翰林院自出现便与科举有着千丝万缕的联系，而发轫于隋唐时期的科举制度，是教育制度和选举制度相结合的产物。其核心是通过考试以选拔官员，以制度的形式保障并促进社会成员规范化地垂直流动。此制尽管存在种种欠缺与不足，而在当时社会条件下，却不失为一项较为公正的选材制度。它在很大程度上打破了用人制度上的血缘、地缘局限，确立了以文化为本位的标准，成为与社会上根深蒂固的官本位、金本位并行的另一标准。科举制度给无数栖身社会下层的民间士子带来了出头的希望，为其扶摇直上提供了可靠的阶梯。诸多寒士终日苦读，以期博得金榜题名。历代王朝统治者则藉此网罗到大批知识精英，既提高了统治效能，巩固了统治，也消弭了民间可能孕育的躁动与不满，在延长王朝寿命，缓解统治危机等方面发挥过重要作用。
在科举制的发展过程中，翰林院逐渐成为文化层次最高的官僚机构。自唐代创翰林学士草诏并应奉文字之责后，靠科举而晋身者的比例逐渐增加。宋代，科举制度与翰林院制度接轨。至明代，翰林院成为外朝官署，并规定一甲进士三人直接入翰林之制，状元授修撰（从六品），榜眼、探花授编修（正七品）；还创立庶吉士制度。所谓庶吉士，就是在新科进士中再行选拔，以《尚书·立政》篇中所云“庶常吉士”之简称名之，在院学习三年后再试，合格者留院，称留馆，余者外委为他官。但因曾就学于翰林院，世人对不能留馆之庶吉士也以翰林视之。自此，“非进士不入翰林”。而自明太祖废丞相之后，成祖设内阁，置大学士，与丞相相类。大学士均出自翰林，“非翰林不入内阁”。翰林院成为培育高级文官的摇篮和涵养高层次学者的场所。
清代科举，沿袭一甲进士直入翰林之成法，二三甲进士则通过考选庶吉士才得入翰林，称为朝考。名义上由皇帝亲自主持，合格者由皇帝亲笔勾定，称“钦点翰林”。为了防止冒滥现象，还在会试与殿试间增设复试，复试合格者方准参加殿试。另外，对已经跻身翰林者，创立大考制度加以监督和激励。制度之严格、措施之细密可知一斑。为笼络汉族知识分子，清廷仿宋朝故事，实行制科征士，大批汉族士人被罗致入彀，直接进入翰林院，以成士林佳话，影响并吸引知识分子，收到了事半功倍的效果。
前人阐述明清科举制度，多囿于成说，只谈秀才、举人、进士三级结构，以考中进士为科举制度的终结；而考察教育制度者，则从府、州、县学直至国子监，以及清代出现的八旗官学、宗学、觉罗学，就以为概括了所有的教育机构。两者于不经意间，都把翰林院制度中的庶吉士培养制度摒弃于视野之外。其实，明清两代特别是清代，由进士馆选而庶常，庶常而留馆，加之清朝特创的翰林大考、考差，无不是科举制度的延伸和发展，悄然又于三级结构之上又多出一个层次——翰林。所以笔者依此提出了明清科举制度为四级人才结构的新见解，并日益得到学界的认可与采纳。了解翰林院制度和翰林群体，不仅可以加深对历史上科举考试制度的了解和认识，同时对全面了解中国的传统教育制度和体系也具有启迪意义。
由于长期施行科举制度，中国历史上形成了不少学术世家。而翰林院制度的完善，使学术世家无论从层次还是规模，都比以前任何朝代有过之而无不及，出现了大量“翰林世家”。清代最盛之翰林世家乃六世翰林之安徽桐城张氏。自康熙朝张英始，至来孙聪贤，共6代12人得入翰林，且代无间断，诚为空前绝后之盛事。从时间方面考察，以张英得馆选之康熙六年（1667年）始，至聪贤得馆选之嘉庆十年（1805年）止，该家族绵延于翰林近一百四十年，足见其家风崇文重教之盛。此外，五世、四世、三世、两世翰林之家更多，成为士林一道特殊风景。
