在听政之初，她似乎也意识到女性统治者在中国历来不得人心；就连公元8世纪的武皇帝，中国历史上最伟大的女性，也被当作一个篡位者。她知道，吕后（根据史家描述，其性格与她并不相似）巩固了标志着汉代崛起的权力，只赢得后人很小的敬意。另一方面，由于研读历史是她的消遣，她也知道，过去的皇太后们往往不顾原则与先例，支配国家的最高权力，她决定效法其榜样。除掉三名主要谋逆者后，御史和各部大臣们都请她以同样的雷霆手段处置他们的帮手和教唆者，而恭亲王若非为了报复，至少也是急于采取谨慎措施对付那些于先帝在位最后几个月内对他进过谗言的人。但是，叶赫那拉氏却表现出了政治家式的克制，她在早年就懂得了得饶人处且饶人的好处，而饶人一命，意味着笼络一家人。她将怡亲王仍留于军机处的同僚革职之后，余犯一概宽大处理。例如，吏部尚书陈孚恩遭到弹劾，就是他最早劝说咸丰皇帝逃亡热河，而未采纳慈禧的忠告，而且，在皇帝死后，他在京城里的大臣中，是唯一一个被篡权的大臣们召至热河的，尽管罪证确凿，慈禧却仅仅满足于将他革职。另一位官员，一名内务府大臣，竭力为密谋者们达成目的提供帮助，借口即将发生叛乱，极力劝阻咸丰皇帝在1861年春季返京，他也被革职了。但是没有出现大规模排斥性质的事情，尽管金钱和其他方面的好处通常会诱使北京的当权派实施报复。在一道精明的上谕中，慈禧让人们明白，她希望只惩处少数人——那些主要教唆他人的罪犯。她总是有这样一个特点：目标既经稳妥地达到，便采用提高警惕的宽大政策，即适可而止。在这个事例中，她已经充分知晓，载垣及其同党如果没有得到一大批高官的同情与支持，绝无机会，也无胆量，去图谋摄政之位。但她宁愿让铁拳藏在天鹅绒手套里，除非受到公开的挑战。她不愿打击一大片，不愿将私怨和报复心诉诸武力。我们在下文中还会看到，正是她的这个特点，使她享有几乎是堂吉诃德式仁慈的美名，尤其是在京城的百姓当中。我们发现这种美誉频频被描述为“面容和善”或“慈母”，这无疑代表了她复杂个性中的某种真实的动力。因此，一旦粉碎了这场阴谋，她便满足于告诫各相关人等：“惟当各勤阙职，争自濯磨，守正不阿，毋蹈陈孚恩、黄宗汉等之恶习。”在另一道上谕中，她强调一个原则：失察之罪并不比公然行动轻许多。她严厉斥责诸王、大臣没能及时声讨密谋者，指责他们胆小怕事。她说，正是恐惧，而不是别的什么，妨碍了他们揭露真相；接下来，她用使中国人的谕旨成为一道永久盛宴的笔法之一，补充道：今后倘再有任何篡权的密谋，她希望立刻有人毫不迟疑地向她报告密谋者的行动。最重要的是，她要皇室宗亲记住那三个阴谋家的下场，引以为戒，暗示再有此类图谋，将受到更加严厉的惩罚。
垂帘听政的起始步骤之一就是确定新皇的年号。篡权的王、大臣等已选定“祺祥”二字，意思是吉兆的福祉。但叶赫那拉氏的学究品位和精妙的判断力，觉得这个年号取得蹩脚，字意重复。她要抹掉篡权者体制的一切记忆，选择了“同治”二字取而代之，意为“共同统治”，暗指两宫听政，以强调她自己在政府中的一份担当。就与皇帝本人相关的所有吉兆而言，后来的事实证明，此年号似乎未见得强过了另一个。
在将新年号诏告天下的同一天，两宫皇太后颁发一道懿旨，解释并表明极不赞成强加到她们头上的殊荣：
