1948年后，收到北平艺术专科学校赵梅伯的邀请，江文也出任该校音乐系教授，校长徐悲鸿很赏识他的才华，他也很推崇徐悲鸿中西合璧的画风。两个人都是从学西方艺术技法开始，而又非常重视与民族艺术相结合，因而志趣相投。江文也还用自己掌握的推拿医术为徐悲鸿治疗高血压，徐悲鸿很是感激，赠送了一幅裱好的奔马图送给江文也夫妇，亲自题写：“文也兄不但神通韵律，亦熟谙中国推拿医术，为我医疗数次，体见康复。特作此画留念。”
后来认识到自己在政治上的幼稚和错误，江文也悔恨交加。出狱后，他的创作基本中断，一度被北平师范大学解职，过着排队领混合面的生活。他心灰意冷，甚至想改行做医生，在狱中结识的一位信仰天主教的朋友的影响下，他开始去教堂听圣咏散心。可能是为了生计、寻求精神寄托亦或是赎罪忏悔，他开始为宗教写圣颂之类的歌曲，致力将中国的民间音乐和古代音乐编制成风格独特的圣颂。
1950年全国高等院系调整，江文也随北平艺专音乐系并入中央音乐学院作曲系担任教授，先后在天津、北平授课。如果一切照此发展，这位名噪一时的音乐家也理应在对音乐的不懈追求中安度晚年了，经历过动荡的时局后，也应该能度过一段安定而舒畅的岁月，但是天不遂人愿。
“艺术家的良心，不是善，也不是宗教。而是忠实地表现自己的理想。”江文也是这么想的，也是这么做的。1957年，在台湾民主自治同盟的“鸣放会”上，他直率地指出：“对华侨的思想改造不能急躁，要让他们有个适应的过程，不然会起反作用……”“另外，外行不应领导内行。”这些今人看来中肯且无可非议的建议，却使江文也不久后受到批判，“反社会主义”、“对学生输灌毒素”、“卖国求荣”、“投靠美帝国主义和蒋介石反动派”成了他新的罪名。
在随后的反右扩大化和“文化大革命”中，他身心皆受打击。被抄家时，上千册藏书、几百份从国外带回来的乐谱、一千多张唱片等半生心血均被洗劫一空。自此，江文也被剥夺演奏、教学与作品发表权近20年，自己所藏多年的书稿悉数毁失，此间辛苦寒酸有几人能体味。
政治风波又一次造就了江文也的历史悲情。
