改革开放至上世纪90年代，伊犁哈萨克自治州各方面工作都取得了不错的成绩，党的组织建设也上了一个新台阶。面对复杂多变的国际形势，反对民族分裂主义、维护民族团结和祖国统一教育，显得尤为突出和重要。1997年伊宁二五严重打砸抢骚乱事件，给各级党委敲响了警钟。集中治理整顿社会治安，严厉打击暴力恐怖犯罪是各项工作的重中之重，下派大量干部分期分批到基层集中开展整治工作，对软弱涣散、难以发挥作用的领导班子进行及时调整和整顿，收效显著。
2001年3月，为适应社会经济发展、民族安定团结的需要，新疆维吾尔自治区报经国务院批准，撤销伊犁地区建制。伊犁哈萨克自治州党委下辖塔城、阿勒泰两个地委，直辖原伊犁地委所属8县一市委和奎屯市委。
深入学习和领会“三个代表”“科学发展观”，坚决贯彻党的十六大、十七大精神，对各级干部进行信念教育，按照科学执政、民主执政、依法执政的要求，建设各级领导班子，从机关、大中专毕业生中选拔优秀年轻干部担任乡村和社区干部，保持党同人民群众的血肉联系，开展党员干部思想作风建设。
经过连续多年开展党的先进性教育和学习实践科学发展观活动，涌现了一批又一批为民务实、自觉维护民族团结的先进集体和先进个人。其中，十八大代表、自治区优秀党员、模范村党支部书记买买提江·吾买尔，全国“巾帼建功标兵”、自治区民族团结先进个人、自治州优秀共产党员李元敏等是他们中间的典型代表。
2012年11月，党的十八大明确要求全党“必须牢记只有根植人民、造福人民，党才能始终立于不败之地；只有居安思危、勇于进取，党才能始终走在时代前列”。自治州党委积极贯彻落实党的十八精神，立足改革开放，各项事业不断推进。
2014年，党风廉政建设不断深入，积极查找纠正“四风”问题，一批违纪违法案件得到严肃查处，党风政风进一步好转。结合新疆特殊的政治形势和暴恐事件频发的态势，着力加强党员干部政治坚强教育，树立敢于担当、乐于奉献精神。认真学习领会习近平总书记关于中央新疆第二次座谈会讲话精神，学习领会自治区党委八届七次全委扩大会议精神，深刻认识中央关于新疆工作的战略部署和各项要求，明确新疆稳定与发展的辩证关系，从思想、行动上维护祖国统一和民族大团结，反对民族分裂和一切非法宗教，各族党员干部的思想达到新的统一。
在党的领导下，伊犁哈萨克自治州经历了60年的风风雨雨、泥泞坎坷，最终踏上花香鸟语、安定幸福的小康之路。世界在发展，万物在变化，面对新形势、新机遇和新任务，伊犁州党委团结和带领自治州各族人民，为实现伊犁的长治久安和中华民族伟大复兴的中国梦，精诚团结，勇往直前！
