雄才大略的盛世君王——清圣祖康熙帝
帝王档案
⊙姓名：爱新觉罗·玄烨
⊙属相：马（1654年）
⊙年号：康熙
⊙在位：1661～1722年
⊙享年：68岁（1654～1722年）
⊙庙号：圣祖
⊙谥号：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝
⊙陵寝：景陵（清东陵）
⊙配偶：40人，皇后赫舍里氏
⊙子女：35子，16女
⊙继位人：胤禛（雍正）
帝王小传
清圣祖仁皇帝康熙（1654～1722年），名爱新觉罗·玄烨，顺治帝第三子，生于顺治十一年三月十八日（1654年5月4日），卒于康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日）。顺治帝死前通过与满洲亲贵和皇太后博尔济吉特氏商议后决定让玄烨继位。顺治十八年正月初七，顺治帝病死养心殿，玄烨即位，年号康熙：康，安康，康宁；熙，熙攘，熙盛，兴旺，意思是国家安康和平、天下黎民熙盛兴旺。康熙是清朝第四位皇帝，是清定都北京后的第二位皇帝。他8岁继位，14岁亲政，在位61年，享年69岁，是中国历史上有文字记载以来在位时间最长的君主。康熙自幼好学不倦，16岁就除掉辅政大臣鳌拜，削弱八旗旗主权势，20岁即迎战以吴三桂为首的三藩，历经8年平定三藩之乱。康熙是我国封建社会后期一位具有雄才大略和远见卓识的出色的政治家和军事家，中国历史上最卓越的帝王之一。他文武兼备，较好地处理了民族之间的关系，促进了清朝初年社会经济的发展和稳定，奠定了中国多民族统一国家的疆域，为开创康乾盛世作出了卓越的贡献。
康熙帝葬河北景陵（遵化县昌瑞山），庙号圣祖，谥“合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝”。
青史语录
“圣祖仁孝性成，智勇天锡。早承大业，勤政爱民。经文纬武，寰宇一统，虽曰守成，实同开创焉。”
——《清史稿·圣祖本纪》
八岁登基
顺治十一年三月十八日，玄烨出生在北京紫禁城内景仁宫。母亲佟佳氏，为汉军旗人图山额真佟图赖之女，是顺治的一个连封号都没有的小妃子。玄烨6岁出痘被送出宫外，与母亲分离了很长时间，没有享受到多少母爱。而顺治全心扑在董鄂妃身上，心无旁骛，佟妃并不得宠，而玄烨也没有得到父亲的关爱。玄烨好不容易回到亲人身边，却在8岁时丧父，11岁时丧母，所以童年生活并不幸福。值得庆幸的是，他终于平安地出了痘，仅在脸部留下几个细小的麻点。这使他对当时这种最可怕的疾病有了终身免疫力，而出过痘竟成了他继登帝位的一个有利因素。
玄烨的成长，更主要的还是得力于祖母孝庄皇太后的特殊钟爱和培育。在教育儿子方面，至少在顺治婚姻问题上，孝庄并不是一个成功者。也许正因为如此，她把更多的精力投入到年幼的皇孙身上，一手承担起对其教育的责任。康熙幼年，五官端正，双目有神，口齿清楚，举止庄重，孝庄认为这个孩子一定会有出息，倾注了很多心血，她教玄烨如何做人、怎样为政。正如玄烨自己所说：“朕自幼会学步能言时，即奉圣祖母慈训。”祖母对玄烨既慈爱备至，也处处从严要求。凡饮食，一言一行，玄烨都得照规矩和礼仪而行，稍有疏忽，就受到责备。尤其是在政务方面，祖母时时给予指点，授以方略，使他学会处理各种复杂的问题。这位贤德的祖母给予玄烨的思想以重大的影响，帮助和推动他去完成一代伟大的事业。
玄烨自幼聪颖好学，5岁时依清制，随众上朝，“站班当差”，并入书房读书。他读书十分认真，勤学好问，每每读书至深夜，而不知倦怠。成年后的康熙知识渊博，通古知今，举凡“帝王政治，圣贤心学，六经要旨，无不融会贯通”，这都得之于他日积月累的刻苦学习。
玄烨一方面如饥似渴地学习文化知识，一方面又接受严格的军事训练。骑马、射箭是训练的主要科目，他练就了一身过硬的骑射功夫。至盛年时，他能挽弓十五钧，发十三把箭，能左右开弓，每矢无不中的。宫中的严格要求和他自己不间断的刻苦磨练，迅速把他培养成一个多才多艺、文武兼备的难得人才。
康熙的汉文水平很高，中国历史知识丰富。“城高千仞卫山川，虎踞龙盘王气全。车马往来云雾里，民生休戚在当前。”他的这首《登高诗》被誉为帝王诗。康熙六巡江南题词很多，如为济南趵突泉题“激湍”、“源清流洁”，为珍珠泉题“清漪”、“润物”，为镇江金山龙禅寺题“江天一览”，为济南省城书院题“学宗洙泗”，为钱塘江龙王庙题“恬波利济”，为陆秀夫祠堂题“忠节不磨”，为米芾海狱庵题“宝晋遗踪”。题词充分表明康熙高深的汉文水平和丰富的中国历史知识，题词的书法也很好。
康熙善算学。宣城梅成、泰州陈厚耀入值南书房，康熙教过他们算学。
康熙善射。他晚年对近御侍卫说：“我自幼至老，用鸟枪弓箭射死老虎135只，熊20只，豹25只，猞猁狲10只，麋鹿14只，狼96只，野猪132只，吹哨引来而射死的鹿几百只。射获其余的野善不计其数。曾一天之内射兔318只。”
康熙有丰富的水利知识。他六巡江南视察河工，对每项水利工程都能作出具体指示。他最后一次南巡（康熙四十六年一至三月）是亲自考察泗州西溜淮套是否可以开河才去的。经过实地考察，他正确地予以否决。
因此，康熙是中国历史上善于治国的为数不多的伟大封建政治家，还是多才多艺的学者。他一生勤奋好学，博览群书。自然科学方面的数学、天文、历法、物理、地理、农学、医学、工程技术，人文科学方面的经、史、子、集，艺术方面的声律、书法、诗画，他几乎都有所研究。他写出了八九十篇关于自然科学方面的论著，他亲自审定了多种历史方面的书籍，他还精通多种民族语言。
玄烨幼年时已显示出与一般孩子不同。6岁那年被送出宫之前，有一次，他同诸兄弟向父亲问安。顺治想试试他们的各自志向，就问他们将来都想干什么。老二福全说：“我将来愿当个贤王。”老五常宁才3岁，还不懂父亲的意思。问到玄烨，他朗朗答道：“待长而效法皇父，黾勉尽力！”可见玄烨自幼就有远大的志向。
2年后，这个人小而志大的孩子，终于如愿以偿。
顺治十八年（1661年）正月初七日凌晨，顺治帝病逝。临终前顺治帝接受汤若望等人的规劝和母后的意见，立三子玄烨继位。按照顺治遗诏，玄烨应“持服二十七日，释服即皇帝位”。但辅政大臣却以“神器既已攸归，天位不宜久旷”为由，坚持要皇太子及时即位。于是在顺治死后的第三天，即正月初九，8岁的玄烨在祖母孝庄亲自主持下，亲御太和殿登极，成为清入关后第二位皇帝。清廷颁诏天下，改次年为康熙元年。“康熙”，意为安定太平。从此，清朝缓缓拉开了以康熙为起始的“康乾盛世”的序幕。
康熙即位后，在宫里继续由祖母太皇太后鞠育教诲。幼时祖母对康熙严格的教育，为其以后成为一个有所作为的君主，奠定了良好的基础。康熙刚即位，祖母孝庄太皇太后就问他，当了皇帝以后，想有什么作为。他回答说：“惟愿天下乂安，生民乐业，共享太平之福而已。”
当时的中国，云贵、两广、福建三藩势力不断膨胀，农民军余部仍活动于川鄂，东南有郑成功，漠西、漠北蒙古尚须进一步加强管理。另外，经过连年征战，经济萧条，百业待兴，虽顺治帝已尽力改善，但未达到富国民强的程度。再加上沙俄侵军不断骚扰东北边境，葡萄牙（侵占澳门）、荷兰（入侵台湾）、西班牙、英、法等殖民者也开始向我东南沿海地区渗透。欲实现太平、安定之理想并非易事，新继位的幼主康熙任重而道远。
智除权臣鳌拜
四大臣辅政
正当顺治皇帝欲图大展抱负之时，他所钟爱的董鄂妃去世了，他因悲伤过度而于顺治十八年正月初七日病逝于养心殿，时年二十四岁。由于他生前崇信佛教，与高僧来往密切，并取法名“行痴”，遂有清世祖遁迹空门而非崩于帝位的传说。顺治帝死后，年仅八岁的玄烨即皇帝位，以内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜辅政。
顺治遗诏虽由他人写成，但经过皇太后博尔济吉特氏的认可，与皇帝的诏书具有同等效力。遗诏宣称：“特命内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅臣。伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其勉矢忠荩，保翊冲主，佐理政务，布告中外，咸使闻知。”这四人都出自皇帝直接掌握的上三旗中的元老重臣。在多尔衮摄政时他们有的受到打击与迫害，有的则最早揭发多尔衮，被认为是最可靠、最值得信赖的。但这四人都不是宗室贵胄。这种四大臣辅政体制，一反“从来国家政务，惟宗室协理”的祖宗成规，是一个新的尝试。但辅政大臣体制顺利实现，而没有引起争议，是因为人们对多尔衮以宗室亲王的身份摄政时的弊端记忆犹新。为了避免历史重演，满洲贵族们接受了由非宗室大臣辅政的现实。
这是政治体制上的重大变革。四大臣的地位只是“辅佐政务”，皇帝仍然掌握着决定一切的国家最高权力，不像旧体制那样，以长辈“代天摄政，赏罚拟于朝廷”。
鳌拜早年南征北战，屡建奇功，是功臣也是忠臣；可他在康熙初年辅政时期，飞扬跋扈，把持朝政，恶迹颇多，最后败在少年康熙手中，成为中国历史上强悍不驯的权臣。
在祖母孝庄太皇太后亲自主持下，玄烨宣读遗诏，即皇帝位，年号康熙。四大臣深感受命辅政，责任重大，担心诸王不服，便以“国家政务从来由宗室协理”为由，向皇上请求与诸王、贝勒共同辅政。但遗诏写得明明白白，诸王谁敢干预？于是四大臣便奏明太皇太后，并祭告皇天上帝及顺治帝之灵，宣誓不私自与诸王、贝勒府第往来，不结党羽，不受贿赂，表示了辅佐幼主、维护皇权的决心。正月十四，安亲王岳乐、康亲王杰书以下及大臣官员等，在西安门内南侧的大光明殿，向皇天上帝及先帝灵位设誓，表示要同心协力，辅佐幼主。这样，清廷便形成了以太后为中心，以异姓勋臣辅政，而亲王、贝勒加以监督的新的统治核心。
四大臣辅政在形式和内容上，都是一全新的模式，它与摄政王体制相比，具有几个明显的不同点。
地位不同：摄政诸王都是最近的皇室宗亲，他们是皇帝之长辈，本身又是一旗之主，权力极大，很容易侵夺皇权。如多尔衮不仅是皇帝叔父，而且是正白旗旗主，加上其同父同母兄弟多铎、阿济格手中的镶白旗，实际手握两白旗，足以和皇帝之两黄旗相抗。甚至两黄旗大臣对多尔衮也溜须拍马。至于辅政大臣，虽然其地位与功劳都很显赫，但毕竟是异姓臣子。他们与太后及皇帝之间除君臣关系之外，还存在一旗之内严格的主仆隶属关系。四大臣也公开承认太皇太后和皇帝是他们的女主和幼主。因此，相对而言，辅政大臣不敢轻视太皇太后和皇帝而将大权揽于手中。
与皇帝的利害关系上有区别：下五旗诸王尽管都是皇室宗亲，但他们对本旗力量的发展及个人权势的增长给予了更多的关心，而不大关心朝廷的利益和皇帝的地位。辅政大臣则不同，他们既是皇帝的臣子，又是上三旗的旗员，同皇帝的关系，既是君臣，又是主仆，利害荣辱，息息相关，一旦皇帝帝位不稳，他们也会随着倒霉。所以，他们虽是异姓臣子，但对皇帝却比诸王更加忠心。
职权不同：“摄”有代理之意，摄政即代君听政，代行皇权，摄政王可以根据个人意愿料理国家大事。因此，摄政期间的皇帝谕旨，实际反映的是摄政王的意志，而不是皇帝的命令。辅政大臣则无法做到这一点，其职能仅为佐理政务，协助幼主处理国家大事。而且，为防止个人专断，在四大臣之间达成了协商一致的原则，它规定：“凡欲奏事，共同启奏”。即不许单独谒见皇帝或太皇太后，也不能个人擅自处理政务，必共同协商，请示皇帝或太皇太后，然后以皇帝或太皇太后的名义发布谕旨。因此，辅政时期的皇帝谕旨，虽然也反映了辅政大臣的意见，但这都是在太皇太后和皇帝同意的基础上才能出现的，它在根本上还是反映着太皇太后与皇帝的意志。
总之，摄政王位贵权重，它排斥太皇太后和年幼的皇帝；而辅政大臣则可以有效地防止诸王干政，维护皇权，并使太后能实际上参与到国家大政方针的决策中去。可见，四大臣辅政体制与亲王摄政比较起来，更加适合太皇太后辅助幼孙登基之需要。
鳌拜擅权
世祖去世时，清朝范围内仍存着两个互相声援的抗清战场，一是郑成功领导的东南战场，一是以李定国为首的西南战场。康熙元年（1662年），李定国拥立的南明永历政权被清军消灭，永历帝也在昆明被杀，李定国悲痛万分，不久死去，其部下也相继被清军讨平。康熙三年（1664年），清军又镇压了活动在湖北茅麓山的大顺军余部，农民军将领李来亨牺牲。至此，清朝才最终将大陆上的反抗势力扑灭，进入了百年相对稳定发展的阶段。在长期的征服战争中社会生产遭到巨大破坏。华北地区，满目荒凉的景象，江南一带，到处瓦砾一片。面对这一状况，清朝政府鼓励垦荒，减免赋税，赈济灾民，以解除农民的痛苦。康熙四年（1665年），对遭战争破坏最大的湖广地区“给牛种，听其开垦，三年后起科”。并责令地方官对流亡四川的湖广之人，登记造册，照人数多寡提供帮助，奖励垦殖。对无度牒的僧道，勒令还俗，让其垦荒。经过几年努力，全国田地、山荡、畦地数字有了很大提高，为后来清王朝社会经济的繁荣奠定了坚实的基础。
四大臣还对顺治年间的行政机构作了改革。努尔哈赤时期和皇太极初年，辅佐汗的秘书机构是文馆，又称书房。崇德元年（1636年），皇太极称帝，始改文馆为内三院即内秘书院、内国史院、内弘文院，并设内务府管理宫内事务，内务府大臣则由皇帝的包衣奴才担任。顺治十一年（1654年）清廷仿明代制度，改置宦官十三衙门总管宫内事务。顺治十五年（1658年），参照明代制度将内三院改为内阁，同时设立翰林院。鉴于宦官在明代的祸国殃民的罪行，四大臣辅政伊始，即于二月革除十三衙门，恢复内务府，仅留少数太监以供驱使，对防止宦官干政起到了积极的作用。六月，又以世祖章皇帝遗诏发布谕旨，废除内阁及翰林院，重新恢复内三院。这时，清帝取消了大学士入值和票拟之权，由辅臣代为执行；辅臣必须共同商议票签内容，然后向太后请示，并代幼帝朱批御笔。但代皇帝朱批御笔也为辅臣提供了专权乱政的可能。
辅政初期，四大臣还能忠心耿耿地辅佐幼帝。然而随着时间的推移，辅臣鳌拜自恃功高，渐渐跋扈起来，对爵秩低于自己、而班次却高于自己的苏克萨哈心怀不满，遂利用黄白两旗的旧有矛盾，寻找机会，打击苏克萨哈。
康熙五年（1666年）鳌拜唆使八旗以土地不堪为由，提出更换的要求，送交户部。户部尚书苏纳海认为土地分配已久，且康熙三年（1664年）已有民间土地不许再圈的旨意，遂上疏反对圈换土地，并请将移文驳回。鳌拜假借世祖章皇帝有旨，凡事俱尊太祖、太宗例执行，于四月命镶黄旗从右翼之末移回左翼之首，并为镶黄旗在北京东北的顺义、怀柔、密云、平谷四县圈拨土地，造成既成事实。秋天，户部尚书苏纳海、侍郎雷虎等率人出发丈量准备圈换的正白旗土地，数千旗民极力声言换地的骚扰之苦，要求立即停止换地。同年十一月，直隶、山东、河南总督朱昌祚，直隶巡抚王登联同时上疏，指出旗民对重新更换圈地极为不满。接到命令后，旗民的土地等着调换，而民地则等着被圈，两下里都闲置不种，造成土地大量荒芜，恳请停止圈地。苏纳海等在丈量圈换土地时，由于镶黄旗章京不肯接受新圈换的土地，正白旗包衣佐领下人又不肯指出地界，他们只得将主持两旗换地的官员撤回。鳌拜仰仗其在辅臣中的优势，命吏、兵二部将苏、朱、王等革职锁拿，并交刑部议处。康熙五年（1666年）十二月，鳌拜以苏等人不愿迁移、结党抗旨、妄行具奏等罪，将苏纳海、朱昌祚、王登联三人矫旨处以绞刑，家产籍没，并将蓟州、遵化、迁安三地的正白旗土地强行加以圈换。旗员及人民深受其害，有数十万人失业。
圈地事件打破了四大臣协调一致的原则，朝内百官惴惴不安，纷纷上书要求皇帝亲政。康熙六年（1667年），索尼去世，鳌拜乘机打算提高自己的地位与职权，代替已故的索尼，获取启奏与批理奏疏之权。康熙见鳌拜愈加跋扈，四大臣辅政体制已无法发挥作用，遂以辅臣屡行陈奏为由，奏请太皇太后允许，私下里拟好了诏旨，于七月初七那天颁布，并举行亲政大典。此时鳌拜党羽已经形成，其势力在上三旗中占有绝对优势，鳌拜已控制了镶黄旗，正黄旗随声附和。正白旗大臣苏克萨哈凭一己之力无法与鳌拜竞争，遂于七月十二请求辞职。鳌拜乘机以不愿归政、妄蓄异心等罪名，打算处死苏克萨哈。康熙知鳌拜等怨苏克萨哈经常与其争论是非，仇恨甚深，欲置之于死地，遂坚持不允所请。鳌拜竟攘臂上前，连续几日来向康熙帝奏请，最后仍将苏克萨哈处以绞刑。
鳌拜在除掉苏克萨哈后，朝中已无人敢反对他，于是更加跋扈。如有人自行启奏，他必加斥骂；于皇上面前，凡事不以理进奏，多以旧时疏稿呈览，逼勒依允；甚至对皇帝的旨意也公然反抗，拒绝履行。鳌拜党羽马迩赛死后康熙明令不准赐谥，而鳌拜却根本不听，仍行赐谥。在鳌拜支持下，其党羽亦敢怠慢皇上，皇权受到严重威胁。
自取灭亡
鳌拜结党妄行，专擅朝政，不仅威胁到皇权，而且也损害了百官的利益，引起君臣的强烈愤慨。康熙七年（1668年）九月，内秘书院尚书熊赐履上疏，以天下治乱系宰相一语，暗指鳌拜擅政，国家前途堪忧。康熙认为，鳌拜身居要职，且党羽遍布内外，如果直接发布谕旨，捉拿鳌拜，恐怕会引起事变。于是康熙从侍卫及拜唐阿中选出忠实而又有力者，以练习“扑击之戏”为名义，让他们组成善扑营。同时康熙采取各种手段削弱鳌拜势力，他的党羽巴哈、苏尔马、绰克托、济世等人被派往外地。在做了精心准备之后，康熙召鳌拜进宫，命令善扑营将鳌拜擒下，与鳌拜一起被捉的有遏必隆及一等侍卫阿南达等。
铲除鳌拜集团牵涉到中央权力更迭的大事，这中间的关系极为复杂。而康熙帝仅用10天，即宣布了对鳌拜等人的处置，表明康熙帝对铲除鳌拜做了精心准备。谕旨里也没有任何报复的内容，法外施仁，区别对待，体现了极高的政策水平：第一，对立有不少战功的鳌拜处以拘禁，其兄赵布太、子那摩佛亦从宽免死拘禁；第二，遏必隆系开国勋臣额亦都与和硕公主之子，因而“免其重罪”，数月之后，又“特为宽宥，仍以公爵，宿卫内廷”；第三，对鳌拜罪应加诛的死党，除谕旨中所列已处死之班布尔善等7人之外，九月，又将工部尚书都统济世及内秘书院学士吴格塞处以绞刑。仅这9人被处死，较原议大大减少；第四，本为同党，宽宥免死，从轻发落。如吹捧鳌拜为“圣人”的一等侍卫阿南达，仅处以革职、鞭一百。另外还有免罪仍留原任者，如山陕总督莫洛、山西巡抚阿塔、陕西巡抚白清额；第五，内外满汉文武官员，因惧鳌拜权势或想从中谋利而党附鳌拜的人，都免于处罚，而且言而有信。鳌拜家人供出，总督白秉真、原任巡抚张自德、尚书龚鼎孳等，都曾嘱托他向鳌拜行贿。康熙帝于六月初七谕旨指出：“此等嘱托行贿者尚多，非止伊等。朕已有谕旨，将内外各官苟图幸进作弊者，俱从宽免。今供出各官，亦俱从宽免罪。”康熙缩小处罚面，制止了无限制的牵连，有利于稳定朝中政局。此外，为受鳌拜迫害致死、革职、降级者平反昭雪。已故之苏克萨哈等人，由其后人承袭其爵位与世职。此案的处理，很能收买人心，表明年轻的康熙帝日趋成熟。
康熙帝铲除鳌拜之后，将大权独揽，开始了他的“乾纲独断”的统治。从此之后，皇帝亲自批阅奏折，从不假手他人代为书谕。康熙年老之后，仍坚持这一原则，右手患病不能写字，宁可用左手执笔批旨，亦“断不假手于人”。从鳌拜专权事件中康熙得出一个教训：“自亲政以来，断不许人怀挟私仇，互相陷害，是以三四十年间，无大臣互相攻击之事”。鳌拜专政柄之时，曾把持议政王大臣会议，所议之事尚未起奏，结果即为外人所知，出现不断泄露的事情。康熙亲政后，对议政王大臣会议严加整顿。他规定：“其诸王贝勒之长史、闲散议政大臣，俱著停其议政；以后凡会议时，诸王、贝勒、大臣，务须慎密，勿致泄漏。”康熙还针对鳌拜当权时形成的“交通在内近侍、使令人员妄行干求，或潜为援引，或畏威趋奉”等不正之风，郑重宣布：“朕处理事务的宗旨是对那些奸诈阴险谗媚之人严加惩处，选拔任用那些忠诚而有才德之人。以后如有不遵禁例，仍前干求趋奉者，定行从重治罪，决不饶恕。”这里当然包括禁止私通太皇太后身边近侍，妄图通过太后以干涉朝中大事者。
康熙帝在短短十余天里，便不动声色地将把持朝政数年、为恶多端的鳌拜势力迅速铲除，并在处理这一问题上显得有节有度，充分显示了他的聪明才干和大智大勇。他以异乎寻常的政治才能将局面控制在自己的手中。鳌拜集团的垮台使人们心头的忧虑一扫而去。人们在这一重大政治事件中，真切地感受到了年轻的康熙在政治上的成熟与处理政务的老练。
在处理了鳌拜及其党羽后，康熙立即发出诏旨，为苏克萨哈平反昭雪，发还其家产，恢复其爵位，由其幼子继承。对于已成事实的黄白两旗的换地一案，不再做调整。但由此而掀起的圈占民田狂潮，如不加制止，只会加剧社会的动荡和不安定。康熙帝于六月便下令：“自后圈占民间房地，永行停止。其今年所以圈者，悉令给还。”“至于旗民无地亦难资生，以古北口等边外空地，拨给耕种。”清入关后持续了26年之久的圈地弊政寿终正寝了。随后在七月“圈换”案中被冤杀的苏纳海、朱昌诈、王登联三人也被昭雪，分别追谥并荫其子入国子监。在此案中牵连受处分的其他官员也都撤消了对他们的处罚，并官复原职。
平反积案时，康熙帝也十分留心处理朝中事务。但他毕竟年轻，取消大臣辅政，使得康熙帝事无大小都得亲自处理，这无疑使他的压力大增。设立一个协调的辅政机构，辅佐自己处理好朝内外国家大事已成为必需。
清朝入关初年，满洲的宗室贵族、八旗大臣在决定国家重大事务方面仍具有不小的权力。这是清入关前近30年，由努尔哈赤、皇太极执政时期逐渐形成的议政王大臣会议制度，一直在发挥作用的结果；当然也与顺治帝、康熙帝两代君主都是冲龄继位而不能处理政事有关系。不属常设的制度性机构的议政王大臣会议制度，不可避免地限制了君主对大权的独揽，因此，顺治十五年（1658年）十月，顺治帝将原有职掌逐渐扩大的内三院参照明朝制度改为内阁，在内阁办事的官员都称为大学士，内阁便具有了国家政权最高中枢机构的功能。但顺治帝一死，四辅臣立即又把内阁改为内三院。因此，直到鳌拜集团被铲除，辅佐帝王行之有效地处理国家政务的中枢机构在清王朝一直未能建立起来。它极大地影响了专制帝王的独裁统治。
康熙九年（1670年）八月，康熙帝下令把内三院重又改成内阁，并依顺治十五年例，大学士分兼殿（中和殿、保和殿、文华殿、武英殿）、阁（文渊阁、东阁）衔，并兼各部尚书，学士都兼侍郎。从此，内阁便逐渐发展成为清王朝的权力中枢，但并不完善。满汉大学士、学士、侍读学士、侍读等官同阁办事，帮助皇帝处理日常政务。
除此而外，鳌拜专权时对汉族人及汉官的歧视与迫害政策被废去，放纵贪官污吏、政府中玩忽职守、互相推诿等弊端也一一开始整顿。大清国开始了由乱入治的新时期。
平定三藩
三藩专制
康熙亲政后，将处置“三藩”看成是治国安邦的头等大事。所谓“三藩”，即顺治年间清廷派驻云南、广东和福建三地的平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂（后由其子精忠袭爵）。当时他们率清军南下，对于击败农民军及南明政权，作出过不小的贡献。但他们的权势也随之恶性膨胀，至康熙初年，三藩已成为事实上的割据势力，严重危害着国家的统一。
诸藩势力的发展，与清初政治形势是密切关连的。当时清朝统治者为统一中原，需要厚待投降的汉族将领。孔有德、耿仲明（继茂之父）、尚可喜，原为辽东人，于天命六年（1621年）三月清太祖努尔哈赤攻占辽东后，陆续去皮岛投靠总兵毛文龙。天聪二年（1628年）六月，明蓟辽总督袁崇焕杀死毛文龙，东江大乱，明军自相残杀。孔、耿、尚等在走投无路情况下，先后于天聪七、八年（1633、1634年）投降后金。清太宗皇太极出城十里相迎，隆重接待，封孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官，命他们驻守辽阳，号“天助兵”；任尚可喜为总兵官，命他驻守海州。崇德元年（1636年）六月，皇太极改国号为清，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，极示宠信之意。这时出现直属皇帝的三位汉族人藩王，不仅于中央集权无害，反而会牵制满洲诸王的势力，维护皇帝的地位和权势。崇德七年（1642年）八月，皇太极析汉军四旗为八旗，命有德、仲明、可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗。
吴三桂，江苏高邮人，明原任锦州总兵吴襄之子、锦州总兵祖大寿之甥，历任游击、副将等职。吴襄因罪下狱，吴三桂升任总兵官，带兵驻守宁远城。明崇祯十五年（1642年）二月，松锦会战中明十三万军队损失大半，蓟辽总督洪承畴降清，吴三桂收集残兵败卒逃回宁远，手下兵丁增至三四万人，为明廷所依重。清占关外各城，唯独宁远尚在明军手中。崇祯十七年（1644年）三月初六，李自成农民军已入山西，昌平兵变，京师戒严。崇祯帝封吴三桂为平西伯，命他放弃宁远，火速率兵入援京师，并起用吴襄提督京营。吴三桂接朝廷命令后，行动迟缓，每日只行数十里。宁远至山海关仅两日路程，十六日才到，二十日至丰润，在那里吴三桂获悉农民军已攻入北京，于是他率手下军队退返山海关。清朝曾多次遗书招降吴三桂，正欲率兵进关的摄政王多尔衮向吴三桂许诺：“伯若率众来归，必封以故土，晋爵藩王”。李自成亦曾派人招抚吴三桂，但因农民军的“割富济贫”“追赃助饷”政策触犯了地主阶级的利益，所以吴三桂最终还是向清朝投降。同年四月，山海关一战，李自成在清军及吴三桂的联合夹击下惨遭失败。多尔衮即日“承制进三桂爵平西王”。至此，清廷所封汉族人藩王，已有4名。
顺治六年（1649年）五月，清廷封孔有德为定南王，令其率兵二万征广西；改封耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，令各率兵一万征广东。不久，耿仲明因隐匿逃人惧罪自杀，由其子耿继茂继承靖南王之爵。年底，孔有德占据桂林。顺治七年（1650年）冬，尚可喜攻克广州，南明桂王逃往梧州。时大西军余部李定国与桂王合作，进攻四川，吴三桂奉清廷之命进行征讨。吴军势力较强，李定国不敌转而争夺广西。顺治九年（1652年）七月吴军攻克桂林，孔有德阵亡，其子亦亡，爵除，四藩成为三藩。顺治帝为协调西南五省力量，于十四年（1657年）部署三路进兵贵州。
顺治十五年（1658年）正月，清军攻占贵州，顺治命多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军，代替宁南靖寇大将军宗室罗托，与其他两路乘胜进攻云南。顺治十六年（1659年）正月，三路大军攻入云南省城，南明永历帝等败走永昌府，后逃入缅甸，两广、云贵基本平定。同年三月，顺治帝根据洪承畴建议，“命平西王驻镇云南，平南王驻镇广东，靖南王驻镇四川（次年七月，改驻福建）”。“三藩”分守一方对巩固清王朝的统治起到了积极的作用。吴三桂于顺治十八年（1661年）十二月率兵入缅，擒获永历帝及其随从，并另遣总兵追击、招降巩昌王白文选。不久晋王李定国亦死，云南彻底平定。耿、尚分守闽、粤，亦曾有效地抵御郑成功的进扰。
随之而来的是“三藩”拥兵自重，势力极大。云南每年耗饷最多时达900余万，平时亦不下数百万。所以说：“天下财赋，半耗于三藩。”而且三藩各据一方，手握重兵，形同割据，对中央集权构成了极大的危害。吴三桂以功晋封亲王，总管云南、贵州二省一切事务。顺治帝谕：“凡该省文武官贤否甄别举劾，民间利弊因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂著该藩总管，奏请施行。内外各该衙门不得掣肘。”应吴三桂之请，顺治帝在给云贵督抚的上谕中，意让他们一切听凭吴三桂节制。不仅如此，吴三桂还委派部下亲信到其他地方任职，称为“西选”，“西选之官几满天下”。吴三桂还用大量钱财来结交士人，让他们为其效力。在云南的十余年时间里，吴三桂天天操练军队，制造武器。在重要的地方都派亲信驻守，而各省的提镇等官员，大多是吴三桂的心腹，为他所收买。吴三桂的儿子是清廷驸马，朝中的任何动向吴三桂都能及时地得到汇报。他向朝廷谎报说蒙古人进攻丽江、中甸等地，清廷派大军前去支援后，吴三桂又报称蒙古人已败退，挟边防以自重。耿精忠、尚继茂也跋扈异常，为害一方。
三藩之乱
顺治十六年（1659年）正月，兵科给事中杨雍建上疏反映耿、尚二藩为害广东，要求把一藩调走，另驻他处，以缓解广东的压力。他虽然从“两藩并镇”角度提出问题，但也反映了藩镇与中央的矛盾。吏部议复此疏时认为藩王损害商民利益，应加以切责。顺治帝于是便把耿精忠调往福建。但三藩与中央的矛盾并未解决。顺治十八年（1661年）以后，三藩的危害进一步体现，清廷与三藩的矛盾在激化，因此康熙继位之后，中央即开始逐步削减三藩的权势，作撤藩的准备。
清廷的第一个措施是收缴大将军印。按清制规定，大将军拥有极大权力，都是临时性差遣，在任务完成之后将解去将军职务，将印信交还朝廷。可是吴三桂驻镇云南数载，拒不交回大将军印信。康熙二年（1663年）清廷遣内大臣，对住于京师的吴三桂子额驸吴应熊说：“过去永历帝潜逃缅甸，因边境不安，才授予你父大将军印信，这是增加其权力的需要。但现在天下早已平定，你父为何还不将大将军印交还？”吴应熊将朝廷的意思转告了吴三桂。吴三桂迫不得已，上缴了大将军印，但他心里十分不高兴。
第二，裁汰兵力。早在顺治十七年（1660年），为节约兵饷，有人就建议将云南的绿营兵裁去五分之二。吴三桂借口边疆未靖，裁撤兵丁恐怕不好，于是“倡缅甸水西各役以自固”。康熙四年（1665年），各地战斗均已告结束，于是“奏裁云南省绿旗兵五千有奇”。康熙六年（1667年），左都御史王熙又奏请裁饷，疏言：天下钱粮的大半用于支出云、贵、闽、广的兵饷。云贵地区，每年官兵的饷粮需三百万两，本省的赋税钱粮不及其所需的十分之一，这势必难以长久维持下去。臣以为现在云贵均已平定，绿营兵额应裁减，即便是吴三桂藩下的兵丁也应分散派遣到他处垦屯，这样一来既可分散、削弱吴的势力，也可使兵饷得以保证。此疏一上，康熙帝即命下部议，令平西王吴三桂及云贵的督、抚、提、镇裁减兵员，“此举节省饷粮上百万两”。
第三，严禁欺行霸市、借势扰民。康熙四年（1665年）即因兵丁严重扰民，曾密谕尚可喜：“以后将所属官兵严加约束，勿仍纵容属员，以为事发伊自受过，与己无涉，草草从事。如此久之，倘有大事，岂能尽委属员？”康熙六年（1667年），王熙又上疏说：“闽、广、江西、湖广等省官员，自置货物卖给所属兵民，或指称藩下挟势横行，放债取利，省会要区遍置官商占据盘剥，致小民以贸易为生者失业。请敕部详议王公将军督抚提镇大小官员，有持己资与民争利及奸商借藩王势力横行者，严加治罪。”有旨下部，“申严禁例”。
第四，解除藩王对云贵两省事务的总管。康熙六年（1667年）五月，吴三桂以目疾请求辞去云贵两省事务。朝廷立即批准，决定“将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”。其大小文官，亦照各省例，由吏部任命。同年九月，吴三桂同党云贵总督卞三元及云南提督张国柱、贵州提督李本深一齐上疏请求让吴三桂总管云贵事务，并以“目前边疆叵测可虑”，威胁朝廷“收回成命”。朝廷态度非常坚定，降旨答复：“该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。”并规定，藩王下属人员不得任督抚。第二年冬，卞三元见三桂与朝廷矛盾日益尖锐，便寻找脱身之计，遂托言母病乞求归家奉养，朝廷准其离任“回旗养母”，另派汉军正蓝旗人甘文焜任云贵总督。甘文焜把督府驻在贵阳，他操练手下官兵，对云贵地区的山川形势详加察访，其意在牵制吴三桂，最终能取代吴三桂。
康熙十二年（1673年），平南王尚可喜年届七十，他向朝廷请示回辽东养老，同时请令其子尚之信袭封王爵，继续驻守广东。康熙见撤藩时机已到，便以广东已经平定为由，准许尚可喜全藩撤离，所属官兵仍留广州府，令广东提督管辖。康熙决定撤藩，极大地震动了吴三桂与耿精忠，他们分别于七月三日、九日提出撤藩申请，意在试探朝廷态度。康熙命议政王大臣商议，大学士索额图以兵丁往返、民驿苦累为由，主张吴三桂继续镇守云南，其实是怕吴三桂造反。康熙斟酌再三，认为吴三桂早已有谋反之心，今天撤藩他也反，不撤藩他照样要反，不如先发制人，于是康熙坚持将三藩一块撤去。同年八月，康熙分别派礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼前往云南，户部尚书梁清标赴广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，会同总督、巡抚、提督，办理撤藩事宜。吴三桂见永镇云南的幻想已破灭，于是写信给平南、靖南二藩及台湾郑经，相约共同反清。十一月二十一日，吴三桂杀害拒绝叛乱的云南巡抚朱国治，扣留朝廷使臣折尔肯、傅达礼，自称“天下都招讨兵马大元帅”，蓄发易冠，打起复兴明室的旗号，起兵反清。并命马保等率军从贵州进攻湖广，王屏藩等率军由四川进窥陕西。吴三桂发动叛乱，本是统治阶级内部权力分配矛盾激化的结果，但自清兵入关以来，西南地区南明势力还有一定基础，民族矛盾还比较尖锐，吴三桂打出反清复明的旗号，客观上利用了这种情绪。因此，吴三桂揭起反旗后，滇、黔、湘、蜀等省纷纷响应。据统计，共有26名总督、巡抚、提督、总兵等地方大员参加了叛乱。其中明朝降清之武将即达20名。此外吴三桂还从云、贵土司那里征调了数万人，为他卖命。同时清自入关以来，忙于征战，尚未顾及吏治之整饬，某些地区民族矛盾和阶级矛盾比较尖锐，为叛乱者利用，大大壮大了吴三桂等的力量。因此，吴三桂造反以来，来势甚猛，滇、黔、湘、蜀纷纷响应，“东南西北，在在鼎沸”。吴军主力东侵黔湘，兵力迅速增加到14万；侧翼北攻川陕，亦不下数万人。
清廷举行议政王大臣会议、部院大臣会议，紧急商讨应对之策。许多官员已被南方叛乱的惊人发展而吓得不知所措，他们极力主张应严惩主张撤藩者，对三藩进行安抚。大学士索额图坚决主张“前议三藩当迁者，皆宜正以国法”。在人们争论不下之际，众人把目光投向了康熙帝，希望他能作出决断。
康熙帝很清楚当前的形势有多危急，但他意识到，撤藩是正确的。吴三桂等人早蓄有异志，他们图谋造反已有很长一段时间了。这时绝不能妥协，如果立场软下来，将再也控制不了吴三桂，人们也会轻视他及满清政权。在此关头，任何妥协都将带来更为严重的后果。汉景帝杀掉主张撤藩的大臣晁错，吴王刘濞发动“七国之乱”，气焰反而更加嚣张。撤藩是皇帝的独断。因此康熙帝冷静地对群臣说道：“此出自朕意，他人何罪？”“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？”康熙如此坚定，不仅令主张撤藩的米思翰、明珠等人摆脱指责与惶恐，也使所有在廷诸臣人人敬服。康熙在如此危急的局势面前仍保持了那份惊人的冷静。他镇定自若，详细规划了对吴三桂等的作战方略。
十二月一日，吴三桂挥兵进攻贵州。贵州巡抚李本深、云南提督张国柱响应吴三桂，也扯起了叛旗。云贵总督甘文焜措手不及，无法备兵抵抗，全家自杀，贵阳陷落。在不到一个月的时间里，吴三桂兵不血刃，占据了贵州全境。他四处联系，鼓动耿精忠及尚可喜两藩反叛，还向镇守广西的孔有德的女婿孙延龄、盘踞台湾的郑经和原来自己安插在湖南、四川、陕西等地的心腹策动反叛。一时之间，南方及西北各省响应吴三桂的叛乱不断。“东南西北，在在鼎沸”。叛军气焰嚣张，声势甚大，并很快向湖南、四川派兵。响应吴三桂的叛乱不断。
康熙部署平叛
初十清晨，康熙帝升座太和殿，安排征讨吴三桂之事。大学士图海、索额图手捧“宁南靖冠大将军印”，授予多罗顺承郡王勒尔锦、多罗贝勒索尼，命二人指挥清军征讨云贵的叛乱。再由学士郭思海、额库礼手捧“镇守陕西安西将军、副将军”印给都统赫叶、护军统领胡礼布。康熙帝走下御座，率领在场的全体王公大臣及武将往堂子行礼。然后康熙帝亲自送出征将士出西长安门。
按康熙帝的构想，战事将被限制在云南、贵州、湖广三省展开，所以他派出两路兵马，一路赶赴荆州，一路由汉中进入四川，堵住叛军的道路，控制住战局的发展。同时下诏，将梁清标和陈一炳的部队调回，并撤除对耿、尚的撤藩令，以稳住二人，不使局势恶化。同时派人到广西授予孙延龄为“抚蛮将军”，孔有德旧将钱国安为都统，让他们固守广西，以阻止吴三桂军队对广西的攻击。当时吴三桂原来的部下在各处为官，为稳住这些人，康熙帝发下谕旨，表示继续信任他们，让他们安心工作。为表明平叛决心，康熙帝一听到吴三桂已反的消息，他第一时间里命逮捕吴应熊，还下诏革去吴三桂的平西王爵位，声讨吴三桂叛国的罪行。
然而，尽管康熙帝作了全面的布置，可形势的发展变化却完全出乎他的意料。三藩之乱花了八年时间才彻底平定下去，事后他每一想到，仍“觉悚然可惧”。
康熙帝时刻关注着南方的战局，不断地向前方调兵遣将。康熙帝命都统尼雅翰为镇南将军，率原驻沧州、顺义等十余地的满洲八旗兵驻防德州；又派兵奔赴南昌、安庆、江宁；又向四川、荆州、襄阳和江西等地增兵。然而南方的叛乱战火却越燃越烈，它的范围也越来越大。
吴三桂不到一个月便占据了贵州，这使他目空一切。他嘴上说拥奉“朱三太子”，但到康熙十三年（1674年）的元旦，吴三桂扯下了“复明”的帽子，自称“周王”，改年号为“利用”。随后，吴三桂挥军进攻湖南，一路长驱直入，进逼长沙。守城的巡抚卢震弃城而逃，湖南其他地方的清军官吏也都是闻风而逃。吴三桂又是兵不血刃夺得了湖南。这时，湖北、四川有不少守将为吴三桂声势所慑，投降了吴三桂。三月十五日，襄阳总兵杨来嘉在谷城叛降；十九日，郧阳副将洪福率兵反叛，被提督佟国瑶击败。康熙帝派往增援四川的军队还在途中时，四川提督郑蛟麟、川北总兵谭弘、巡抚罗森、总兵吴之茂先后反叛，四川全省落入了吴三桂的掌握之中。叛军兵锋开始威胁陕西和湖北两地。
四川的陷落完全打乱了康熙帝的部署。在东部，康熙原指望“额附”孙延龄能守住广西，阻止吴三桂东进，但没想到吴三桂竟先于他控制了孙延龄，广西也加入了叛乱队伍中。孙延龄反叛的原因在于康熙批评他贪财横暴，残害百姓。二月二十八日，孙延龄发动兵变，将曾参劾过自己的部将都统王永年、副都统孟一茂等三十余人杀死，并将广西巡抚马雄镇逮捕，然后与吴三桂联兵夹击抵抗者。驻柳州的广西提督马雄、广西都统钱国安先后投降。广西全省又落入叛军之手。三月十六日，康熙又接到耿精忠反叛于福建的消息。
耿精忠是耿继茂的长子，顺治帝为笼络耿氏一家，将他的亲侄女、肃亲王豪格之女嫁给耿精忠。两年前，耿继茂死后，耿精忠承袭了王爵。当他知道康熙帝已批准撤藩的“请求”后，便开始密谋反叛。尽管他又收到了康熙帝不撤藩的上谕，但他并不信任康熙，他认为那是安抚他的手段，以使他不站到吴三桂的一边。一旦吴三桂失败，自己的命运仍是被撤迁。与其坐等被撤，不如随吴三桂一起与清王朝拼个你死我活。三月十五日，他于福州发动兵变，囚禁了福建总督范承漠，率部众剪掉发辫，改易汉服，自称“总统天下兵马上将军”。他派出军队四出攻掠，响应吴三桂。
到此，江南及沿海一线，只剩广东、江西和浙江三省还处在清廷的控制之下，而云南、贵州、四川、广西、湖南、福建六省均全部落入叛藩之手。康熙帝此时只能尽最大努力去争取镇住广东的尚可喜和拼死保住江西，使云贵、广西与福建叛军无法联手。他下诏革去耿精忠的王爵。同时任命康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，由浙江向福建发动攻击。命贝勒尚善为安远靖寇大将军，协助勒尔锦由荆州入湖南攻击岳州；命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率军进入江西；以简亲王喇布为扬威大将军，统师镇江南；以贝勒洞鄂为定西大将军，指挥清军从陕西攻击四川；命尚可喜和总督金光祖由广东击广西。并迅速整顿驿递，以使情报和命令能在四五天里即可到达西安、浙江，直接指挥着各地的防务。
几个月中，为应付不断扩大的叛乱局势，康熙忙得焦头烂额，但在朝堂上他表现得极为冷静与沉着。祖母对孙儿特别关注，她鼓励康熙帝，并帮他出谋划策。康熙帝为安慰祖母，时常到慈宁宫请安。二月初一，太皇太后甚至拿出自己长年节俭积攒下来的银两与缎匹交给康熙帝，让他赏赐在前方征战的将士。二月十九日，康熙帝升座太和殿，举行了经筵大典。在繁忙的军政事务中，康熙帝仍念念不忘黄河的修治，叮嘱上任的地方官员要爱惜百姓，民心稳定才能平定叛乱。康熙帝坚定信心，全力指挥着这场平叛战争。
康熙十三年（1674年）四月初，吴三桂放还朝廷使臣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士博达礼，此后不久，吴三桂欲以清廷对等的身份与清廷对话，迫使康熙承认既成事实。但是康熙帝义无反顾，坚定地认为对于反叛之徒必须予以消灭，不能作任何退让。为彻底粉碎吴三桂的幻想，康熙采纳诸王的建议，决定于四月十三日处死孙世霖及吴三桂子吴应熊。谕旨宣称：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章俱在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也”“通行晓谕内外军民人等，俾咸悉朕意”。处死吴应熊，确实起到了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”的作用。吴三桂起初以为东南半壁江山大半已落入自己手中，儿子又是皇帝亲戚，朝廷肯定不会杀他，而将留作以后招抚之用。及闻应熊死，“惊悖气夺，遂底于亡”。
尚可喜像
康熙帝最大的目标是尽快在军事上占据优势，平息叛乱。他统观全局，发现清军在各个战场上都处于劣势，仅能与敌对峙，难以进取。除荆州有大将军勒尔锦统辖外，其他各地的军队互不相属，难以统一行动，不能抓住战机。吴三桂于岳州屯集重兵，随时可以北上、东进。于是，从六月至九月，康熙又陆续向岳州、浙江、四川、江南、广州各路增派大将军。六月十三日，以多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军，同固山贝子彰泰、镇国公兰布率兵进攻岳州，将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布、护军统领额司泰仍参赞军务。同时，派固山贝子准塔率兵往荆州增援勒尔锦。六月二十五日，康熙帝授和硕康亲王杰书为奉命大将军，与固山贝子傅喇塔一起率兵赴浙江，将军赖塔、副都统喇哈、纪尔他布参赞军务。同时，任命多罗贝勒董额为定西大将军，同固山贝子都统温齐、辅国公绰克托率兵进攻四川，将军赫业、瓦尔喀、护军统领胡里布、署前锋统领穆占、副都统佛尼勒参赞军务。康熙将江南、江西置于特别重要的地位。九月十八日，康熙任命和硕简亲王喇布为扬威大将军，率兵保固江南，兼管江西，将军阿密达、额楚、华善、王之鼎、总督阿席熙等为参赞。九月二十四日，任命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率兵到广东，令都统觉罗画特、署护军统领伯郎肃、副都统吉图喀、朱喇禅、辅国将军瓦山等一同前往。至此，康熙又向战场派出了六名将军，仅江浙就派了三位将军，且全是亲王。可见，争夺江西、浙江、江南已成为战争胜负的决定因素。正如康熙诗所云：“临轩重简亲藩出，军威万里风雷疾。”各路大将军的任命和出征，使清廷的力量大为增强。大将军不仅携带八旗前锋、护军、骁骑等劲旅，亲王、贝勒、贝子、旗下包衣佐领甲士及所部人众披甲者，而且可以全权统一指挥、调动其辖区将军、都统、总督、提镇等所领满洲、蒙古、汉军及绿营兵丁。玄烨昭示：“所以遣王等者，非谓诸将才能不足，念诸王贝勒皆朕懿亲，指挥高度无可牵掣，守御征剿足增威重。”这一部署，大大提高了稳定战局和应付意外事变的能力，并为向叛军发起反攻和收复失地大大增加了可能性。
吴三桂叛乱，不仅带来了军事上的震动与失利，而且在人心方面也带来了极大的变动。康熙十二年（1673年）底，吴三桂反叛消息传到京城，北京城一夜之间发生数起失火事件，杨起隆假称朱三太子，发动起义。十三年（1674年），八旗劲旅大量派出之后，十四年（1675年）春，察哈尔蒙古和硕亲王布尔尼发动了叛乱。这些事件很快被平定下去。但康熙帝的心情极为沉重。他时刻惦念前方的战事，加之军务繁忙，日夜不得安闲。然而康熙明白自己身为一国之主，必须沉着冷静，“外则示以暇豫，每日出游景山骑射”。“经筵”“日讲”在暂停数月之后，亦照常举行，再无间断。当时有人以为皇帝毕竟年轻，在如此紧张时期竟还游山玩水，曾投帖于景山路旁：“今三孽及察哈尔叛乱，诸路征讨，当此危殆之时，何心每日出游景山？”康熙看后，置之不理，依然有节奏地工作和生活。皇帝此举，果然于稳定民心有益。事后，他才说明此中用意：“当时朕若稍有疑惧之意，则人心摇动，或致意外，未可知也。”
“剿抚并用”政策
康熙在刚开始平叛时，即有“剿抚并用”之意。王辅臣叛降吴三桂，康熙即曾连降专敕招抚，但初期军事上处于劣势，招抚难以奏效。后来清军将王辅臣围困在平凉、固原等地，王辅臣见处境不妙，主动乞降，康熙怀疑这是王辅臣的缓兵之计，完全不予理会，双方僵持将近一年。最后，康熙见强攻不下，又转而采用招抚策略，收降王辅臣，底定三边，并因而从中总结出一条经验：“剿抚并用”。他给图海的谕旨中说：“大将军图海恭承简命，秉钺临边，即宣布恩威，剿抚并用，平凉一带，旬月绥平。”此后，康熙在各个战场上大力推行“剿抚并用”的策略，令对“叛变之人”，只要有“悔罪输诚之心”，皆可容受。
继陕西之后，康熙把福建定为另一个剿抚重点目标。康熙一向把耿精忠与吴三桂区别开来，认为他“必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同。故将吴三桂子孙正法；精忠在京诸弟照旧宽容，所属官兵并未加罪”。“且吴三桂乃本身投诚之人，背恩反叛，自取灭亡；精忠祖父以来，三世受恩，四十余年，非素蓄逆谋首倡叛乱者比”。因此，在耿精忠刚叛乱之时，康熙马上遣工部郎中周襄绪偕精忠护卫陈嘉猷，带着朝廷敕令赶赴闽，传谕精忠：“果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸投诚自首，将侵犯内地海贼速剿图功，即行敕免前罪，视之如初。”后来虽然派出大将军康亲王杰书至浙闽前线，加强对福建的军事进攻，仍不忘时常派人前往招抚。
康熙十五年（1676年）六月，因郑经占据漳州、泉州等七府，耿精忠与郑经发生矛盾，加以耿军内部军饷匮乏，士兵不断逃亡，困难很大。因此，耿精忠被迫从建昌府新城等地撤兵。清军乘机于八月二十日攻占仙霞岭，进占浦城县，建宁、延平等府不日即可攻下，福建的大局已定。康熙为尽快解除“福建问题”，谕康亲王：“以时势晓谕耿精忠早降，以副朕安辑民生至意。”九月，康亲王大军收复建宁、延平等府，耿精忠无力再战，派其子耿显祚迎康亲王军队入福州。十月初四，耿精忠亲自出城迎接康亲王杰书进入福州。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率领所属官兵随大军征剿叛逆，以将功补过。此后，清军又在居乡守制之侍读学士李光地协助下，在泉州击败郑经的军队。各地叛军纷纷投诚，福建、浙江相继平定。
福建的形势对广东影响很大。原来驻守广东的平南王尚可喜，自吴三桂叛乱以来，一直忠于清朝。康熙为表示嘉奖，提高尚可喜的职权，令他节制广东一省的督抚提镇，文武官员听任其选补，并晋封尚可喜为平南亲王。至康熙十五年（1676年）初，广东形势急转直下，尚可喜染病，长子尚之信暂代理事；平南大将军尚之孝在潮州被郑经军击败，退守惠州；高州总兵祖泽清、藩属水师副将赵天元、总兵孙楷宗相继叛降三桂。在这种情况下，尚之信于二月二十一日，守其父府第，发动叛乱，接受吴三桂招讨大将军伪职，并将其父的谋士多光杀死，削夺了其弟之孝手中的兵权。两广总督金光祖与巡抚佟养钜也向吴三桂投降。康熙对广东问题有一定的思想准备。他一点也不担心尚之信的叛乱，因为他知道吴三桂不会信任他，而且其内部矛盾重重。只要顺利解决福建问题，尚之信就会投降。于是，他一面令安亲王岳乐猛攻长沙牵制吴军主力，令简亲王喇布迅速攻占吉安，既保岳乐后路，又可进剿广东，另一方面，对福建的耿精忠加紧招抚。十月，尚可喜去世。广东地方官员站在清廷一边，对尚之信的叛乱进行了坚决抵制。同月，福建耿精忠降清。而吴三桂对尚之信极不信任，虽封以亲王伪号，但又命总督董建民、巡抚冯璠加以牵制。在这种形势下，尚之信向简亲王喇布请降。喇布奏闻，康熙于十二月九日降旨免其罪，令其“相机剿贼，立功自效”。同时，命莽依图为镇南将军，率兵进入广东接受尚之信的投降。十六年（1677年）四月二十九日，莽依图到达韶州，尚之信于五月初四率省城文武官员及兵民等剃发投降。康熙命尚之信袭封平南亲王，下属将领都官复原职。同时，康亲王杰书派遣将军喇哈达、都统赖塔从福建率兵进至潮州。原潮州总兵官刘进忠、原高雷总兵官祖泽清等人也先后投诚。原两广总督金光祖发动士兵生擒董重民等，然后他向清廷上疏请求投诚，广东全部平定。康熙令将被捉住的吴三桂的伪总督董重民及其他官员，解至京师，一律释放。他对大学士等说：叛乱之罪在吴三桂，“与胁从之人无涉”“彼所部人员，如能悔罪投诚，概行宽免”。因此，“将董重民免死释放，一同押解来京的罪人，亦俱宽释”，并交与兵部，以作相应安排。
康熙十五年（1676年）五月至十六年（1677年）五月，康熙帝运用“剿抚并用”的政策在战场上取得了重大的胜利。陕西、福建、广东都相继收复，清廷从与敌相持状态开始转入反攻阶段。虽然仍有不少困难，但胜利即将到来了。
康熙十五年（1676年）九月，康熙赏给广西提督马雄之子马承先、马承霄游击头衔，命他们到广西“招抚马雄”。次年初，康熙获悉孙延龄妻孔四贞仍然时刻怀念太皇太后的养育之恩，有意归降朝廷时，又派督捕理事官麻勒吉到简亲王军中，专门负责广西招抚事宜。但广西情况复杂，孙延龄与孔四贞及马雄之间均不和，与吴三桂也有一定矛盾。彼此戒备，都无力左右全局。至康熙十六年（1677年）冬，吴三桂见湖南形势吃紧，派其孙吴世琮及悍将马宝进兵桂林，诱杀孙延龄以巩固后方。康熙得知孙延龄被杀、马雄病死的消息后，下诏招抚他们的部众，令麻勒吉等：“仍同简亲王军偕行，以朕赦罪免死之意概行晓示。其被胁从贼之人，有悔罪投诚者，即行招抚。”在康熙的指示下，麻勒吉成功地招抚孙延龄部将刘彦明、徐洪镇、徐上远、线国安之子线成仁、马雄之子马承荫等，为广西的平定奠定了基础。
康熙十六年（1677年）六月十六日，康熙下令敕谕各省王、贝勒、大将军、将军、总督、巡抚、提督等，在湖南、四川、云南、贵州等省全面推行“剿抚并行”的策略。其中进一步具体申明招抚政策：“今特颁敕谕，概示招徕。凡吴三桂叛军中的文武官员兵民人等，悔改投诚一律不加追究，并给他们以恩赏。或有擒杀贼首，投献军前，及以城池兵马来归者，仍论功优叙，尔等即宣布晓谕，以体现联宽仁矜全之意。”此后，每当战事进展到关键时刻，康熙帝都发布招降敕书，由专门从事招抚的人员掌管，随时发送。
随着形势的发展，剿抚并用策略在内容上发生了新的变化。首先，对投诚官兵的安排上有了变化。初为优升职级，以原班人马投入战斗；后随着投降的人数的增多，以及战事的减少，一般尽量避免聚集一处，投降的士兵有的归乡为农，有的则被编入绿营兵。其官员则必须进京陛见，或者对其提拔任用，或者让其补缺候用。另外，后期招降的对象也发生了变化。后期集中在吴三桂手下胡国柱、夏国相、马国贵、吴应麟、郭壮图、马宝等人身上，他们是吴三桂的骨干分子。这些人是吴三桂的党羽，不是被胁从者，因而康熙帝专门降敕，让他们当中的投诚者返回南方，一为保护家小，二来可作内应。其实是招抚计与反间计相结合，使叛贼间相互怀疑，扩大他们间的矛盾，以便各个击破。再次，对降而复叛者从严处理。如：广东高州总兵官祖泽清降后又于十七年（1678年）三月复叛。康熙谕兵部：“祖泽清父子兄弟向受国家恩养甚厚，以前叛变，以为他是被胁从，不得已而从贼，及既降复叛，他甘心依附贼人由此可知。罪情重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，尔部即密谕各部大将军、将军、督抚提镇等遵行。”八月，官兵大肆搜捕，将祖泽清及其子良擒获。次年二月，“俱凌迟处死，诸子、家口籍没入官”。根据具体情况，灵活运用剿抚并用策略，表明了康熙的高度原则精神和求实态度。由于他亲自布置与指挥平叛战争，能及时地把握敌情，又极为勤勉，从失误中吸取教训，从成功中总结经验，所以清王朝在康熙帝的指挥下正在迈向平叛成功之路。
平定湖南
康熙认定，平叛战争中的最主要敌人是吴三桂，湖南是主要战场。他曾说其他战场报捷“朕不为喜”“吴三桂乃贼渠，惟破岳州、澧州方可喜耳”。因此，自战争爆发以来，康熙帝一直把主要精力投入湖南战场。
康熙始终在思考如何夺回湖南这一问题。为此他确定了一项新的作战方案，以迂回包围的策略代替在湖南战场发动正面进攻的方法。康熙认为，吴三桂长期占据岳、澧等地，主要军粮来自于长沙、衡州，只有攻下长沙，断绝吴三桂叛军的粮道，才能最终打败吴三桂。他在给岳乐的谕旨中指出了攻取长沙的重要意义：“一以断贼饷道；一以分贼兵势；一以扼广西咽喉；一以固江西门户。”而且，由于陕西发生叛乱，“川贼必通杨来嘉、洪福二贼，窥我郧襄，扰我南邓，侵我荆州后路，揆其大势，进兵湖南，断不容缓”。因此，康熙于十四年（1675年）正月二十九日命岳乐“将江西要地速行整理，稍有就绪进兵湖南”。同年九月，湖广总督蔡毓荣也提出与此相同的一套作战方案，他上疏说：“若楚省大兵由荆、岳各路前进，而江西我军亦由袁州诸路会期进攻，使贼三面受敌，首尾不能相顾，则我兵之势合而贼兵之势分，一举而战功立奏也。”而这时康熙帝的作战谕旨早已发下，且详细得多。
正如康熙所料，吴三桂企图利用王辅臣在陕西的动作，举兵进攻荆州、襄阳等地。他在长沙、醴陵、萍乡等地驻守七万大军，以挡岳乐江西之师；又分兵七万守岳、澧诸水口，扼荆、岳大兵咽喉，以抗拒江北之师；又暗地里派出兵马占据彝陵（湖北宜昌）东北之镇荆山，纠王会、杨来嘉、洪福等袭击谷城、郧城、均州、南漳，以逼襄阳，并企图与西北的叛军相会。而他亲赴荆州上游之松滋，居中调度。康熙四处调兵，坚守荆襄，并命简亲王喇布带兵进驻江西，急命岳乐从江西进兵湖南。岳乐于康熙十五年（1676年）二月攻占袁州后，又收复萍乡县，开始向湖南发起进攻。至此，康熙已将六名大将军中的三名投入湖南战场。吴三桂明白此情，急忙调集18名将军、10余万兵力，死守长沙。康熙料到吴三桂将亲援长沙，而这样就会减少他在岳、澧等地的力量，所以曾命荆、岳大将军王、贝勒等“饬勒兵马，时加侦探，乘机进剿”。然而，尚善与勒尔锦分别于三月初九和三月十八日渡江之后，进展非常缓慢。勒尔锦于三月二十九日再次进攻太平街又告失败，便“退兵荆州”。因而使康熙皇帝失去一次收复失地的大好时机，迂回包围计划一时未能实现。康熙事后惋惜地说：“若大兵数路并进，吴逆断无如许伪将贼兵随处备设壕桩，以与大兵相抗，其灭亡可翘足而待矣。”
诸王贝勒踟蹰不前，丧失了稍纵即逝的战机，严重影响了对湖南的收复。为了改变这种被动局面，康熙在平定王辅臣之后，破例任命署前锋统领穆占为实授都统，佩征南将军印，出征湖南。穆占，满洲正黄旗人，姓纳喇氏，是叶赫贝勒金台石的后代，初任侍卫兼佐领，后以功升授满洲副都统、署前锋统领。自进入陕西与叛军作战以来，每与敌战，他都是身先士卒、勇往直前。康熙帝因而对他委以重任，并从陕西、河南、荆州等地调来精兵供他驱使，其所统之兵与安亲王岳乐的大军在数量上不相上下。这是一支机动部队，无防守之责，专门担负进攻任务，“其应设镇守官兵调遣机宜，与各将军、总督、提督等议行”。康熙对穆占寄予最大希望，出征前，特召来京，面授机宜。
穆占并没有让康熙帝失望，他排除各种干扰，统率大军奋勇杀敌。康熙十六年（1677年）二月初三，穆占率兵进抵长沙外围地区，作了将近一个月的准备工作。三月初一，穆占率所部向长沙发起猛攻。前锋部队经浴血奋战，已攻到长沙城下，后续部队也进抵长沙城下，收复长沙已指日可待。恰在这时，安亲王的军队，不成队形，以武力干扰穆占军后路，不仅使穆占无法攻城，而且造成重大伤亡。吴三桂为摆脱在湖南三面被围的困境，于四月率众往衡州，派遣三万大军至湖南南部的宜章，企图向广东东昌发动攻击，并分兵侵犯江西南安州（大余），窥视两粤。康熙一面命令将军莽依图、觉罗舒恕分别守韶州（今广东韶关市）、南安，协助湖南战场；另一方面令穆占会合简亲王喇布举兵攻打衡州、永兴，“遏贼后路，如此则可减缓粤东的压力，而粤西欲降者亦可乘间来归”。穆占领命，在击败郭应辅等、收复茶陵州及攸县之后，乘胜南取郴州、桂阳，召降桂东、兴宁、宜章、临武、兰山、嘉禾、永兴等城，吴三桂进攻广东的阴谋被打破。随着平叛战争不断地取得胜利，新收复之地增多，但简亲王一再讨价还价，只防守江西咽喉的茶陵、攸县、安仁等地，不愿分派部队驻守他处。穆占不得不把自己的兵力分散于新收复之地，自己在郴州设营，以都统宜里布驻永兴。四月，敌人进攻永兴，他遣护军统领哈克三、前锋统领硕岱赴援。六月，吴三桂集中马宝、王绪、胡国柱等优势兵力强攻永兴，战斗惨烈异常。都统宜里布、护军统领哈克山等战死，前锋统领硕岱率兵入城死守，浴血奋战，情况十分危急。康熙帝为此忧虑不安，“现于词色”。直到敌人得知吴三桂的死讯而撤去，战局才转危为安。
简亲王和穆占均不敢丢下驻地驰援永兴，事后双方相互指责。康熙则居中调解，劝他们“彼此和衷”，并对永兴失利一事进行了总结，指出：敌人大举进攻永兴，“有必死之形”，清军“兵势太分，以致失利”。他进一步概括说：“凡摧寇破城，必审量己力，可击则击之，如贼众我寡，即宜调集诸路合为一军，壮其声势，以图攻剿。倘株守新复城池，以已经驻镇，惮于旋师，迟留疑畏，于大事殊无所济。”七月初二，康熙再次重申了集中兵力作战的重要性，说：“满兵之势贵聚，聚则处处攻战始克不利”“满兵关系重大，利战则战，利守则守，宜合全力以破贼众。若将所复贼弃之空城固执分守，似乎不可”。对于穆占的内疚心情，康熙帝极为了解，并鼓励他：不要因为永兴失利“冒昧妄动”，要“鼓舞人心，振扬军威，以图克济”。如果破贼成功，“前罪自当涣释”。
康熙重视广西的郁林、湖南的郴州、永兴等地，他说“今赖皇天之眷佑，祖宗之威福，群臣尽力，将士用命，前后恢复闽海、两粤，以至湖南岳阳诸处，擒斩巨魁殆尽，望风归正不可胜数，剩余之敌势如破竹，解吾民之倒悬，行有日矣”。于是，他令各路大将军、王、贝勒等：“剿抚兼施，贼有悔过投诚者，免罪叙述录用，将此恩意，概行晓谕。”正、二月间，湖南战场上出现了节节胜利的大好形势。吴三桂在长沙的部队偷偷地逃掉了，岳乐立即率部入城，并乘胜南下，恢复湘潭。察尼指挥大军进攻湘阴，湖广提督桑峨、固山贝子彰泰攻占华容、石首二县。勒尔锦派兵渡江，收复宜都、澧州、常德府等地。简亲王喇布派前锋统领希佛乘夜袭取了衡州，随后又攻占了耒阳。吴三桂的手下纷纷率众投降。
湖南既已恢复，康熙着手进兵四川、云南、贵州。他对各路大军的方位与任务作了重新部署。命勒尔锦回驻荆州，调度荆、岳、彝陵（宜昌）、襄阳等处军务，进兵湖北归州（秭归）、巴东等地，扑灭山贼，收复兴安，以配合陕西军队进占四川；察尼向辰州、沅州方向发动攻击，调度澧州以南军务，并攻占进黔要路辰龙关；岳乐向宝庆府、武冈州一线发起攻击，攻取另一进黔门户枫木岭；喇布与穆占合兵收复永州等地，并调拨精兵每佐领三、四名，在希佛率领下奔赴将军莽依图军前，前去支援广西，以开辟新的入滇路线。岳乐进攻武冈枫木岭，因广西巡抚傅宏烈切断了敌人的粮道，进展顺利，八月，清军收复武冈。攻取辰州辰龙关之战较为激烈，康熙十九年（1680年）三月，清军方才攻克辰龙关，守关叛军逃窜，陈州伪知府、伪将军等率众投降。进军川、云、贵的条件成熟。
收复广西、四川
康熙十八年（1679年）初，岳州被清军收复，湖南大局已定，清廷便决议进攻四川。以大将军图海为首的驻陕满族将领，被上次的保宁之战吓怕了，不敢出战，汉族将领宁夏提督赵良栋勇猛有谋略，毅然要求进兵四川。他于四月上疏说：“今湖南既定，宜取汉中、兴安，规四川。臣愿精选所部步骑五千，独当一路。”康熙帝览奏大喜，命令图海等人就此疏再作商议，希望图海能出兵四川。不料图海等仍取消极拖延态度，先是强调“栈道、益门镇各口，逆贼来犯，据险为营”，不能进兵；后又借口“贼毁偏桥，无路可通，竟尔却还”。康熙对此极为气愤，他质问图海：“如此懦怯易退，何时乃得破贼？”又经一再督促，图海于八月起草一个九月初八四路进兵收复汉中、兴安的方案，亦因将领意见不一，未能贯彻执行。康熙帝面对此情此景，决定以绿旗营兵将为主，平定汉中、兴安，收复四川。
同年十月初十，康熙遣内阁学士禧佛、郎中倭黑带着皇上的敕令赴陕西，向将军张勇、王进宝、提督赵良栋、孙思克宣读皇上旨意：“各率所属绿旗兵平定汉中、兴安，恢复四川。”“尔等官兵前进，则满洲大兵，亦即相继进剿，接运粮饷，不至匮之。”龙安府（四川平武）伪总兵投降。赵良栋率绿营兵从龙安南下，于康熙十九年（1680年）正月十一日进抵成都二十里铺，伪巡抚率众迎降，成都克复。康熙奖其功，提升赵良栋为云贵总督，加兵部尚书，仍领将军。赵良栋分遣游击冶国用等收复雅州府、象岭、建昌诸卫，又向东攻占叙州，平定纳溪、永宁诸县。与此同时，王进宝于正月十三日经过激战占领了保宁府（四川阆中），敌守将王屏藩自杀，伪将军吴之茂被擒获。正月十八日，又收复顺庆府（南充市）。在赵、王胜利进军中，康熙派建威将军吴丹、将军鄂克济哈率领满兵，作王进宝、赵良栋的后续部队，“转饷源源不绝，相随而行”。汉将自成一军，仅用三个月时间就收复了四川绝大部分地区。
在四川战场上，康熙帝之所以重用绿营汉兵，实在是与满军将领不得力、无法打开局面有重大关系，并非根本改变“满汉合兵”制。因此，在进兵云贵前夕，他又按“满汉合兵”制作了军事部署。康熙十九年（1680年）二月初一，为迅速收复云贵，康熙帝重新安排四川战守，将五路进兵合为一路，命“将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋等同进取吴丹、鄂克济哈于顺承郡王军中，简精名马兵，将之前行”。在四川战场上吴丹实际上成为了主帅，赵良栋反而退居第二位，王进宝以“疾病”为理由请罢。康熙命王进宝回固原治病，由其子王用予暂时统率其部队，驻扎保宁，进剿云贵时随军前进。
康熙二十年（1681年）正月初一，在平定两广之后，赖塔从广西最西部的西隆州出发，击败何继祖，攻占石门坎隘口，恢复安隆所。二月初二在贵州西南的黄草坝，赖塔又击败詹养的两万部队，打通了进入云南的门户。二月十二日，赖塔收复云南曲靖府。十五日，从曲靖府起行，相继收复马龙州、易龙所。十六日，收复杨林城、嵩明州，进抵云南首府昆明。这条从广西出发经黄草坝的进滇路线，正巧是当年清军追赶南明永历帝所走过的道路。赖塔谨遵谕旨，取得辉煌的战功，康熙对此极为满意，曾说：“平定云南，赖塔之功最大。”继赖塔之后，一直观望不前的贝子彰泰，也率部向昆明挺进。两路大军在归化寺安营，于二月十一日大败出城作战的吴军万余人，然后进围昆明。云南、贵州的少数民族痛恨吴三桂的暴政，对康熙帝优待少数民族的政策极为欢迎，大力支援清军，协助解决军饷，推动了胜利的早日到来。康熙特嘱大将军贝子彰泰，奖励各族，“毋致有误军饷”。
在四川方面，康熙重新起用王进宝，命他“驰赴保宁，兼守汉中”，以平息谭弘父子的骚扰。并将满洲将军吴丹和鄂克济哈调离，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路；以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。康熙令其驰赴赵良栋军前“会商剿贼”，力争将吴军伪将马宝、胡国柱、夏国相等就地消灭，防其归援云南。当康熙得知胡国柱等逃遁消息之后，于三日二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等：“于接到命令之日起，即各统官兵速行蹑击，勿令得援云南。”赵良栋从三月起“追剿胡国柱于观音崖”，五月，收复泸州、叙州（宜宾市）、永宁（叙永）。七月，攻占西昌，乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱一路逃窜，在无路可逃的情况下自杀。马宝逃至姚安，向清军投降。夏国相逃至广南，也因无路可逃而投降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵进抵昆明。至此，广西、贵州、四川三路进滇之势已成。
平定云南
十月初八，彰泰等遵照康熙帝的指示进抵昆明城下驻扎下来，随后开始了全力攻城。二十日，会议令赵良栋破南坝之贼，取双塔。赵良栋于二十二日夜指挥军队，亲冒矢石，攻占南坝，夺取玉皇阁，进逼新桥。敌人死守新桥。赵良栋伏马兵于南坝两岸，分步兵为三队，营壕墙外，持大刀督阵。二十五日夜二鼓，攻桥，双方展开了殊死搏斗。伪国公郭壮图亲搏战，三进壕墙，而清军伏兵也三次冲出击杀敌人，贼败走，赵良栋夺桥追至三市街。贼兵见清兵猛勇，人心始乱。这时，彰泰令诸军悉进，在桂花寺大败吴军。二十八日夜，吴三桂的孙子吴世璠、郭壮图及其子郭宗汾自杀。二十九日，伪将军线昇等率众出城投降。
至此，为时八载的平叛战争胜利宣告结束。康熙帝接到捷报后，激动不已，挥笔写下《滇平》诗，以“回思几载焦劳意，此日方同万国欢”之句，抒发他长期辛劳获胜后的喜悦心情。
八年平叛战争，是清朝统治阶级内部分配权力的斗争，是中央政府与地方割据势力之间的殊死斗争。在平叛过程中，康熙帝进行了正确的指挥。为了及时了解前方情况，康熙帝特别命令兵部于原有的驿站之外，特设笔帖式驰报军情，每四百里设笔贴式一员，拔什库一名，担任汇报军情工作，有了笔帖式，清廷的前线战况及皇帝的谕旨均可在一昼夜里送达千里以外的地方，发挥了使用畜力交通的最高效能。另外，为平叛，康熙帝还提高了绿营兵的地位，提拔重用汉族人将领。如果没有汉兵参加，平定三藩是不可能的。相反，吴三桂虽然打着反清复明的旗号，但由于他与其他藩王对境内人民残酷剥削和压迫遭到人民反对。吴三桂迎清兵入关追杀永历帝早已遭到汉族人的唾弃，之后又出尔反尔，所以根本得不到任何同情，加上内部矛盾重重，军纪败坏，失败是不可避免的。
康熙平定三藩之乱，是清朝前期的重大事件。三藩平定，康熙将官吏选任大权收归中央，划一军队编制，原来各自独立的吴、耿、尚、孔等部队，除吴部调往边境驻防外，其他均编入八旗，同时于荆州、福州、广州增设八旗驻防，广西、云南派驻绿营兵。清朝中央统治的权力得以集中和加强，清王朝进一步实现了国家的统一。另外，将三藩财产没收归官，充作军饷，清除滇、粤、闽等地方积弊，为清朝整顿边区，巩固疆域创造了有利条件，并为社会经济的恢复奠定了基础。
收复台湾
施琅首次出兵台湾
康熙帝即位同年——顺治十八年（1661年）的二月至十二月，郑成功命其子郑经留守金门、厦门等地，他亲自指挥大军进攻台湾，赶走了荷兰殖民者，收复了台湾，是为中国在历史上立下不朽的功勋的人。但由于郑氏政权坚持抗清立场，遂成为清王朝的心腹大患。康熙继位以来，一直以收复台湾为己任，为此，他采取了种种措施。其策略总的来说是剿抚并用，但前后期有所不同：康熙二十年（1681年）六月以前，以抚为主；以后则以剿为主。
清对郑氏采取以抚为主策略，是由多种因素决定。首先从清朝自身看，陆军强大而水师薄弱。到顺治十八年（1661年）底，清廷依靠强悍的八旗兵和为数众多的绿营兵，统一了大陆，平定了中原，但对盘踞于海岛的郑氏则一直无能为力。顺治年间，连年征战，军费支出浩大，国家财政极为困难。大陆初步实现统一之后，迫切需要休养生息，发展水师一时还提不上日程；并且清廷不信任那些脱离郑氏集团而向清廷投诚者，所以也无意充分发挥他们的作用。清廷对郑氏的战略基点不是主动进击，而是消极防御。
顺治十七年（1660年）九月，顺治帝批准福建总督李玄泰建议，开始了迁海政策。次年六月，海澄公黄梧又献消灭郑氏集团的五条策略。其中第一、二两条即是迁界、禁海，议将“山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地，设立边界，布置防守”，以防沿海百姓与郑氏集团接触勾结；“将所有沿海船只悉行烧毁，寸板不许下。凡溪河，竖桩栅。货物不许越界，时刻佺望，违者死无赦。如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂；贼人马众多，如果没有充足的粮草供应，其势力自然会瓦解。此所谓不用战而坐看其死也”。清廷立即采纳，从七、八月开始，清廷在江、浙、闽、粤等省进行了大规模的迁界与禁海，分别下令将各省沿海居民内迁三、五十里，设界防守，不许人民越界下海。
迁界和禁海，目的在于割断郑氏与大陆之联系，使其失去接济，出现暂时的困难，但它除了使一部分人产生动摇而投降清朝外，并无太大作用，并未如黄梧所料，半年之内即可致敌人于死地。而清廷因迁界、禁海也蒙受了巨大的损失：沿海各省大片良田荒芜，国家税收减少，对外贸易停顿，百姓背井离乡。将沿海岛屿迁空，正好使郑氏船只自由出没，买通守边士兵后，他们照样可以得到所需的物资。因此，迁界禁海是清廷在不得已情况下采取的防御措施，而且未达到预期目的。
稍后，郑氏内部出现矛盾，为清廷推行剿抚策略提供了有利的机会。康熙元年（1662年）五月初八日，郑成功于台湾病逝。台湾事务暂由其弟郑世袭管理，郑世袭因受人挑拔，想掌握整个郑氏集团。而郑成功死后，其子郑经即在厦门即承父位，从此叔侄二人势同水火，诸将互相猜疑，人心动摇。清福建总督李率泰、靖南王耿继茂乘机于七、八月间遣效用总兵林忠等前往厦门，致书郑经，对其进行招抚，这是清廷对郑经的第一次招抚。郑经本无和谈诚意，只因其退路台湾已被其叔占据，如果断然拒绝清朝和议，“则指日加兵，内外受困，岂不危哉？不如暂借招抚为由，苟延岁月，俟余整旅东平，再作区处”。于是他假意与清谈判，并上缴明朝敕命、公伯爵印及所缴获的清朝各州县印和海上军民土地清册，以换取清朝信任。次年五月，在内部矛盾平息后，郑经“请如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”，拒绝招抚，和谈因而失败。康熙二年（1663年）十月，清军攻克厦门、金门，郑经退守铜山。清廷于是又派人去招抚郑经，郑经仍要求按照朝鲜藩国待遇，甚至表示：“若欲削发登岸，虽死不允。”
清廷并未因郑经对招抚的拒绝而动摇其政策。康熙二年（1663年）六月，郑经用计杀害支持郑世袭的郑泰，郑泰之弟建平侯郑鸣骏于是带领郑泰子永胜伯郑绪昌及大小文武官四百余员、船三百余号、众万余人，从金门驶入泉州港投降清朝。十月，清兵三路攻厦门、金门，开始时郑军获胜，但很快被击败。尽管泉州一路击杀了清军提督马得功，但因郑经派去防守高崎陆路的将领陈秘密降清，使清海澄公黄梧、水师提督施琅得以从海澄顺利攻占厦门，郑经只得退守铜山。铜山郑军在清廷的招抚政策下土崩瓦解了，“各镇纷纷离叛，日报无宁晷”。康熙三年（1664年）三月初六，清兵进攻铜山之前，有“伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款”。在三月十四日，又有“伪永安侯黄廷、伪都督余宽等，率伪官兵并家属人等三万二千四百余名出降”，郑经仅率数十只战船，乘风逃到台湾，他安排断后的两员大将周敛武、黄廷也向清廷投降了。至此，郑氏沿海据点被清廷一一拔除。据管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱于康熙三年（1664年）七月疏报：“自康熙元年至三年（1662至1664年）止，合计投诚文武官三千九百八十五员，食粮兵四万九百六十二名，归农官弁兵民六万四千二百三十名口，眷属人役六万三千余名口，大小船九百余只。”此后，从台湾、澎湖两地逃奔大陆的不计其数。如：康熙三年（1664年）十月，台湾商人兰英“带货物投诚”；康熙四年（1665年）十月，台湾伪左都督朱英自澎湖率众投诚；康熙五年（1666年）七月，台湾“伪都督李顺自澎湖来到浙江洋面，率伪官兵船进关投诚”。
对台湾投诚来的官兵，清廷给他们作了适当的安置，同来其余大小文武官亦分别授职。封周全斌承恩伯，黄廷慕恩伯，朱英被任命左都督；授其下属都督佥事翁贵等四人、总兵陈琦等三人并为都督佥事，其副将、参将、游击等，均仍任原职，“并给全俸，赏赉有差”。有的降者仍在前线领兵作战。如康熙五年（1666年）十一月，向清廷投降的杨富被任命为浙江水师右路总兵官。投诚武官中有人适合并愿为文职，康熙应允兵部题请，并令地方督抚察明之后具题斟酌使用。郑氏亲族来降者，予以优待。郑成功亲弟左都督郑世袭降后，不仅授予精奇尼哈番世职，给全俸，而且还将郑芝龙已被没收的田产发还给他。
对于台湾问题，由于荷兰殖民者的贪婪与野心，清王朝决定自己去解决它。荷兰人自被郑成功从台湾驱逐后，并不甘心失败，欲借郑成功逝世、郑氏内部混乱之际与清廷联合夺取台湾，并取得与中国“自由贸易”特权。为达到此目的，在康熙元年、二年（1662、1663年），荷兰殖民者一再派遣舰队，打着“支援大清国”的旗帜，抵达福建沿海。恰值清、郑第一次和谈破裂，清廷便想借助荷兰海军的力量，消灭郑氏沿海据点，于康熙二年（1663年）十月清、荷组成联军，进攻厦门、金门。金、厦战后，清、荷双方产生严重分歧。清廷招抚铜山，同时也准备武力攻取，“邀荷兰船助剿”；荷兰人拒绝助剿铜山，主张立即进取台湾，企图将台湾据为己有，荷兰殖民者的狼子野心此时暴露了出来。靖南王耿继茂在奏疏中提醒说：“外夷禀性贪利，察其来意，一则欲取台湾，二则以图通商。”因此，清廷赏赐给荷兰人缎匹、银两，并准其定期来华贸易，以此作为对其助攻金、厦的回报。但是，康熙对荷兰时刻保持警惕，当其推托不前时，便断然下令：规取厦门、金门，迅速扫平海寇，“不必专候荷兰舟师”。荷兰人见目的难以达到，便丧失了联合攻台的兴趣。从此，清、荷双方未再进行合作。
康熙三年（1664年）七月，清廷收复铜山，欲乘胜一举收复台湾，于是任命福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副将，以左都督林顺、何义等为佐，命他们“统领水师，前往征剿”，并告诫部下说：“凡事会议酌行，勿谓自知，罔听众言。”施琅，福建晋江人，原为明总兵郑芝龙部下左冲锋，顺治三年（1646年）十一月，随郑芝龙降清，参与平定广东之役。因他拒绝抗清，其父大宣，弟显及子一、侄一皆被郑成功戕害。康熙元年（1662年），施琅升任福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力消灭郑氏，攻取台湾。这次清廷第一次出兵台湾，主要将领均由郑氏集团投诚的人充任，并无荷兰人参加，这是一个突破。康熙三年（1664年）十一月、四年（1665年）三月和四月，施琅、周全斌等三次进攻，都因遭台风袭击而被迫中途返回。据档案记载，当时经过多方核实，确实遭遇台风。但实际上这次进兵受挫，主要并非由于天灾，而在人事。因为这些将领都有着丰富的海上经验，如果他们之间以及他们与清政府之间确实能精诚合作，台风是完全可以避开的。后来施琅提到这次征台失败原因时，主要强调“人谋亦未允臧”。因为“投诚官兵，眷口多在彼处”，所以，他投石忌器，不敢太过认真；并由于他们临时凑在一起，未经选拔和训练，各部“参差不一”，号令不一；且将领无决策之权，“奉有成命，勉应击楫”。可见这几次出兵，准备是很不充分的。在武力攻取条件不成熟情况下，或求助荷兰人，允许他们占有台湾，或与郑经对话，以求和平解决，二者必居其一。对于前者康熙帝断然拒绝予以考虑，选择后者，则体现了与民休息和排除外国干涉、独立处理国事的思想。
