一般意义上说的中日“同文”，即指日文中有大量的汉字。日本的《古语拾遗》也记载：日本“上古之事，口耳相传而已。自王仁斋论语千文来，人始识字。”黄遵宪：《日本杂事》。虽然汉字何时传入日本，学界还在探讨，但日本最初的文字来源于中国，此点无疑。甚至日本的片假名、平假名，也是“僧空海者，借汉字偏旁”而创。陈家麟：《东槎闻见录》。直到1981年，日本政府颁布《常用汉字表》，汉字仍达1945个。王锋：《论日本文字的历史发展及其书写系统的构成》，《世界民族》2002年第4期。这为中日交流确实带来了“笔端有舌，何待言语”之便。〔日〕比野辉宽：《没鼻笔语》。日本人自己也承认“日本文化是豆浆，中国文化就是使它凝成豆腐的盐卤。”日本文化源于中国。所谓“同种”，即说日本人来源于中国。《晋书·倭人传》记载，倭人“自谓太伯之后”。日本史家也有赞同此说者，江户时代的林罗山就主张日人为吴泰伯后裔。近代学人王韬曾分析：“若言日人本中产，或间有之，未必尽然也。江浙两省密迩东瀛航海，遭风至其国中，遂留不返。”日本考古学界也有人提出日本人种与中国的越人有着密切关系。关于中日“同文同种”的观点，可参阅彭雷霆：《近代中国人的日本认识（1871—1915）》，华中师范大学2008年博士论文。关于日本人种起源，可参看应骥：《日本大和民族探源》，《中南民族大学学报》2002年第2期；周蜜：《日本人种论》，吉林大学2007年博士论文。
“同文”之说，不可否认，“同种”之说，尚待考证。然而，即便是既“同文”又“同种”，也得不出中日关系容易调整的结论。“同文同种”说的是源头，自13世纪以后，日本神国意识日益浓厚，轻视他国的思想逐渐占据上风。正如日本学者所言：“原先崇拜中国，而这时（元代两次征日因遇飓风而返，日本人认为飓风乃‘神风’）产生了一种思想（日本神国意识），认为中国不足道，印度不足道，没有别的国家像日本这样高贵，以这种观念为基础形成了当时的文化独立。”可见，自元代起，中日之间在文化上已露分道扬镳之端倪。
到了近代，日本从政府到民间，开始出现一种去汉字化倾向。早在德川幕府年间，幕府将军德川庆喜首次提出在日常公私文中废弃汉字，代之以假名的提议，到了明治时期，有人主张以假名代替汉字，也有人主张以英语代替汉字。但汉字在日本沿用已久，彻底废止汉字显然不太现实，明治政府转采“汉字制限”方案。此后多次公布汉字使用量，1899年日本文部省颁布《汉字整理案》，规定常用汉字减少到2600个，1945年减少为1850个。由此观之，即便古代中日两国确实“同文”，而到了近代，在日本政府的“制限”政策下，日文已逐渐远离“汉字文化圈”。关于幕府末年和明治年间日本废止、制限汉字的争论，参见冯天瑜：《新语探源：中西日文化互动与近代汉字术语生成》，中华书局2004年版，第339—342页。
中日两国人从体型、肤色到容貌，从人种学而言，“同种”说大致不错，但到了近代，日本在民族主义视域下，有人认为承认“日本人种源于中国”，有损日本国家体面，甚至认为不利于国家独立，“谓泰伯后，是以我为附庸国也”，要求改写史书，将写入《日本通鉴》的“日本人为泰伯后裔”说从书中删去；另一本日本史书《日本政纪》对徐福东来说“亦屏而不书”，公然篡改历史。
明朝时，日本还和中国保持着朝贡关系，维持着华夷秩序，即日本视中国为“华”，视己为“夷”，“中夏为天地之中国，位于四海之中”，而日本则与朝鲜、琉球等一起被列为“九夷”。承认“中国诸事为好，本国系小国，以为万事均不及中国，且圣人亦只能出自中国。”明清易代后，日本认为中国“鞑虏横行中原，是华变夷之态也”。
