知名学者黄侃，狂狷、孤傲、好读书、好骂人、不拘小节、桀骜不驯、特立独行、性情乖张，号称疯子。1914年秋，黄侃应北京大学校长蔡元培之聘，至北京大学国文系讲授《文学概论》、《词章学》及《中国文学史》等课。黄侃说：我之所以能待在北大，是因为有蔡元培，蔡校长。虽然我也不喜欢蔡元培，但他有新思想。我也知道，如果我在北大都待不下去，全中国也没有地方能够容纳我。蒋梦麟也说：为学问而学问的精神，一时在北大成为一种风气。
陈独秀在蔡元培“三顾茅庐”之后，带着《新青年》杂志迁入北大，担任文科学长和《新青年》的主编。《新青年》由此从上海搬到北京，也标志着发端于上海的新文化运动的战斗营垒从上海迁来北大。经过一年的发展，《新青年》的发行量由原先的千余份猛增至1.5万份以上。
1917年的报纸对北大的评价就完全变了，对北大刮目相看。五四运动后更不用说。所以林语堂说，论启发中国新文化的功劳，蔡元培比任何人大。许德珩则说五四运动的主力是北大，而其精神上的指导者是蔡元培。
1917年12月17日，北大举行建校20周年纪念时，吴梅教授撰写了一首二十周年纪念歌：沧海动风雷，弦诵无妨碍。到如今费多少桃李栽培，喜此时幸遇先生蔡。从头细揣算，匆匆岁月，已是廿年来。
彼时北大，再不是腐朽的官僚养成所，而真正实现了教育民主和教育平等。北大允许校外生旁听课程，正式生、旁听生和偷听生共处一堂。毛泽东在北大图书馆当助理员时就常跑去听陈独秀、李大钊等人讲马克思主义。蔡元培1920年在北大招收女生，首开大学教育男女同校之先河。有人问他：“兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？”蔡元培答：“教育部的大学令，并没有专收男生的规定。”他比谁都清楚教育部的规定，那是他在教育总长任内制定的。
1920年英国著名哲学家罗素访华，他称赞北大是教学生以自由思想的场所，五四时期的学生，不仅自己富有公共精神，而且还具有唤起全民公共精神的一股强大力量；称女生在北大的地位比剑桥还要好，她们可以参加考试并获得学位，女生中那种自由发问的精神，恐怕连英国的女校长见了也会不禁愕然。
只要培养一大批学者，国家就有希望
美国著名哲学家、教育家杜威在北大听了蔡元培演讲后，曾感慨万千：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等大学校长中，在某些学科上有卓越贡献的不乏其人，但是，以一个校长的身份，能领导一所大学对一个民族和一个时代起到转折作用的，除蔡元培以外，找不出第二个人。”
当时一大批人持教育救国论，但蔡元培的教育救国论和别人不一样。他在德国莱比锡待了4年，在柏林待了1年，了解德国近代史，了解大学在德国崛起中的作用。所以他的教育救国后来更具体为学术救国。和他从小一块儿玩大的挚友吴稚晖曾说，对蔡元培来说，只要培养一大批学者，国家就有希望。
蔡元培主张文理两科，必须设各种研究所，并主张学与术分校。他将北大的工科并入北洋大学，北大除文理两科外，只保留了法科。蔡元培还帮学生建立社团。学生社团百家争鸣，新潮社和国民社在蔡元培的扶持之下极度活跃。毛泽东也曾在北大参加过新闻研究会。
蔡元培希望培养的学者，不仅具学识，尤当有修为。1918年，蔡元培更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”
1918年6月，蔡元培在北大发起成立“进德会”，规定：甲种会员不嫖、不赌、不纳妾，乙种会员在三戒之上另加不做官、不当议员二戒；丙种会员更在五戒之上加不饮酒、不食肉、不吸烟三戒。
