年近七旬的陕甘宁总督左宗棠为表达欲与沙俄誓死一战的决心，抬棺进驻哈密，想以武力收复伊犁。清廷怯战，派崇厚为使臣赴俄谈判，索还伊犁。在沙俄威逼利诱下，崇厚擅自与沙俄签订了丧权辱国的《里瓦几亚条约》。在朝野的一致反对下，清廷将崇厚撤职查办，不承认此条约。沙俄恼羞成怒，欲以武力相威胁。左宗棠不甘示弱，在新疆日夜操练兵马。
清廷派曾国藩之子曾纪泽出使沙俄，“与俄外部及驻华公使布策等前后谈判历时10余月，正式会谈辩论，有记录可稽者51次，反复争辩达数十万言……”
经过艰苦卓绝的谈判，沙俄做出些许让步，修改条约，双方重订《中俄伊犁条约》。与《里瓦几亚条约》相比较，除赔款增加了400万卢布外，伊犁九城及其南面一大片领土归还中国。
沙俄强盗毁人家园，劫掠财物，从新疆割去伊犁霍尔果斯河以西，斋桑湖以东的大片土地，还向受害者索要巨额赔款，这种毫无人性和道义行径，必遭天谴！
清廷接受左宗棠的建议，在新疆设行省，以迪化为省会。伊犁缺乏战略纵深地带和保护屏障，不再适合做新疆的军政中心，沦落为沙俄虎视眈眈的边境，边防危在旦夕。
1911年，辛亥革命爆发，腐朽没落的清政府土崩瓦解。革命浪潮波及新疆，相继爆发了迪化起义和伊犁起义，革命军推翻了清朝在新疆的统治。
民国时期，新疆先后经历了杨增新、金树仁、盛世才和国民党的统治。
1944年秋，新疆伊犁、塔城、阿山三区爆发了反抗盛世才和国民党反动统治的大规模武装斗争，成立了三区革命政权，这场斗争被称为三区革命。
中国共产党一直关注和支持三区人民的革命斗争。1949年8月，中共中央派在莫斯科的邓力群作为联络员，了解三区革命政府各方面的情况，邀请三区革命政府派遣代表参加即将在北京召开的首届全国政治协商会议。三区领导人与邓力群的会见极为友好融洽，表示衷心地服从中央的一切指挥和决定，并派代表参加了全国政治协商会议。对此，中共中央领导人毛泽东给予了高度评价：“你们多年来的奋斗，是我全中国人民民主革命运动的一部分，随着西北人民解放战争的胜利发展，新疆的全部解放为期不远。你们的奋斗，即将获得最后的成功。”
在新疆和平解放的进程中，三区服从中共中央，积极配合，做出了卓有成效的贡献。
