《埃纪》的结构，不论是全诗或每一卷，都体现了诗人的匠心。据多那图斯的传记，维吉尔在写这部史诗之前，先用散文拟了一个提纲，分成十二卷，然后随兴之所至把各部分不拘次第写成诗。为了不打断灵感，有时一段未成就把它放下，去写别段；有时在有些段落里暂时插入一些“铺垫”，以便日后更替。可以肯定在他下笔之前是先搭架子的，而架子本身恐怕也是不断调整的，以符合约翰逊所说的“诗歌建筑的规律”（the law of poetic architecture）。每卷就象一个建筑构件，与其他卷搭配照应。有的评家指出，例如卷三、卷五情调比较恬静，以缓和卷二、四、六的紧张。前半与后半每相互应，如卷七尤诺挑拨战争，与卷一尤诺命风神掀起风暴呼应；卷八写罗马未来的历史与卷二写特洛亚沦陷对照；卷十写帕拉斯之死与卷四写狄多之死呼应；卷十二图尔努斯之死与卷六预言屋大维继承入玛尔凯鲁斯之死对应。又如卷一以迦太基历史开始，第七卷也有拉丁族历史的交代；迦太基神庙内的雕刻配合拉丁姆宫中的木刻；伊利翁纽斯既是知会狄多的使节，又是知会拉提努斯王的使节。这类精心安排的情节俯拾皆是。即使在每一卷里，情节的安排也是煞费苦心的，例如卷三埃涅阿斯叙述他七年漂泊就分成三组，每组三件事：第一组的事件发生在爱琴海，第二组在希腊，第三组在意大利和西西里。每个事件代表一种情绪：特拉刻的荒凉可怕，提洛斯的温存，克里特岛上的灾疫；斯特洛法德斯岛上的妖氛，阿克提姆的罗马气氛，在布特罗屯，赫勒努斯预言前途，富有启示录的味道；敏涅尔伐堡则又预言未来的战争，最后在围绕西西里航行的安静气氛中结束全卷。
所以从结构上来讲，《埃纪》是矛盾平衡的结构。古代传说和当代历史既是两回事，又有连续性；荷马史诗的英雄和埃涅阿斯气质不同，旧的英雄模式要赋以新的内容；罗马事业的伟大、值得歌颂的罗马英雄、和平的可贵、黄金时代之在望等等，和为获得这些而付出的牺牲；神的意志和个人的意志——这首诗里交织着这些矛盾。诗人既衷心赞美，又深刻怀疑。这种矛盾心情产生了这首诗的朦胧气氛和哀婉的底调。
这些矛盾和这种情调都集中在埃涅阿斯身上。他既体现了罗马的和诗人的理想，也体现了诗人的矛盾思想。狄多和图尔努斯这两个陪衬人物是他完成他使命过程中的障碍，他们必须被排除掉。狄多必须牺牲，但诗人想到她的身世，她和埃涅阿斯同是天涯沦落人，对她又无限同情惋惜。图尔努斯英俊有为，象阿奇琉斯一样勇猛直率，也必须牺牲，因为他代表了共和时期挑起内讧、争权夺利那种英雄主义，不符合时代的需要；但在他苦苦求饶的时候，埃涅阿斯看到帕拉斯的剑带，忽然变得复仇心切、凶狠、缺乏宽恕，这时作者的同情又倒向图尔努斯，埃涅阿斯变成一个旧式的、阿奇琉斯式的英雄，诗人对他似乎就不无贬意了。当一个暴君——墨赞提乌斯看见儿子劳苏斯为救他而战死（10.849），感到失去了亲人的痛苦，诗人也对他表示同情，而且离开情节的需要加以赞颂。也许正因为诗人意识到他的诗里的这些矛盾才嘱咐他的朋友在他死后把诗稿焚毁，而不完全是因为它还需要艺术加工。
埃涅阿斯的形象一般公认是模糊的，缺乏个性，不象荷马史诗中的人物，因为维吉尔一方面把他写成一种理想的化身、民族希望的化身，另一方面他也体现了诗人思想感情的矛盾，所以我们既不能用荷马的标准，更不能用近代小说中典型人物的标准去衡量他，正如我们不能用这样的标准去衡量文艺复兴时期的史诗或弥尔顿《失乐园》中的人物一样。
