1946年6月26日，国民党军向中原解放区大举进攻。7月，胡宗南部从晋南北犯，与阎锡山部配合南北夹击，企图打通同蒲线南段，占领晋南地区。陈赓率领四纵在闻喜、夏县战役中予敌重创。9月下旬在浮山官雀战役中，四纵又获大胜，全歼胡宗南部号称“天下第一师”的整编第一旅。杨奇清参与指挥了官雀之战。他亲自深入战斗第一线，详细介绍敌情，进行战前动员，部署侦察，巧设奇阵，深得基层指战员的拥戴。
1947年，杨奇清调任中共晋冀鲁豫中央局社会部部长。他领导全区保卫干部大力开展各项工作，与国民党特务进行了惊心动魄的斗争，有力地支援了解放战争并为胜利后建立人民公安保卫机关作了必要的准备。
1948年5月，中共晋冀鲁豫中央局和中共晋察冀中央局合并为中共中央华北局。晋冀鲁豫中央局社会部和晋察冀中央局社会部也合并为华北局社会部，滕代远兼任部长，许建国、杨奇清任副部长。9月，华北局社会部召开晋察冀和晋冀鲁豫合并以来的第一次保卫工作会议。会议讨论并确定华北地区保卫工作的总方针为：健全组织，肃清匪特，巩固秩序，配合作战。要求各级保卫机关巩固农村面向城市，大力加强治安工作、侦察工作和情报工作，培训准备干部，把工作重点转向城市，向全国革命的胜利迈进。
同年10月，中国人民解放军华北野战军第一兵团围攻山西省城太原，上级决定由杨奇清出任太原市公安局局长。他立即选调了一批城工干部、保卫干部和青年学生进行短期训练，初步掌握太原敌情和社会情况后，开赴太原前线。为了检验同志们对太原敌情的熟悉程度，他在途中仔细考问这些同志有关太原各特务系统主要负责人的姓名、特征、住址和其他情况，大大提高了同志们研究分析敌情的积极性。后因平津战役拉开序幕，按中央部署，暂停进攻太原，杨奇清奉中央电令离开太原前线，仍回华北局社会部，作进入北平的准备工作。他积极参与中央社会部部长李克农召开的专门会议，同谭政文、许建国等共同筹划研究进城接管的方针、政策和具体做法。据肖彬回忆，杨奇清随部队转战南北，她带着孩子在后方工作。
无论是在国内革命战争时期，还是在抗日战争时期和解放战争时期，杨奇清一直担任我党我军保卫部门的重要领导工作。在残酷、复杂的对敌斗争中，杨奇清坚定勇敢，无私无畏，对革命抱有必胜的信念。对此，作为女儿的杨清十分自豪。
