马相伯为复旦公学校长，留美的李登辉主持校务，由学生叶仲裕、于右任、邵力子等分管学校行政，仍和震旦一样实行学生自治制度。马相伯提倡的“学术独立，思想自由”后来被写入复旦校歌之中，成为复旦人基因的一部分。此时的马相伯已经捐出自己的全部财产，办复旦的资金需要他和学生们到处筹集，66岁的马相伯终于不再被国人怀疑他的爱国之情。
在接下来的33年里，他参与了另一所著名学府—辅仁大学的筹建。应蔡元培之请，他临时担任过北大校长，还通过一系列的公众演讲和文章担当起了中国社会的良心。
和复旦相比，震旦其实更像马相伯心目中的理想大学即Academy。后来，马相伯离开了复旦，仅仅享有创办人的荣誉，但他从未放弃在中国建立一所理想大学的心愿。
1912年对马相伯来说有两件事值得一记：一是他出任临时首都南京的第一任市长，他本人记忆最深的是“和几百个鸡毛帚周旋”。因为那时的革命军将领的军帽上都插着一根白色翎毛，故马相伯对他们有此戏称。他们互相争功，马相伯只好在其中斡旋。二是他北上北京，联合章太炎、严复、梁启超倡议建立效仿法兰西科学院的“函夏考文苑”。“函夏”指全中国，“考文苑”即马相伯对Academy一词的翻译，指最高层次的学术组织，他认为考文苑有责任促进整个国家的文化和伦理道德的振兴和改造，正是他“内之以修立国民之资格，外以栽成有用之人才”的教育思想的体现。遗憾的是，在那样的时代，这个理念太超前，“函夏考文苑”计划还未真正推行就胎死腹中。
1913年，马相伯与英敛之（英华、英若诚之父）在北京成立辅仁社。之前他们曾联名向教皇上书倡议在北京建一所天主教大学。1925年辅仁大学成立。马相伯参与其事，贡献良多，英敛之请马相伯北上出任辅仁校长一职，被他婉拒。与震旦和复旦不同，辅仁并不是他一手创建的教育事业。从严格意义上说，他的教育家生涯在辅仁之前就结束了。之后，我们看到的是一个活跃的救国领袖、一个爱国老人。
爱国老人
民国初年，在共和运动之中，被耶稣会士培养出的希腊西塞罗演讲术让马相伯赢得“中国第一演说家”的盛誉。他来源于教会的自由平等博爱思想也为大批精英分子所推崇。
1918年，马相伯发表了一篇名为《民国民照心镜》的文章，提出在辛亥革命以前的中国是专制的，那个时候的爱国就等于忠君。他说，现在我们共和了，每个国民都是自己的主人，作为一个民国之民，每个人都应该有民国人民的觉悟，要把自己当主人翁。马相伯的这番论点在20世纪初也并非主流，彼时十月革命成功，世界格局大风大浪，中国即将迎来五四运动，各种激进思潮荡涤着青年人的思想。这让“反躬自省，每个人都为自己负上责任的观点”过于实在和平淡。
在当时宁愿相信领袖号召，大众呼声忽略自由意志的中国，马相伯是不合时宜的。难怪他晚年常说一句话：“我是一条狗，叫了一百年，也没有把中国叫醒。”他的很多观念，在当时看起来相当的激进，甚至当今有些人还不能接受的所谓“全盘西化”的观念，在他看起来都是普世价值。
