册子，1939年由商务印书馆出版。正文分成三十五个小标题，较有系统，文字规整，但失去了原汁原味。
再如余道南的《三校西迁日记》（1938年2月19日至5月4日），发表时经作者精心修改，文献价值折损。作者系临大经济系三年级学生，北大学籍。此日记的特点是对沿途经过的景点描摹十分详尽，注重分析政治经济、社会民风。卷前有1990年夏所作前言，日记后有“滇情纪略”和“结束语”，并附有一份《长沙临时大学湘黔滇旅行团旅行概况表》，可说是一部精心撰写的著作。
只有杨式德的《湘黔滇旅行日记》（1938年2月19日至5月8日）是据原稿整理而成，未加修饰，和《马芳若日记》性质最近。杨在临大读土木系二年级，清华学籍。更难得的是，杨式德和马芳若同在第二大队第二中队第四分队，一路上大部分时间同行同宿，有过多次交集。
另有临大化学系二年级学生董奋的《董奋日记》，是份残稿，存有西迁前和抵达昆明后两部分内容，但可补马芳若缺记的部分（1937年12月23日至1938年2月18日）。
上述日记诸作者，由于关注点不同，文风有别，描写各具详略，若单看某一种，则难免偏倚之憾。《马芳若日记》的发现，正可补史乘之阙，对还原这次“文化长征”的整体图像，具有不可替代的价值。
《日记》的纪事止于1938年5月21日，此时文化界正掀起讨伐周作人的热潮：
晚阅报，有武汉文化界联合会通电讨伐周先生（作人），竟诬为汉奸，使我精神顿受刺激甚深。以为：①周做汉奸不可靠。②武汉所谓文化界不应这样做，表示中国人之堕落也，专好揭人阴私，污蔑陷害，借公报私。③即做汉奸，有何理论上之根据，必须讨伐。④或为真，而周真做之，则甚人之可悲观，如周先生亦不能站得住，焉论他人。人人皆靠不住矣，甚觉寂寞，做人真是麻烦透顶而又毫无意思也。
末行又云：“此册日记告完，下册开始。”如今下册已佚，内容遂无从知晓。所幸除《日记》外，马芳若联大期间的作文、论文、听课笔记，迁徙过程中的行军路线图，临时大学学生名单，以及一份五十年代的手写材料《重新做人》等，都一并留存至今。利用这些材料，或可约略钩沉出马芳若的生平经历。
鄞县马氏
1951年，马芳若写过一篇题为《重新做人》的自述，谈到自己的身世：
我是浙江鄞县人，我的曾祖是清朝一个小官僚，大概做过江苏的苏州、宝山等县的县令。我的祖父后来从事商业。我的几个叔祖后来有五个在北京的几个大学里做教授。我十岁死了父亲，十一岁死了母亲，他们都病了很久才死去的。父亲只留下了一处租给别人开碾米厂的房产给我们姊弟三人。我的命运本来也只能找一种行商，是靠着自己的努力和叔祖们的资助，才得继续求学。等我完成了大学学业而被留作助教，我觉得我可以告慰培植我的长辈，同时对向来歧视我的伯叔和堂兄弟们才敢“分庭抗礼”了。
马芳若的曾祖马海曙（1826-1895），早年行商，后从政，先后在丹徒、元和、吴县、宝山等地任知县，官至直隶州知州（三品衔），生有九子。其中三、六、八子夭折。祖父马裕藩（1858-1929）为马海曙长子，官甘肃镇原县知县，诰授奉直大夫。
马芳若自述中提及的五位在北京做教授的叔祖，即时有“五马”之誉的马裕藻、马衡、马鉴、马准和马廉。《日记》中记录了不少他和马氏长辈们的渊源、交往。如1938年5月20日：
上午上宋诗时，苏东坡有《六月二十七日望湖楼醉书》，诗中有一句曰“无限芳洲生杜若”一句，乃出自楚辞九歌湘君“采芳洲兮杜若，将以遗兮下女”。余以为余名芳若，恐出自此。余之名乃五叔祖父（季民）所题，一向不知何意，仅知排行芳字辈而已。此若出典，余甚喜欢也。
马鉴（1883-1959），字季明，马海曙第五子，时任香港大学文学院教授。“芳若”的名字即由马鉴所取。马芳若对这位五叔祖的事也很尽心，1937年12月17日，北大举行三十七周年纪念会，“当日下午曾晤罗、魏二师，魏由香港代五叔祖父带毛衣至蒙叔，由我挂号寄出”。“蒙叔”即马蒙，马鉴次子。
在诸位叔祖中，马芳若和四叔祖马衡（1881-1955）的关系最为亲近：
近日前方仍极不利，闻南京郊外已有战事，若再不力抗，南京旦夕将不保，四叔祖父未知近况如何，殊以为念也。（1937年12月9日）
抗战全面爆发后，南京政府下令将文物紧急装箱，伺机西迁。第一批文物于8月14日在马衡（时任故宫博物院院长）的监护下迁离南京，目的地是汉口。后南京沦陷，武汉已无安全保障，又不得已继续向西，经宜昌、重庆、宜宾，最后抵达四川乐山。
在贵阳，马芳若巧遇马衡旧生庄尚严，把酒畅叙，得知马衡已到重庆：
上午起床后，8时集合，团长训话，十时午餐，十二时前去洗澡，行至中华路革命日报馆附近，忽遇故宫庄尚严先生，略谈一会，知四叔祖父忽往重庆。并承约吃晚餐。他寓四海大酒店，六时至其室，即同吃晚饭，并喝真正茅台酒，味确比昨晚为好。与其谈一路经过，及别后情形，盖庄先生对我等如此长路旅行甚有兴趣也，将归，抄我故宫通讯处二地，均可转（此处涂去“马先生”三字）四叔祖父者也。并蒙赠《贵州名胜古迹概说》二册，其中一册托我转赠临大旅行团者也。据云，庄先生为北大毕业云。（1938年3月31日）
抵达昆明次日，即进城为马衡取信：
今晨起床约七时，昨晚睡尚酣，早餐后与其瑾进城，先至崇仁街46，将自美国寄交四叔祖父之信取来，预备转寄重庆。（1938年4月29日）
此外，在联大期间，马芳若和六叔祖马权之子马益（1914-2005）也有通信：
今日星期，忽大雨，致不克出去游玩，乃往图书馆看书，并书写致益叔及四叔祖父信件，殆书作完已下午四时，又加星期，已不克寄出，乃待明日再说云。（1938年5月8日）
虽然马芳若自称幼时受到伯叔和堂兄弟们的“歧视”，但从他个人成长经历来看，无论学业还是事业，多少都得益于他“鄞县马氏”的身份。1947年，马芳若曾介绍联大同学刘鸿逵（原杭州艺专学生）到故宫博物院驻重庆办事处工作，主管人事及文书。此事无疑动用了他和马衡的关系。
初露锋芒
民国二十六年（1937）十二月印制的《长沙临时大学文学院学生名录》中载有马芳若的信息：
马芳若，浙江鄞县，廿三，男，北大，中三，北大。
《长沙临时大学文学院学生名录》
由此可推出马芳若当生于1915年，“中三”系“中国文学系三年级”的简称。马芳若在十岁、十一岁两年之间，父母双双病故。姐弟三人靠父亲留下的一处房产出租度日。马芳若凭借自身努力，在几位叔祖的资助下完成学业。
二十岁那年，马芳若编过一册《中国文化建设讨论集》。此书于民国二十五年十二月由上海经纬书局出版，分上中下三编，各编前都有编者前言，相当于导读。何炳松在该书序言中对马芳若的选题眼光和编辑能力都很推崇：
青年会全国协会的马芳若先生是一位沉潜好学的青年，他近来在公余之暇，把所有全国贤达讨论中国本位的文化建设的文字，广事搜罗，加以整理，献给国人，以备参考；使得读者开卷之余，对于现代中国文化建设问题可以一目了然，确是一件极有价值的工作。尤其马先生自己在本集中，别无成见参杂其间，见智见仁，一听读者的自择，此种合理态度尤足令人佩服。
该书还收有马芳若民国廿四年（1935）六月作于上海的一篇“编者序言”，其第二段云：
有一天早晨，龙文书店许晚成先生到我的公事房来，因为他最近致力调查工作，为编印各学校、各图书馆、各报社的调查录，和我有所商讨。我们就谈到最近的文化问题，我就把我所搜集的文章给他看，不料他看了以后，兴致高起来，表示龙文愿意出版。我们就把出版的事说妥。此后，我一有余暇，就到各图书馆去搜集材料。经过两月的努力，在材料方面总算是相当完备整齐的了。
据上述文字推测，马芳若其时可能在上海某出版机构从事编务工作。假如他同年9月考入北大的话，到1937年9月随部入滇，则正好是大三。多年后，当有人无意中提及他早年编就的“少作”，马芳若仍然抑制不住内心的自得：
今日在上孟子（先秦文）课时，同学周定一告我，谓其在同乡同学之床上看见《中国文化建设讨论集》一书，为余所编也。言谈之下，颇露钦佩。余则一闻书名，颇有亲热之感，且引以为荣幸也。（1938年5月19日日记）
然而马芳若一门心思只想留在大学教书、研究学术，编辑事业止步于此。
由湘入滇行军图图纸
联大群像
在长沙和蒙自，马芳若亲临诸多名教授课堂，《日记》中记下了朱自清、闻一多、浦江清、冯友兰、郑昕等人授课时的风貌，诚为不可多得的文学史料。
《日记》开篇第一条为1937年11月18日，当天正式上课：
到南岳已四天了，今天才正式上课，上午三堂：中国文学史（浦江清）、中国哲学史（冯友兰）、陶渊明（朱自清），俱清华教员也，讲法尚佳。
对这些“名教授”的教学水平，马芳若并非一味奉承，而是如实记下自己的观感和评价，有时言辞颇为尖刻：
上午有课四堂，计郑昕先生之哲学概论，闻一多先生之楚辞（二堂），朱自清先生之宋诗，闻与朱甚满意，对哲学概论因授者口齿迟慢，音调低杂，听时甚觉费耳。若能音调稍高而有条理，则成矣。下午读冯著中国哲学史一至三章，尚佳，惟讲当时社会情况一节（即上古史时一段）稍有不得要领之嫌。去年北大钱穆先生讲中国通史时则较高多多。惟冯为哲学研究者，钱则为中国史家，各有短长，则冯不如钱亦宜矣。（1937年11月19日）
上午有课四堂，郑昕先生之哲学概论最不惬，对聆一小时，简直不知所云。既无统系，又乏组织。有退选之意，后数日再定可也。
闻一多先生之诗经则甚佳，材料既丰富，教授法亦极高明，为初学设想之处甚多也。
朱先生之宋诗则平平。（1937年11月24日）
上午有课四堂，以浦之课为最糟，朱自清甚厌之，以其讲全无系统也。又钱穆、汤用彤、贺麟三先生昨日来校，其所（设）科目，或与时间冲突，或在下午，殊为不便，无法添修。（1937年12月7日）
哲学概论，愈讲愈不懂，徬徨于退选与不（否）之中，因退选理由，甚难措词，岂以为听不懂为理由而出之余口哉！是岂可乎，是岂可乎？（1937年12月10日）
马芳若自陈在联大期间深受闻一多赏识，师生之谊最为相契。在闻一多的指导下，他以《淮南子》助读《楚辞》，颇见成效；他在联大的毕业论文也得到闻一多的认可：
闻一多先生曾经赞许我的《苏李诗制作时代考》，认为“考证周密，且方法甚新，允称佳作”。（致罗常培先生书中语，留有原稿）并且称道我在《大公报》发表的散文。（马芳若《重新做人》手稿，1951年）
闻一多评语
《苏李诗制作时代考》的指导老师是罗庸（1900-1950），西南联大公认最为叫座的讲课人。在中文系教师当中，他也是开课最多的一位，开设公共课和专业课共十四门。马芳若到蒙自后选修了罗庸的课，对这位老师的第一印象尚佳：
上午有文学史，浦先生上课，即将（讲）南北朝之民歌，第三堂为朱自清先生之中学国文教学法，为继陶渊明而开者也。本学期功课照常，惟多罗庸先生之杜甫及先秦文，余俱加选之。下午一二两堂即上课，讲得尚好，此声久矣夫不闻矣。（1938年5月5日）
罗庸在学术上对马芳若的帮助可能更为切实。现存的论文原稿封面留有罗庸亲笔批语：“评定八十分，二十八年七月廿日，罗庸。”此书经修改后，于民国三十三年（1944）一月由商务印书馆在重庆出版，草纸本一册，署名“马雍”。罗庸为作《题辞》：
《苏李诗制作时代考》一卷，鄞马君芳若之所作也。芳若曩肄业国立北京大学中国文学系，治汉魏文学史甚勤。既卒业，本其心得，以成此编；未敢自足，藏之箧笥数年矣。教课之暇，屡有补缀。今将授梓，属弁一言。余惟史料考证所据以论定者，有本证，有旁证，有内证，有外证，而文学史所需以内证者尤多。盖时代风会，自有限齐，岁逾五世，则罕能相贸。晋宋以降，拟古之作，纵极模绘之工，终鲜刻楮之绩者，时代为之也。文学史本以明制作体式之变迁，自用字遣言，比词隶事，以逮寄兴寓思，皆体式之所以变；于此无精审之统理，而徒博征旧说，资为外证，犹买椟而还其珠也。芳若此编，虽仅及苏李赠答，而其比次词类句法意境之异同，于内证之应用，殆已尽其能事。异日推广此义，使遍及于历代篇章，岂独久悬疑谳，得获剖白，将通变之由，悉能质证。是则区区小册，于未来之文学史，将有筚路蓝缕之功，固不仅结河梁送别之案而已。
中华民国三十一年六月十五日，罗庸书于昆明寄寓之习坎斋。
《苏李诗制作时代考》论文原稿封面，留有罗庸亲笔批语
矛盾体
马芳若性格内向，除了读书，对别的事漠不关心，和周围的人事总是显得格格不入。正如他自己所说：“我只是努力读书，希望能在大学里站得住。我成为一个孤僻、骄傲而倔强的人。”（马芳若《重新做人》手稿，1951年）
每次参加完学生会的会议或活动，总是满腹牢骚：
晚学生会学术股有所谓国防教育座谈会之召集，参加者甚寥寥，余曾往一听焉，场中高调满堂，可叹也。（1937年11月22日）
今晚有南岳文艺社（同学组织）所办之所谓诗歌朗诵会，除朱自清读冯友兰诗，沈有鼎读杜甫诗以外，同学均以自己所作读之，自拉自唱，何其肉麻也。（1937年11月29日）
晚上学生会又时事座谈会之召开，出席者寥若晨星，余一度往听，多半高调，我不知这些人何以思想也。（1937年12月4日）
因时局日紧，学生会晚又召集大会，讨论工作与停课问题，高调叠出，无可理喻，且又互相辩难，出言不逊，余甚厌之，中途退席。（1937年12月10日）
下午原由罗常培先生召集国文系师生在莲岛开谈话会，余因讨厌这些人，及开会等等故未去。（1938年5月21日）
双亲早逝，备尝人情冷暖，也造成了他敏感、自卑的性格。《日记》中经常可以看到自我否定、宣泄苦闷的段落：
虽说这是我每天可以诉说的一个地方，可是有许多心中的苦酸也无法叙述出来，亦不知道为了什么，真没法子。
我近来逾（愈）觉得自己将来如何了结，虽说也很用功，可是终还觉得用功不够，与人较，就相形见拙了。
日子毫不留情地一天一天地过去，对镜自照，鬍髭亦浓起来了，反省一下，究有什么本领可以给人家称赞妒嫉的呢？
钟摆滴得，深噬吾心，痛苦不能忍矣。
今晨起床甚早，精神舒畅，允宜继续如此。此间数日来阴晴，太阳久不露面，今日高天无云，遍地朝光，景色醉人。如此天地，何稀一废物，赶快努力罢！（1937年11月30日）
在朱自清的课上，他会因答不出问题而无地自容：
上午全有课，上宋诗一堂，朱先生问我一题，我回答不出，甚是惭愧。（1938年5月11日）
个人理财也非其所长，故时时陷入日用告急的窘状：
自平出后，一路上千辛万苦，至此始稍安定，然一月后经济将感困难，奈何。（1937年11月18日）
今天是到南岳以后过的第一个星期日，毫无精彩，下午给长寿伯母写信，请她寄款。（1937年11月21日）
钱已用完，奈何，已分函蒙叔、梁其瑾，不知有望否？（1937年12月23日）
明日起将自掏腰包吃饭矣。睡甚早，然辗转不能成寐，甚以经济压迫为虑也。（1938年4月29日）
不久后，在樊际昌的照顾下，马芳若得到一份为学校刻印讲义的工作，满心以为经济之累可稍得缓解，不料未满一周，即告解职，生活再度一筹莫展：
日来为学校抄讲义，初以为必是长久之计，今日因学校在昆明招考之书记已来，注册组将我等解职，以后生活如何解决？当找谒樊先生一谈之。（1938年5月20日）
马芳若是个矛盾体：自卑又自傲，愤世嫉俗又渴望关注，一心想做学问又不得不疲于应对生活上的种种捉襟见肘。“我只是跟着学校跑来跑去，一心想成为一个大学教授、文史学者，在考证辨伪里打发日子。”（马芳若《重新做人》手稿，1951年）他的志向，注定在现实的土壤里找不到根基。
余音
马芳若毕业后即留校任助教。1944-1945学年，曾与沈从文合上中文系大一必修课“国文壹B（读本）”。所用教材校方请马芳若作注，但最后未能使用：
敬启者：前承为大一国文选作注解，花费许多时间，不胜纫感。现因实际困难，已不能付印，特将原稿奉还，希鉴原为荷。
此致马芳若先生
国立北京大学文学院
建国初期，马芳若继续任教于北大，课余时间经常出入于四叔祖马衡居所。马衡对这位侄孙非常信赖，隔三差五留他在家小酌，还带着他和诸儿孙一起游玩、观影、逛街。从《马衡日记：1948-1955》所展现的状态来看，马芳若在北大的学术之路走得并不顺畅。这在他的自述中也能窥见一二：
因为北大究竟教授多，我只有先到太原来卖身。到太原后不久，感谢山西文联，让我出席了文代大会，我在会场里看见了真正为人民服务的文艺工作者……（马芳若《重新做人》手稿，1951年）
1949年8月20日，“闻山西大学已决聘芳若，为之稍慰”（《马衡日记》）。10月17日，马芳若正式上岗。文字学家杨树达致信马芳若，信封上的文字是：“山西大学九楼六号马雍先生收”，自此“马雍”成为其常用之名。这或可视作马芳若“重新做人”的外在表现。
“芳若”的名字在公布的《马衡日记》中共出现五十三次，最后一次为1955年1月16日：
下午芳若来自太原，将赴武汉相亲。
此时的马芳若已届不惑，尚未成婚。马衡之孙马思猛在《马衡日记》的注释中写道：
马雍，字芳若，浙江鄞县人。系马衡远房侄孙辈，备受马衡关照。中华人民共和国成立后，先后在太原山西大学、杭州浙江大学任教。
则马芳若在浙大也有过教学经历，只是他自1955年之后的人生轨迹，已无从追索。
