“人缘好，赛金宝。”蔡元培的人缘口碑甚隆，人脉极旺。他在北大主张的“兼容并包”即是明证。当时北大有共产党的陈独秀、李大钊，无政府党的李石曾、吴稚晖，复辟派的辜鸿铭，新文学派的胡适，乡村建设派的梁漱溟，以及洪宪遗孽刘师培等等，五色杂驳，活脱脱的一个大“政协”。蔡元培就是那个“独立、自由”的政协主席，说一不二的当家人。他用人的方略是不分畛域，不计资历，唯才是举。陈独秀当时寂寂无名，蔡元培与其素昧平生，只凭汤尔和之一言，便立挺陈为文科学长。而梁漱溟本是北大落榜生，蔡元培只读到梁氏《究元决疑论》，便给他印度哲学教席。刘师培落水，声名狼藉，辜鸿铭还拖着长辫子，他统统兼容。此举造就了北大学术繁荣的万千景象。
蔡元培心慈如佛，仁厚博爱。平时不忍心坐人肩抬的轿子，也不忍坐人力车；因不忍睹牲畜流血，甚而食素。蔡元培提倡“劳工神圣”，并以自己的言行诠释这种思想。1917年就任北大校长那天，他站立校门口，恭恭敬敬地给向他行礼的校役鞠躬。此后，每天出入校门他都脱帽向校役鞠躬。
1931年春，蔡元培到武大。听说陈源（陈西滢）卧病在床不能行动，蔡元培不顾足疾，步行爬珞珈山百级石阶到陈源病榻前慰问。1936年蔡元培大病初愈，在家养病。医嘱见客不超过五分钟。赵家璧持《新文学大系》请他写总序，他一口应允，三天后即交卷。
家里的佣人，蔡元培不让他们喊“老爷”，一律叫“先生”。年终岁关，即使家中捉襟见肘，也要向每个佣人“表示”一下。暮年在香港，早期北大学生姜绍谟侍奉在侧，目睹蔡元培的为人谦和，遇宴时不论男女老幼敬酒，他都举杯回敬；所敬香烟，不论优劣，他都接受。有客来请，凡遇酬应不便，他都在帖上写上“致谢”二字，再嘱属下写信道谢。北大毕业的余天民三度侍蔡元培左右，在香港时曾做他的秘书兼家庭教师，每值上课，蔡元培都在书室迎候，下课时，必送至门口，殷殷握别。余天民坚辞束脩，他总以礼还情。身边的人不注意礼貌，蔡元培耐心开导。姜君不善饮，上桌喜欢把酒杯倒扣。事后蔡元培告诫，这样不礼貌，不吃不勉强，放那里可也。他对傅斯年的任性自负或信口开河，也有非常艺术的批评；对徐志摩的“滥情”，做过真诚的告诫。
蔡元培的个人涵养极深。毛子水在悼念文章中说了一则无人提及的故事：蔡元培晚清时曾点翰林，但字写得不是上乘，类似黄山谷体。在北大时，一次钱玄同当众打趣：“蔡先生，前清考翰林，都要字写得很好的才能考中；先生的字写得这样蹩脚，怎么能够考得翰林？”蔡元培不慌不忙笑嘻嘻地回答：“我也不知道；大概因为那时正风行黄山谷字体的缘故吧！”
与此形成鲜明对比的是，他任教育总长之初，觉得前清学部的胡玉缙对孔学研究颇深，想邀胡君到教育部典礼院任职。属下承政厅官员给胡写信时沿用清朝官场用语，行文中用了两个“谕”字。“谕者，上告下”之谓也。胡玉缙读信后，向蔡元培抗议，云：“谕”字是继承前清陋习，现在民国制度虽尚未完善，而带有专制性质的字样必须禁用。况且我胡玉缙曾在前清学部任过职，前清学部与今天的教育部原无继承关系，不知从何“谕”起？颇有兴师问罪之味。蔡元培接信后深为不安，亲自写信向胡玉缙道歉。信云：“无论专制、共和，一涉官吏，便不能免俗。曰‘谕’曰‘派’，皆弟所蹙然不安者。”胡玉缙被蔡元培的谦谦君子之风和殷殷诚意感动，欣然到教育部任职。
