新疆军阀盛世才却又请求南京，让回到祖国的义勇军留在新疆。南京政府派了李杜的副官来宣布了义勇军要留在新疆这一不幸的消息。盛世才也是东北人，但是这个东北人对自己老乡下手毫不容情。不久，心狠手辣的盛世才以作战不利为借口秘密逮捕诛杀了14名义勇军高级军官。至此义勇军彻底群龙无首，沦为鱼肉。义勇军部队被重新编制，值得注意的一个事情是本来这些重新编制的部队，东北人占80%，待到盛世才离开新疆，东北人的比例下降到了不足20%，总人数不及5000，而退役淘汰下来的才不过2000余人。新疆并没有直接抗日战事，除了为他四处征战的损失，有上万的义勇军被盛世才秘密杀害，一说一万多人，一说两万多人。等到抗战胜利时，留在新疆的义勇军官兵有很多几经波折返回家乡，国民党政权，到了家乡却又落得衣食无着的局面。只有更少的义勇军官兵幸存到了1949年——这个乱世结束、新中国建国的时候。
他们终究是作为一个群体目睹了时代的变化，另有冯占海部义勇军一直坚持在在国境之中，1932年底撤退到了热河省。该部义勇军被编为第六十三军，以中央军眼里“杂牌”的身份，继续在困境里坚持抗日斗争。1936年取消军的番号，缩编成第九十一师转隶第五十三军。1937年全面抗战开始，冯占海率第九十一师多次立下功勋，义勇军老兵多殉国。但是这样有战绩部队却逐步被中央军分化控制，冯占海等义勇军原先军官离开了部队（该部名义上延续的九十一师的番号，作为炮灰湮没在内战的战场）。在这个中央军夺权过程里，该部曾战斗在白山黑水的义勇军老兵渐渐散佚，再不成一个完整群体了。
新疆地区除了这些义勇军，还有后来赵尚志部的一些退入苏联境内抗联战士，后来也被送往新疆和之前的义勇军官兵一起工作在天山脚下的土地上。屡经磨难后也有一些人幸存到了建国时，如赵尚志的爱将抗联第三军第一师师长蔡近葵。
在1949年10月1日，这些义勇军老人们，他们在战火硝烟里历经了沧桑，受尽了艰辛，终于和国人们一起见证了一个没有战乱的新中国的诞生。
新中国选用的国歌《义勇军进行曲》，最初是曾为义勇军战士们的英勇斗争而谱写的。当这些幸存下来的老人们，在五星红旗下听为自己创作的歌成为了这个国家的国歌时，一定又会响起自己曾经为国拼杀的经历。而在这首歌曲作为了国歌奏响时，一个新的时代也已经开启，中华民族任人欺侮的时代从此一去不会再复返。
