毛泽东的反应是躲到上海去。他和江青在当地有很好的政治关系，而且对他在当地的活动，远在北京的那些领导人也比较难以掌握。一到上海，他就把攻击的矛头对准吴晗。
毛泽东一到上海，就在上海的主要大报上推出一篇文章，猛烈攻击吴晗和他的剧本，并把那个剧本形容成是“毒草”（这是1957反右派运动的用语）。这篇文章是以姚文元的名义发表的。姚是上海的文艺评论家，以文章毒辣见称。林彪立即指示《解放军》报转载这篇文章。这就让在京的党中央负责人面临抉择：是公然对抗党的主席的主张，还是向他屈服。
由于邓小平当时正好出外视察，处理这个问题的责任就落在邓小平在书记处的副手彭真身上。彭真有意妥协，于是安排在《人民日报》学术版和《北京日报》上刊登这篇文章，并且加上编者注，说明这篇文章只是对当时的学术问题进行讨论。
毛泽东的反应是把彭真召到上海。在上海，他很严厉地告诉他，他认为吴晗剧本中的英雄和反面人物就是影射彭德怀和他本人。所以，他现在就要对吴晗发动公开地批判。
但彭真并没有被吓住。回到北京后，他召集“文化革命小组”开会，拟定了《关于当前学术讨论的汇报提纲》。这篇《汇报提纲》提出，“要以理服人，不要像学阀一样的武断和以势压人”，并且再次重申彭真在秋季会议上当面反驳毛泽东的那句话，“在真理面前，每个人都是平等的”。《汇报提纲》在刘少奇召开的当时在北京的政治局常委出席的一次会议上，讨论并获得通过。然后作为中央委员会的文件，下发给全体党员。
在这个过程究竟发生了什么，迄今仍然是个谜。在这篇《汇报提纲》下发之前，邓小平和其他人曾经当面向毛泽东请示。他可能含含糊糊表示了一点意见。因为他知道，假如没有他的明确表态，《汇报提纲》就被下发出去，那么他将占据非常强有力的地位。或许邓和其他人想对他进行挑战，认为即使最后摊牌，政治局常委的大多数人都会支持刘的决定。或许，双方都在瞒着对方。
不管真相如何，在接下来的几次对抗中，获得胜利的还是毛泽东。最晚在3月中旬，他就决定彭必须辞职，为此，他派康生到北京传达他的指示，要对彭进行批判。4月2日，留在北京的周恩来（刘少奇在国外）用电话或电报告诉毛，他同意康生传达的毛的指示。几天以后，彭发现他自己在书记处的会议上处于被批判的地位。会议由邓小平主持，周恩来、康生和陈伯达也出席了。第一回合胜利后，毛在杭州召开了一次政治局常委会议，会议决定罢免彭真。
接着，在北京召开的政治局扩大会议也采取了行动。会议由出访归来的刘少奇主持。刘或许是不愿意阻止，或是无力阻止康生按照从毛那里得到的另一套指示采取的行动。5月16日，会议批准了一个党内《通知》，其内容完全符合毛的所有要求。该《通知》对彭的《汇报提纲》进行了批判，也对彭进行了指责，并解散了他所领导的文革小组，取而代之的是在中央委员会（不是书记处）之下成立的一个由18人组成的文革小组，《通知》提出要“批判混进党里、政府里、军队里和文化领域的各界里的资产阶级代表人物，清洗这些人，有些则要调动他们的职务”。
