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曾经赞同“大跃进”，而且以“中国能够后来居上”来论证其合理性的杜润生陷入迷惘。为什么良好的愿望反而结出了恶果？作为旁观者，杜润生不断反思，向实践和历史寻找答案。
为了维系身家性命，中国农民偷偷地扩大自留地，“在那一时期，给我印象最深刻的是自留地的增产效应。农民告诉我：用自留地的办法，保管不愁粮食吃”。当时杜润生不知道，农民还搞了包产到户。这些求生之举屡次遭到政治权力的打压，包产到户更是“三起三落”，无数的人们因此遭受迫害。
在“文化大革命”中，“靠边站”的杜润生还向马克思的经典著作寻找答案。他认识到，土地改革之后，拥有小块土地的农民应该有一个自由发展的机会，“如果跳过这个阶段，靠充公农民的土地财产去形成‘联合体’，没有生产力条件和文化条件的支持，经济贫困、组织封闭，则难以生长主体意识和民主意识，难以摆脱依附与被依附的关系。另一方面，被依附的队长、社长也容易变成特殊于群众利益的权力垄断者”。
1972年的冬天，曾公开肯定包产到户、被杜润生称为“中国农村变革的先驱和开拓者”的邓子恢凄然离世。杜润生则幸运地熬过了“文革”岁月，在1979年重新回到了离开24年的农村工作部门。
此时的中国正处于变革的前夜。就在前一年的深秋，淮河边上的安徽凤阳县小岗村的18户农民按下了手印，冒着坐牢的风险搞起了“包产到户”。当时，全国人均占有的粮食只相当于1957年的水平，农民平均年收入只有70多元，有近四分之一的生产队社员年收入在50元以下，有的地方甚至不能维持简单再生产。
尽管包产到户能够提高生产力是一个显见的事实，但是党内总有人认为它不符合社会主义公有制形式。对此，杜润生说：“我国建国后在农村推行的农业集体化、人民公社，实践的结果引起人为饥荒。而公有土地家庭承包制在短短几年就解决了人民的吃饭问题，孰优孰劣，不是一目了然吗？为什么总让僵化的教条像梦魇一样纠缠自己的头脑呢？”
制度经济学家诺斯曾经指出，一旦路径被锁定，除非经过大的社会震荡，就很难退出。已经被锁定的中国土地制度在官方看来已经成为天经地义，即使包产到户这种在集体经济之内的“制度修改”也成为不可触及的政治禁忌。20世纪70年代末80年代初的局面就像是一场拔河比赛，“一边是千军万马的农民，一边是干部”。
身为中共中央农村政策研究室主任、国务院农村发展研究中心主任的杜润生，既熟悉农村工作，也熟知党内规则；既可以沟通田野，也可以说服上层。这些合金般的品格组合使他拥有无与伦比的说服力、感召力和协调力，因此成为20世纪80年代制定中国农村改革政策最有影响的核心人物之一。他创造性地提出“家庭承包经营责任制”这一概念，实现了包产到户的合法化。
有一个历史细节值得回味。杜润生主持起草了关于农村工作的连续五个中央“一号文件”，文件中多有“家庭联产承包责任制”、“双层经营”等令人费解的名词，一位年轻人对此颇为不解，杜润生告诉他：“小青年啊，不知道厉害，不说‘双层经营’这句话，是要掉脑袋的。”
经济学家舒尔茨有一句名言：一旦有了投资机会和有效的鼓励，农民将把黄沙变成黄金。从1982年连续三年出现了粮食的超速增长，农民收入也有了大幅增长，终于过上了温饱有余的生活。
农民也开始拥有了自己的财产权利。随着农业劳动生产率的提高，农村剩余劳动力不断转移到城市非农产业就业，从这时起，中国农民才挤进了国家现代化的门槛。农村改革的成功，既为全国改革提供了经验，也提供了改革的物质基础。在这个意义上，农村改革是中国改革的真正起点。
