实际上，黄道周并非腐儒迂阔，他自幼学《易》，以天道为准，早知道大明朝气数已尽。他在给自己的老师袁可立所作的《节寰袁公传》中说：“智者不能谋，勇者不能断，慈者不能卫，义者不能决，赖圣人特起而后天下晏然。”他明知道当时的国事，已非当时的诸臣可为，非赖有圣人出现不可，可他为什么不退隐林下，以等待时局的变化？为什么还明知不可为而为之？
因为天下需要这种明知不可为而为之的人！东汉末年，就有这种士大夫，明知汉之气数将尽，但仍然鼎力扛持。怎么理解这种不知圜转变通的书生意气？简单说，就是当此江山更迭之际，要以士大夫的固执，增加新王朝夺取政权的难度，提高夺取政权的门槛，这种难度和对抗，能给新政权自觉地注入一种强健的文化基因。蒙元初期，以杀戮震慑，每攻占一城，见反抗者即株连屠城，到了即将横扫天下的时候，凶残的嗜杀者也觉察到，要是把这种反抗的力量全都杀尽，则将来连自己需要这种力量为自己扛持的时候，都没有人了，也没有这种士大夫的种子，所以才听从了耶律楚材等通晓汉文化的读书人的建议，招中原读书人而用之，才有了许衡“不如此则道不尊”。
况且，天下不能都是聪敏灵慧智巧之徒，若人人都谙熟圜转，人人都是不粘锅，那才不啻人间地狱——试想：倘若天下人皆以见风使舵为识时务、知变通者，则人无恒心，朝廷这艘大船，就只有哪里来风就往哪里使舵，非但不能扬帆航行，反而因总在随着众人各异的诉求随意变换航向，直到触礁沉没。
黄道周给崇祯皇帝的建议，在于竭力维护道统纲常，而此道统纲常的核心就是“孝”，作为天经地义的孝道，是诸德之本，皇帝以孝治理天下，是为固本培元，扶正本元，则“通于四海，光于海内，无所不通”。
基于此，他对杨嗣昌、温体仁等那些所谓识时务、善变通的人是很不屑的。做个比喻，杨嗣昌辈就是装修师傅、裱糊匠，能满足崇祯皇帝急于看到国家有起色的心理。而黄道周等人的这种固本培元之策，如中国古代建筑的“打牮拨正”法，即将地基塌陷、梁柱歪斜的大厦，用“打牮拨正”的方法将整个大厦的上层骨架支撑起来，再更换衰朽的梁柱椽檩，填充加固地基，最终使大厦重新复归于稳固泰然，延年益寿。黄道周的这种方案，虽不是大拆大卸、推倒重来那么令人震撼，但无疑是有巨大风险的，这对焦躁疲惫的崇祯皇帝来说，是接受不了的。
黄道周挨了八十大棍，皮开肉绽，遍体鳞伤，卧床八十多天，才能稍稍起立。读过方苞的《狱中杂记》者，可知当时狱中的规则与“潜规则”，虽朝代不同，想必情形几无差别：俗话说靠山吃山，狱卒靠犯人就吃犯人。据《黄道周年谱》载：“先生既以清苦闻天下，诸狱卒皆不敢有望，于先生惟日奉纸札丐先生书。”黄道周是有明一代杰出的书法家，其行书，人称“飞鸿舞鹤”，其楷书“峻厚古拙”，与王铎、倪元璐并列明末三大家。当时的狱卒也知道黄道周的字好，于是每天请他写字，黄道周也不推辞。“先生时时为写《孝经》，以当役钱。凡手书《孝经》一百二十本，皆以狱卒持去。”他在狱中待了约15个月，平均每月要写近10部《孝经》，不断抄写内容相同的《孝经》，据说看现存的黄道周楷书版《孝经》，无一不是恭谨不苟的作品，可以看出书写者内心的端严庄敬之情，无丝毫草率敷衍。黄道周对《孝经》非常敬重，《孝经大传序》是他重要的代表作，他曾说：“臣观《孝经》者，道德之渊源，治化之纲领也，六经之本皆出《孝经》。”
