陆荣廷把主要精力放在协同广东代都督陈炯明一起平定原广西会党首领、同盟会员，宣称要打回广西夺都督之位的王和顺等人非法组织的“扶正同盟会”在广西的活动。所谓的“扶正同盟会”为达到推翻现有两广都督之目的，滑稽地拥立孙中山的胞兄孙眉为领袖，后来就连孙眉也不得不宣布：“近有不肖之徒，私立扶正同盟会，冒用鄙人名字，煽惑愚民，妄希第二次革命，似此不法行为，鄙人并未与闻，亦断不承。”
当时民军成分复杂，组织涣散，纪律废弛，有的与匪无异，因此各省民军相继被下令解散。王和顺等人组织令人啼笑皆非的“扶正同盟会”无非是为了夺权，其统率的民军最后被广东都督陈炯明派兵包围缴械，至此王和顺欲回广西夺都督之位的企图彻底失败。
既得到孙中山明示并承认，此前稳定全省秩序的举措并无不当，陆荣廷把“唯乱是仇”当成准绳，无论是谁，无论何党何派，破坏稳定，有血债者必惩。这一手令人信服，所巡之处无不平定。此前，曾被陆委为军政府交通部员，后任怀集县知事的同盟会员罗佩珩，却乘着调任怀集县知事之际，不待请示擅自处死县议会副议长等4人。县议会是全县的民意机构，无论出于何种动机，县议会副议长都不能不经请示擅杀。此事如不处理，如果谁自居有功，都行擅杀，全省还不大乱？尽管罗佩珩是同盟会员，但陆荣廷也只能铁面无私，将其押解到南宁枪决。民军首领周绍梅在藤县起事，被省军所俘，陆荣廷下令宽大释放。但周事后仍纠集党众袭击县城，开放囚犯，纠众千余人作乱，被龙觐光带兵平定。周本人逃到广东佛山被俘，解回梧州枪决。
对于在百姓中有威望的会党首领，只要真心拥护广西新政权，陆荣廷也不惜罗致，甚至委以重任。如对民军首领李立廷的任用就非常成功。李立廷为“三点会”大头目，是1898年玉林五属起义的首领。当年他率义军十余万围攻玉林州城，玉林城周围百数十里的村庄，到处高竖红旗，大书“替天行道”、“反清复明”和“吊民伐罪”等标语；人人臂缠红布，途中相遇，互称“契弟”，统称李立廷为“大哥”。由于玉林州城久攻不下，义军被清军镇压，李立廷只身逃出海外。辛亥革命后，李立廷回到广州，与王和顺、黄明堂等广西籍会党首领领导民军。由于历史的原因，李立廷对桂南一带具有很大的号召力。1912年1月，陆荣廷诚邀李立廷返回梧州，委其为广西省水师第二军统领，令其驻防藤县蒙江圩，管辖贵县至梧州沿河治安。后，李立廷历任都督府军事顾问、梧州水上警察厅厅长等职，尽忠职守，当时在柳、郁、浔、桂四江来往的船只，再也不受沿河土匪骚扰。
