崇祯十六年（1643年），日落西山的明帝国在各方面都表现出大厦将倾的衰颓，除了政治、经济、军事上的全面失败，自然灾害和瘟疫也纠缠着这头泥足巨人，让它难以支撑。
比起“朝病夕逝，人人惴惴不保，有全家数十口，一夕业命者”的惨烈瘟疫，恐慌的杀伤力似乎更大，从十一月开始，堂堂的帝都北京城，居然大白天闹起鬼来。
市井街头纷纷议论着诡异的“鬼客”的现象，传闻一些位于闹市的店铺接待完客人之后，转头却发现收到的银两和铜钱变成了给死人烧的纸钱。店家不得不在店门口放置一个盛有水的铜盆，让客人将钱投入盆中，用响声和是否浮起来辨别银钱和冥币。“日中鬼为市，店家至有收纸钱者，乃各置水一盆于门，投银钱于水，以辨真伪。”
“鬼行市上，啸语人间”的诡异事件连崇祯皇帝都惊动了，他下令龙虎山张应京真人举行法事，然而最终无济于事。“建醮，而终无验”。
瘟疫引发的人心之变比瘟疫本身更可怕，帝国从上到下的手足无措让百姓从心理上抛弃了朝廷。“景象萧条，识者早卜有甲申之祸矣。”
大战、大灾、大疫
几千年来，自然灾害、战争和瘟疫从未分家，彼此之间以复杂机制互相影响着。天灾造成的饥荒拓展了平民百姓的食谱，从观音土到他们能找到的任何野生动物，直至老鼠囤积在地下的粮食和同类的尸体，让病情猛烈的腺鼠疫和其他传染病在灾民中肆虐。为求得一线生机的灾民纷纷投身闯王的军队，让农民战争的野火无穷无尽，感叹“贼杀不尽”的明军将领留下一个又一个尸横遍野的修罗战场，在这个走在路上都会随时倒毙的乱世，显然不可能有人去认真收敛战殁者的尸首，他们互相重叠的躯体在大自然和微生物的作用下变成了巨大传染源，带来更新更猛烈的瘟疫。
从1629年开始四次入关的“后金-清”势力，为了最大程度上破坏明帝国的战争潜力，在整个华北有意识地组织大规模劫掠、破坏和屠杀行动，这种人为的恐怖除了造成上述那种尸横遍野的瘟疫之源外，还驱使天性恐惧背井离乡的北方农民走上躲避兵灾的逃亡之路，加剧了瘟疫的传播。
邓拓先生的《中国救荒史》中统计的中国历代瘟疫发生次数：周代1次，秦汉13次，魏晋17次，隋唐17次，两宋32次，元代20次，明代64次，清代74次。《中国古代疫病流行年表》统计的数字则比此数大的多（明代176次、清代197次）。
仅从统计数据上看，明清两代瘟疫爆发次数最多，这里面固然有距离现代越近的朝代，历史文献档案保存越多越完备的因素，然而最主要的原因，是明代以来人口不断增长，工商业不断发展，胡焕庸线以东人口密度不断增高、流动性不断增强，而公共卫生条件和医疗水平没有明显提高的必然结果。
崇祯3年，明朝人口达到峰值，全境人口1.7亿左右，人口最多的浙江省达到2485万人，人口密度246人/平方公里，京师地区（北直隶）虽然连年遭到兵祸（乙巳之变）和瘟疫，依然有超过1000万人口，人口密度超过70人/平方公里。在古代的卫生条件下，这种人口密度为大规模的传染病流行创造了良好的条件，这其中又因为地理和气候的原因，北方的公共卫生条件比南方恶劣，北京城街道上有半尺余深的浮土，其中混合着人畜粪便，每当起大风则天地昏黄不辨日月，遇到天灾人祸，更容易造成严重的传染病危害。万历年间的官员就指出：
“京师住宅既逼仄无余地，市上又多粪秽，五方之人，繁嚣杂处，又多蝇蚋，每至炎暑，几不聊生，稍霖雨，即有浸灌之患，故疟痢瘟疫，相仍不绝。”
明朝最严重的一次瘟疫就是这种“大战、大灾、大疫”的复合爆发。这次大疫是从崇祯9年（1636）年李自成击败在陕西安定击败明榆林总兵开始的，“大疫大机，瓦塞堡厉疫尤甚”。崇祯10年，张献忠攻陷湖北蕲春、黄石，蹂躏江西九江，引发当地饥荒、大疫。崇祯11年，南直隶太平府大疫，死者甚多。崇祯12年，山东历城、齐河大旱，随即大疫。崇祯9年到崇祯13年，河南连续5年大旱。官兵、流贼交替屠杀百姓，状况极惨：
“五载旱蝗，兼兵贼焚掠，厉疫横作，民死于兵、死于贼、死于饥寒并死于疫者，百不存一二。存者食草根树皮，至父子兄弟夫妻相残食，骸骨遍郊野，庐舍邱墟。”
明朝灭亡前几年，这种惨烈的复合式灾难每年都会发生，有时一年几次，范围也不断扩大，人们也逐渐从这种越来越频繁的瘟疫中，隐约发现了其中的规律：
“灾疫接踵，无岁无贼，逢岁疠疫，贼势益炽。”
“是年凡賊（李自成军）所经地方皆大疫，不经者不疫。”
当时的人们观察到的，正是灾害、战争、瘟疫三者之间的相互关系，灾害引发了饥荒和瘟疫，迫使被郡县制束缚在土地上的农民为了生存而逃亡，当无处可逃时就情愿不情愿的加入闯王的大军，开始了一场大规模的、反常的人口大迁徙，当这些曾经老实巴交的顺民到达自己毕生不曾想象的远方时，也把致命的瘟疫带到了那里。这也是李自成的大军常年流窜疫区，规模却越来越大的原因——无论他的军队因为瘟疫死掉多少人，只要军队本身始终保持运动，就能源源不断的获得兵源补充。这甚至成为了某种自然选择机制，他的军队中那些始终没有战死或病死的中坚力量，很可能因为这种残酷的环境获得了对某一种或某几种瘟疫的免疫能力。使他的军队在未遭受严重军事失败的情况下，架构始终保持完整。但是当闯军长时间停留一地时，也不可避免的受到瘟疫的沉重打击，山海关战役失败后闯军急急忙忙撤出北京城西窜而不是借助北京城坚固的城防和城头的大炮与清军一战，就是因为不能承受瘟疫造成的持续减员和潜在的瓦解风险。
而大明朝的官府和军队一边感叹“贼杀不尽”，一边又无可奈何的把受灾和受疫的百姓送入闯军。
这种军队对所经过的地方来说无疑是一只瘟疫大军，“凡贼（李自成军）所经地方皆大疫，不经者不疫”正是闯军当时携带的某种烈性传染病的真实写照，“所经地方皆大疫”说明传染性很强，“不经者不疫”可能说明这种病感染后死亡极快，感染者还没有来得及逃亡别处就病发身亡了。
除这种行军传播方式外，嗜杀的张献忠还用一种特别的方式传播瘟疫：
“三月献贼入蜀，积尸蔽江而下，臭闻数十里，一月方尽。是年大疫，死者十之七八。”
张献忠攻入四川造成的战乱受害者的尸体被抛入长江，顺江而下漂入湖北省境内，在长江转弯处的湖北宜都县江面堆积，造成了严重的瘟疫。
明朝灭亡前两年，瘟疫发展到了严重威胁统治的地步，“京师自春祖秋大疫，死亡畧尽”“大疫，南北数千里，北至塞外，南逾黄河，十室鲜一脱者”，出现了文章一开头百日鬼行市上，啸语人间的怪状。
官救、自救、天救
尽管从万历后期开始，瘟疫接踵而至，也引起了整个社会的重视和恐慌，但受限于古代的卫生条件，当时的从官府到民间，都没有防治疫情的水平和能力，对绝大多数的百姓来说，被感染后的命运只有病死（大部分）和自愈。这是当时人们对传染病的认知程度、公共卫生条件和医疗水平共同决定的。
自然灾害引发的饥荒，是引起瘟疫的一大原因，明代用于救灾备荒的粮食仓储制度有官仓、预备仓、义仓、社仓等，粮食赈济能在一定程度上让灾民留在原地减少流动，从侧面控制疫情，且利于灾后疫后恢复生产。然而随着时间推移，各种救灾备荒制度逐渐失效，粮仓普遍无粮或干脆废弃。尤其是明清战争开始后，全国的物资和经费开始源源不断的送入辽东的战争黑洞，各地连平定农民战争的军粮都无法保证，平叛的明军乏粮时，往往将附近的粮仓劫掠一空，更加加剧了救灾备荒制度的衰落。
电影《大明劫》里孙传庭潼关验粮的桥段不过是末日气象的一景，连军粮都难以保证，灾民受到赈济的范围和程度，自然可想而知。
与粮食仓储制度同样衰落和失效的，还有明朝的传染病防治制度，明代在地方设有医学和惠民药局，是主要的疫病防治机构，医学是负责培养医学人才的学校，而惠民药局是无偿或低价为瘟疫中的百姓提供救治服务和药物的机构。然而在许多地方，二者形同虚设，甚至根本没有建立相关机构，在明中期的瘟疫中惠民药局就已经出现了“官无药饵，民多死亡”的现象。
万历十五年，朱维藩上奏恢复各地惠民药局以应对瘟疫，神宗准奏，说明在那时惠民药局已废弃不少。到明末时，还在正常发挥作用的惠民药局已经所剩无几，除废弃、医官逃亡外，有的惠民药局在瘟疫中全部工作人员都染病而亡，状况惨烈。这种情况下，平民百姓从官方得到的医疗救助完全取决于生活区域和运气，整体水平是很低的。
与地方上相比，京师的情况相对较好，但也不乐观，明代在中央设有太医院，负责为皇室提供医疗保健服务，当发生疫情时，也会参与社会救治。但这种“恩赐”式的救治，实际上能够有幸享受到人也很少。以万历十五年（1587）年大疫为例，神宗下令“太医院选委医官，多带药料，分投去五城开局，按病依方救药”，医治患者“一万六百九十九名”，那么受疫百姓有多少呢？“凡过疫者四十二县六十余万户”“民死十分之四”，得到救治的患者不足百分之一，而这一万多幸运儿中有多少是真的被“治愈”的，则更加不得而知。
明末官方救灾防疫制度全面失灵的背后，是大明朝的乏银困局。从1550年到1644年，从西属美洲经马尼拉输入的白银和日本白银累计超过1亿两（有学者认为3亿两，此处取最低值），在帮助明朝完成“银钞易位”，促进经济繁荣的同时。“白银红利”的副产物-通货膨胀和投机活跃的作用也开始凸显，因为农业社会没有多少投资渠道，因此商人和地主得到白银后，仅将一小部分投入再生产，而将大部分用于置地和贵金属贮藏，尽管输入的白银已经超过了整个社会的总需求，但因为其缺乏真正的流动性，社会的总财富并未明显增加，用多的多的货币来追逐总量没有太大变化的实物，输入性通胀就不可避免，物价上涨最大的受害者，是社会最底层——农民，农民的困苦和农业的残破，动摇了传统农业帝国的根本。大明不得不耗费更多的白银去驱动不堪重负战争机器，加上其糟糕的税收政策，大明尽管身处白银大海，却始终处于乏银的困局之中。本文开头提到的崇祯16年（1643年）京师大疫中，朝廷拨付给太医院用于防治瘟疫的钱只有“白银千两”，用于收敛掩埋死者尸体的也只有两万两。惠民药局无钱置药，无药可施的现象，只是乏银困局众多后果中最微小的一点罢了。
与难以指望的“官救”相比，民间自救反而显得更加可靠一些，这主要得益于频繁的瘟疫中，医生和百姓通过对瘟疫的观察，总结出的防控知识不断丰富的结果。除了前文提到的“大战、大灾、大疫”三者之间的关系外，当时的人们对人口密度和疾病传染之间的关系认识也比较深刻，明人吴遵所著的《初仕录》中提出，救荒赈济时要：“须择宽敝洁静之所使辰入巳出、午入申出，一日两散，勿使过饱，亦不得令相枕籍致生瘟疫。”“避瘟”成为一种社会共识，同时也影响官府，使官府在瘟疫期间疏散人群聚集地，有条件释放监狱里的囚犯，在一定程度上限制了疾病的传播。
因为官方救助的无力，官府往往鼓励民众出粮、出资，募捐到的物资为施药、煮粥、掩埋尸骨等救灾活动，提供了部分甚至大部分的资金保障，这种方法在应对局部疫情时比较有效，当地富户本着慈善之心和乡亲之谊，相对比较积极，朝廷对作出贡献的富户赐予旌表，彰显其功德，也促进了民间救灾治疫的积极性。在大户、富人救灾积极性不高，不够配合时，像《大明劫》里孙传庭那样使用威胁和强迫手段“借钱”的情况也为数不少。但是当瘟疫的范围扩大，烈度增加时，大户人家往往也难逃阖门染病，家门败落的命运，更无力援救他人了。
对大量瘟疫病例的细致观察，也提高了医生对传染病的认识和防治水平，如吴有性的《瘟疫论》在没有现代微生物学及病理生理学的基础上，指出瘟疫是由天地间的“杂气、异气、疠气”所致，不同的气导致的疾病不同“各随其气为病”“为病种种，而知气不一也”，不同的病原体感染的物种也不同“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异也”。
基于大量的临床经验，吴有性受时代认知水平所限，在对致病机理认知错误的情况下，通过大量细致的观察总结出了许多接近正确结论的经验，对传染病的防治有很重要的意义，尤其是他对瘟疫传播方式的判断“邪自口鼻而入”，指出传染途径是空气传播、饮食传播和接触传播，“有天受，有传染”则指出了瘟疫可以由自然界传染给人，也可以在人之间传播。这些判断在隔离的基础上提出了防护的理念，与现代的传染病防治思想比较接近。
但是就像电影《大明劫》里表现的那样，吴有性（吴又可）这样的医生在当时不过是兵荒马乱中的沧海一粟，人命如草芥的乱世里，他不可能发挥扭转乾坤的作用，其真知灼见也没有被广泛的传播和推广。受到古代传统医学“辨证”“同病异治”“异病同治”等思想的影响，当时普遍认为同一种病症发生在南方和北方，则经验不能通用，发生在不同的人身上，也要有不同的治疗方法。类似《瘟疫论》中的宝贵经验，并不能成为广泛的共识和防治基础。
这种现象一直延续到近代，以1910年东北大鼠疫为例，之前1894年的广东大鼠疫中，岭南中医就写出了《鼠疫抉微》《鼠疫约编》《鼠疫汇编》等著作，其中不乏防控方面的真知灼见（比如吃猫对鼠疫毫无作用），但在1910年的东北鼠疫中，则完全看不到应用的影子，以至于参与防疫的中医牺牲半数，报纸却不领情的批评中医除了让患者吃猫胆外，拿不出任何有效的防治方法。
除了官救和自救之外，“天救”是所有获救方式里面最主要、最有效也最残酷的。所谓天救的方式无非三种，第一种等待致病病原体适宜传播的时节过去，患病个体或死亡或自愈，瘟疫自然消失，历史上绝大多数瘟疫都是以这种方式消失的。第二种是等待瘟疫造成大量人口死亡，当流行地区的人口密度降低到一定程度的时候，瘟疫流行的速度自然减缓直到消失。第三种就是个体在瘟疫中幸运的自愈，从而获得了某种免疫力。
“天救”的过程残酷如斯，却是乱世里大部分百姓的命运，许多人疑惑在1644年发生在“明、清、闯”三方的战争中，为何明军和闯军都遭受当时北直隶大疫的重大打击，而清军却受到的影响较小时，却没能注意到，在满清入关已是春夏之交，天气发生变化，瘟疫传播的气候条件变了，经过连年战争、灾害和瘟疫的蹂躏，京畿地区的人口已经减少了接近一半（《中国人口史》（明代卷）），人口密度降低使瘟疫的传播速度变慢。清军来自关外，对关内的瘟疫易感性高，而且满洲本部人口很少，战兵更少，经不起大的损失，因此非常敏感，一边驱使吴三桂为首的前明降军追击闯军，一边尽量在华北制造恐怖，进一步稀释人口密度。同时，清军将战殁者火葬、烧饭（将死者生前遗物焚烧）的习俗，也限制了瘟疫的传播。
无官、无兵、无人
尽管人们已经认识到在瘟疫中隔离的重要性，但官吏作为救灾防疫的主要负责人，却面临着救人和自救相互矛盾的两难局面。在没有防护条件的情况下，官员要履行职责，就不可避免的暴露在瘟疫之下，崇祯14年北直隶大疫，顺德知府（北直隶顺德府）、长垣（北直隶大名府）、大名（北直隶大名府）、曲周（北直隶广平府）、武强（北直隶真定府）、任县（北直隶顺德府）、武邑（北直隶真定府）七个县的知县病死，有的甚至阖门病死，无人收尸“所在门庭昼掩，磷火夜青”，对其他官员的震撼可想而知。
除了染病身亡外，许多官员为了自救选择深居简出“避瘟”，也导致了当地行政效率的低下和政府职能的失控，从崇祯9年到崇祯17年连绵不断的大战大灾大疫动摇了明帝国在整个北方的统治基础和行政架构，后人往往不能理解清军入关后为何如此轻而易举的占领整个北方，事实是清军入关前，一些地方的行政机构已经瓦解，处于失控状态，衙门“官兵尽疫死，止留一老胥吏”，根本不可能组织起有效的防御和抵抗。
崇祯8年，明朝将领尤世威对李自成作战时，因为军队长期在疫区露宿导致大疫，不仅作战失利主将重伤，军队也直接瓦解了。导致闯军直接越过卢氏，直趋永宁。经过1643年冬到1644年春的大疫，李自成兵临北京时，北京城防已经完全瓦解，行政系统一片混乱，上下指挥不灵，闯军已经入城，锦衣卫还在捉拿散布闯王入城“谣言”的“妖人”，可谓是一片混乱，满目荒唐。
除了“无官可用，无兵可战”的绝境外，瘟疫对明王朝统治的合法性也造成了沉重的打击，关于灾疫是上天对人间统治者警示的观念根深蒂固，历代统治者也把向上天祈祷作为应对灾疫、以及加强自身合法性的一种手段，如果这种祈祷碰巧“奏效”，则无疑作为“神迹”能够增强皇帝本身的威望，但是当祈祷无效甚至“起了反作用”时，民众心理在瘟疫中的微妙变化就会向着不利于统治的方向发展。正如本文开头描述的崇祯16年（1643）大疫中，崇祯举办的法事最终没有起到任何作用，失去了民心，甚至让舆论把这次祈祷失败和1644年发生的满清入关联系在一起，让人产生大明气数已尽，上天已经不再回应皇帝的请求，大清受命于天的错觉。这种“瘟疫心理学”对笃信天人感应的读书人最为有效，最终成为他们在王朝兴替中选择阵营的重要推手之一。
明末的瘟疫只是古代瘟疫的一个缩影，在古代，消灭瘟疫最有效的手段不是防治，而是天气、屠杀和烈火，《大明劫》里吴有性对孙传庭说：“督师控制疫情的办法实在是比吴又可有效。”既是讽刺，也是无奈，更是事实。平民百姓的命运像稻草一样，在时代的大洪水中随波逐流。
